Morris verließ England, um sich 1747 seinem Vater in Maryland anzuschließen und trat dann in ein Handelshaus in Philadelphia ein. Während des Krieges war Morris Vizepräsident des Sicherheitskomitees von Pennsylvania (1775-76) und gehörte sowohl dem Kontinentalkongress (1775-78) als auch der Legislative von Pennsylvania (1778-79, 1780-81, 1785-86) an. Weil er auf eine Versöhnung mit Großbritannien hoffte, unterzeichnete er die Unabhängigkeitserklärung erst einige Wochen nach ihrer Verabschiedung.
Als Vorsitzender oder Mitglied verschiedener Komitees des Kontinentalkongresses kontrollierte Morris von 1776 bis 1778 praktisch die finanziellen Vorgänge des Krieges. Er beschaffte die Mittel, die es General George Washington ermöglichten, seine Armee aus dem Raum New York nach Yorktown zu verlegen, wo Lord Cornwallis kapitulierte (1781). Morris hatte sich von den Franzosen Geld geliehen, von den Staaten requiriert und auch aus eigener Tasche Geld vorgeschossen. Im selben Jahr gründete Morris in Philadelphia die Bank of North America. Nach dem Krieg diente er als Superintendent der Finanzen unter den Artikeln der Konföderation (1781-84) und dann als Mitglied der Staatsversammlung von Pennsylvania. Er war Delegierter des Verfassungskonvents (1787) und gehörte dem US-Senat an (1789-95). In der Zwischenzeit hatte er sich von seinen Handels- und Bankgeschäften getrennt und sich intensiv in die Landspekulation gestürzt. Als sich die Erträge aus seinen Ländereien verlangsamten, geriet er in den Bankrott und wurde für mehr als drei Jahre in ein Schuldnergefängnis gesperrt, bevor er 1801 entlassen wurde.