Während Wiley sich für ein Gesetz einsetzte, deckten Schmähjournalisten wie Samuel Hopkins Adams die Gefahren des Marktes in lebhaften Details auf. Tatsächlich waren die ekelerregenden Zustände in der Fleisch verarbeitenden Industrie, die Upton Sinclair in „The Jungle“ (Der Dschungel) festhielt, der letzte Anstoß für ein Fleischinspektionsgesetz und ein umfassendes Lebensmittel- und Arzneimittelgesetz. (Ein Poster der Verfilmung von Sinclairs Roman aus dem Jahr 1913 ist rechts abgebildet, mit freundlicher Genehmigung des Sinclair-Archivs, Lilly Library, Indiana University, durch James Harvey Youngs Pure Food: Securing the Federal Food and Drugs Act of 1906). Seit 1879 waren im Kongress fast 100 Gesetzesentwürfe zur Regulierung von Lebensmitteln und Medikamenten eingebracht worden; am 30. Juni 1906 unterzeichnete Präsident Roosevelt den Food and Drugs Act, der einfach als Wiley Act bekannt ist und eine Säule der progressiven Ära darstellt.
Dieses Gesetz, mit dessen Verwaltung das Bureau of Chemistry beauftragt wurde, verbot den zwischenstaatlichen Transport von ungesetzlichen Lebensmitteln und Medikamenten unter Androhung der Beschlagnahme der fragwürdigen Produkte und/oder der strafrechtlichen Verfolgung der Verantwortlichen. Die Grundlage des Gesetzes beruhte auf der Regelung der Produktkennzeichnung und nicht auf der Zulassung vor der Markteinführung. Medikamente, die nach den Standards für Stärke, Qualität und Reinheit in der United States Pharmacopoeia und der National Formulary definiert waren, durften nicht in einem anderen Zustand verkauft werden, es sei denn, die spezifischen Abweichungen von den geltenden Standards wurden auf dem Etikett deutlich angegeben. Lebensmittel wurden nicht nach analogen Standards definiert, aber das Gesetz verbot die Zugabe von Zutaten, die das Lebensmittel ersetzen, Schäden verbergen, die Gesundheit gefährden oder eine schmutzige oder zersetzte Substanz darstellen würden. Die Auslegung der lebensmittelrechtlichen Bestimmungen führte zu vielen, teilweise langwierigen, gerichtlichen Auseinandersetzungen. Wenn sich der Hersteller dafür entschied, das Gewicht oder die Maße eines Lebensmittels anzugeben, musste dies genau geschehen. Außerdem durfte das Etikett eines Lebensmittels oder Medikaments in keiner Weise falsch oder irreführend sein, und das Vorhandensein und die Menge von elf gefährlichen Inhaltsstoffen, darunter Alkohol, Heroin und Kokain, mussten angegeben werden.
Der regulatorische Schwerpunkt der Behörde unter Wiley lag auf Lebensmitteln, die seiner Meinung nach ein größeres Problem für die öffentliche Gesundheit darstellten als gepanschte oder falsch gekennzeichnete Medikamente. Wiley vertrat generell eine ablehnende Haltung gegenüber chemischen Zusätzen in Lebensmitteln und vertrat einen Ansatz, der die meisten als unnötige Verfälschungen betrachtete. In diesem Punkt geriet er oft mit Landwirtschaftsminister James Wilson aneinander, und gelegentlich musste Präsident Roosevelt selbst über die Regierungspolitik zur Lebensmittelregulierung entscheiden. Wileys persönliche Verwaltungsbefugnis unter dem Gesetz wurde schon früh verwässert, als Wilson 1907 ein Board of Food and Drug Inspection schuf, das die Politik der Behörde bei der Durchsetzung des Gesetzes festlegen sollte. Auch die Einrichtung des Referee Board of Consulting Scientific Experts im darauffolgenden Jahr, das die Behörde in Sicherheitsfragen im Zusammenhang mit Lebensmittelzusatzstoffen beraten sollte, untergrub Wileys wissenschaftliche Autorität. Die Behörde hatte seit 1903 in Zusammenarbeit mit externen Experten informelle Standards für viele Lebensmittel entwickelt, eine Tätigkeit, die auch nach dem Gesetz von 1906 fortgesetzt wurde. Die Gerichte waren sich jedoch nicht einig darüber, welche Rolle diese informellen Standards in Fällen spielen durften. Separate Gesetze legten Standards für einige spezifische Lebensmittel, wie Äpfel und Butter, sowie für Konserven fest.
Burton J. Howard, Leiter des mikrochemischen Labors des Bureau of Chemistry, ist auf diesem Foto aus den 1920er Jahren rechts im Vordergrund zu sehen. Howard entwickelte eine quantitative Methode zum Nachweis von Schimmelpilzen in Ketchup, die sich als unverzichtbar erwies, wenn es darum ging, die Verfälschung von Lebensmitteln vor Gericht nachzuweisen.
Nach Wileys Rücktritt im Jahr 1912 widmete sich das Bureau verstärkt der Regulierung von Arzneimitteln, wobei ein gewisser Schwerpunkt auf den sogenannten Patentarzneimitteln lag. Während das Gesetz die Standards für Arzneimittel viel klarer formulierte als die für Lebensmittel, war False Branding die Quelle erheblicher Kontroversen bei der Regulierung von Arzneimitteln. Ein Jahr zuvor hatte der Oberste Gerichtshof entschieden, dass das Gesetz – entgegen der Auslegung der Regierung – nicht für falsche therapeutische Behauptungen gilt. Eine Änderung im Jahr von Wileys Rücktritt versuchte, die Sprache des Gesetzes zu korrigieren. Sie brachte die Behörde jedoch in die schwierige Lage, vor Gericht beweisen zu müssen, dass die Hersteller von Medikamenten, die mit falschen therapeutischen Behauptungen gekennzeichnet waren, die Absicht hatten, die Verbraucher zu betrügen. Die Behörde verlor mehrere Fälle gegen ungeheuerliche Produkte, aber die Beschlagnahmungen von falsch etikettierten und gepanschten Medikamenten nahmen in den 1920er und 1930er Jahren dennoch zu.
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