Basierend auf seiner Ästhetik, scheint das Spiel in einer fiktiven Version des feudalen Japans zu spielen. In der Eröffnungssequenz des Spiels erklärt der Protagonist Shadow, dass er auf der Suche nach einem würdigen Gegner war, als er auf das Schattentor stieß, einen Weg in die Schattenwelt. Als er das Tor öffnete, wurden die sechs Dämonen, die auf der anderen Seite gefangen waren, freigelassen und Shadows Körper wurde von der mystischen Schattenenergie umhüllt, die ihn in eine gesichtslose Silhouette verwandelte. In dem Glauben, durch das Versiegeln der Tore seinen physischen Körper wiederzuerlangen, macht sich Shadow auf den Weg, um die Dämonen zu besiegen und die von ihnen bewachten Siegel zu finden, mit denen die Tore geschlossen werden können.
Shadow wird bei seiner Suche von seinem ehemaligen Sensei, einem Schmied namens May, und später von einem Betrüger namens Sly unterstützt. Die Gruppe reist durch die Region und macht in den Städten Halt, in denen sich die Dämonen niedergelassen haben. Shadow nimmt an verschiedenen Turnieren und Kämpfen teil, um sich auf die Kämpfe mit den Dämonen und ihren Leibwächtern vorzubereiten. Die sechs Dämonen, denen sich Shadow stellen muss, sind in der Reihenfolge:
- Lynx, der Anführer einer Meuchelmördergruppe namens „Der Orden“
- Hermit, ein mächtiger Zauberer und der Direktor einer kämpfenden & Zauberschule
- Butcher, der Anführer einer Jugendbande
- Wasp, die Piratenkönigin und Tochter des ehemaligen Piratenkönigs
- Widow, die mit ihrem Charme praktisch jeden Mann verführen kann
- Shogun, ein in Ungnade gefallener rōnin, der sich in einen Warlord verwandelt hat
Nachdem er alle Dämonen besiegt und ihre Siegel an sich genommen hat, kommt Shadow an den Toren an. Die sechs Dämonen folgen ihm und versuchen, ihn am Schließen der Tore zu hindern, aber er überwältigt sie. Shadow versiegelt dann die Tore, aber Titan, der Herrscher der Schattenwelt, greift ihn an und nimmt May gefangen, bevor sich die Tore schließen. Unfähig, die Tore wieder zu öffnen, kehrt Shadow, immer noch als Silhouette, zurück, um die Dämonen noch einmal zu besiegen und ihre Siegel zu zerstören, wobei er ihre Warnungen vor Titan ignoriert. Nachdem die Siegel zerstört sind, öffnen sich die Tore kurzzeitig wieder und Shadow kann alleine ins Schattenreich reisen.
Shadow, der durch seine Reise durch die Tore geschwächt ist, wird von Shroud, einem Diener des Titans, angegriffen und fast besiegt, aber Kali, ein Mitglied des unterirdischen Widerstands, der sich der Herrschaft des Titans widersetzt, kommt an, um ihn zu retten. Shadow wird in die unterirdische Basis des Widerstands gebracht, wo der Anführer des Widerstands, Cypher, ihn darüber informiert, dass Titan in Wirklichkeit ein außerirdischer Kriegsherr ist, der viele Welten erobert hat, darunter auch diese, und plant, auch die Welt von Shadow zu übernehmen. Der Widerstand besteht aus Aliens, deren Welten von Titan erobert wurden, und Shadow verdient sich ihren Respekt, indem er sie alle im Kampf besiegt. Sobald Cypher besiegt ist, bemerkt er, dass Shadow der prophezeite Krieger sein könnte, der den Titan besiegen wird, und lässt ihn von Kali zum Antiker bringen, einem mächtigen Wesen, das viele Krieger ausgebildet hat (einschließlich Shroud) und dessen Art von Titan ausgerottet wurde. Um den Antiker zu finden, findet und besiegt Shadow zunächst Cronos, einen Roboter, der von Cypher zu diesem Zweck erschaffen wurde und schließlich abtrünnig wurde. Mithilfe von Cronos‘ Ortungstechnologie finden Shadow und Kali den Antiker, der sich zunächst sträubt zu helfen, aber schließlich an Shadows Kräfte glaubt, nachdem er alle seine Tests bestanden hat, die aus Kämpfen gegen die Geister gefallener Krieger und den Antiker selbst bestehen.
Der Antiker verkleidet Shadow als einen von Titans Soldaten und schlägt ihm vor, sich Titan zu nähern, indem er an einem Turnier teilnimmt, dessen Gewinner Titans neuester Elitesoldat wird. Auf halber Strecke des Turniers wird Shadow zum Versteck des Widerstands zurückgerufen, das von Shroud und einem anderen Krieger, Justice, angegriffen wurde. Er besiegt Shroud und wird von Justice konfrontiert, die sich als die gehirngewaschene May entpuppt. Nachdem May vom Widerstand gefangen genommen wurde, machen sich Shadow und Kali auf den Weg zu Titans Zitadelle, wo Shadow Titans Leibwächter besiegt, die alle dunkle, alternative Versionen von ihm selbst sind. Währenddessen verlässt Ancient die Schattenwelt, um anderswo „einen Krieg zu führen“. May entkommt und kommt an, um Shadow zu töten, aber er besiegt sie und befreit sie aus Titans Kontrolle. Während Kali May zurück zu den Toren der Schattenwelt bringt, liefern sich Shadow und Titan einen letzten Kampf. Nachdem Titan besiegt ist, explodiert sein Körper und zerstört die Zitadelle. Shadow wird von der Explosion erfasst, überlebt aber und schafft es, zu den Toren zurückzukehren, bevor sie zerstört werden, wobei er seinen physischen Körper wiedererlangt. Shadow ist wieder mit May vereint, und die beiden umarmen sich, bevor sie weggehen, ohne zu wissen, dass sie von Shadow verfolgt werden, der die Zerstörung der Tore überlebt hat.
Alte Wunden
Alte Wunden ist ein Bonus-Handlungsstrang, der exklusiv in der Special Edition des Spiels enthalten ist und sich um die Begegnungen eines jüngeren Sensei mit jüngeren Versionen der sechs Dämonen dreht. Die Kämpfe in diesem Modus können nicht nachgespielt werden.
Eines Tages trifft Sensei auf den Prinzen von Ivor City, der von Lynx verfolgt wird. Sensei besiegt Lynx und vertreibt ihn, während der Prinz erklärt, dass er von unbekannten Angreifern aus seinem Palast entführt wurde, aber entkommen konnte. Als er entführt wurde, hörte der Prinz, dass seine Soldaten von Hermit trainiert werden, also gehen er und Sensei zu ihm, um ihn zu konfrontieren, überzeugt, dass er irgendwie in den Verrat der Männer des Prinzen verwickelt war. Hermit gibt zu, den Prinzen verraten und Lynx angeheuert zu haben, um ihn zu töten, behauptet aber, er habe dies für die Zukunft seiner Schule getan. Nachdem Sensei ihn besiegt hat, enthüllt Hermit, dass die rechte Hand des Prinzen, Shogun, ihm befohlen hat, seine Soldaten im Austausch für Schutz vor Butchers Bande zu trainieren, von der Hermit vermutet, dass sie derjenige ist, der den Prinzen entführt hat. Als Sensei und der Prinz Butcher konfrontieren, enthüllt er, dass dieser ihn dafür bezahlt hat, ihn gehen zu lassen und ihm zu sagen, wo er eine magische Kugel finden kann. Während der Prinz flieht, besiegt Sensei Butcher, der ihn über eine Frau informiert, die Shogun überzeugt hat, den Prinzen im Austausch für die Kugel zu verraten, die jedem, der sie trägt, magische Kräfte verleihen kann.
Butcher weist Sensei auf die Docks hin, wo die Kugel mit einem Boot hergebracht werden soll. Dort wird er von Wasp konfrontiert, die verrät, dass die Kugel am Vortag von jemandem abgeholt wurde. Nachdem er besiegt wurde, enthüllt Wasp, dass die Frau, die von Butcher erwähnt wurde, Widow ist, die Rache gegen den Prinzen sucht, weil er ihre Liebe zurückgewiesen hat, und dass die Sphäre jeden, der ihre Macht nutzt, in Widows Sklaven verwandelt. Sensei findet und besiegt Widow, bevor er sie überredet, ihm zu sagen, was mit der Sphäre passiert ist. Widow enthüllt, dass der Prinz sie genommen und ihre Macht benutzt hat, um den Shogun zu besiegen, den er wegen Verrats hinrichten will. Sensei kommt in Ivor City an, wo der Prinz, von der Macht in den Wahnsinn getrieben, einem geistig kontrollierten Shogun befiehlt, ihn zu töten. Nachdem Shogun besiegt wurde, kämpft der Prinz selbst gegen Sensei, wird aber ebenfalls besiegt. Dann kommt der Antiker und erklärt dem verwirrten Sensei, dass er den Fluss der Zeit vorübergehend angehalten hat, um die Sphäre dorthin zurückzubringen, wo sie hingehört, und dass ihre Anwesenheit hier durch die Instabilität der Tore der Schatten verursacht wurde. Bevor er geht, versichert er dem Sensei, dass sich bis morgen niemand, auch er nicht, an diese Ereignisse erinnern wird.