O Mangekyo Sharingan é uma forma avançada do Sharingan que só foi totalmente activada por um punhado de Uchiha. São notados como os olhos celestiais que vêem a verdade de toda a criação sem obstrução.
Um Mangekyo Sharingan distingue-se de um Sharingan normal pela sua aparência, que muda a forma do selo do tomate. O desenho exacto difere para cada utilizador, embora todos se assemelhem a rodas de pino. Todos os Uchiha têm historicamente entendido mal este critério como o utilizador que precisa de ser responsável pela morte da pessoa (Amigo), e por isso desenvolveram a prática de matar os seus amigos mais próximos a fim de ganhar o Mangekyo Sharingan. O Mangekyo de Obito activou-se imediatamente após o seu trauma, enquanto que, em Naruto Jinraiden, o Mangekyo de Sasuke só se activou várias semanas depois.
Eternal Mangekyo Sharingan. O Eterno Mangekyo funde os desenhos do transplanter e do Mangekyo original do transplantado. As suas capacidades baseadas no Mangekyo são reforçadas e deixam de sofrer quaisquer efeitos secundários negativos da sua utilização. De acordo com Madara, o Eterno Mangekyo Sharingan é a prova de que um Uchiha continua a procurar algo apesar de ter sofrido grandes perdas. Se os olhos evoluírem para este estado, o utilizador manterá todas as suas técnicas anteriores longe dos seus olhos originais. Para além das técnicas únicas, a forma de tomo reto do Eterno Mangekyo Sharingan de Madara e Sasuke confere-lhes fluidez nos seus movimentos quando lutam.
1 – Itachi Uchiha
br>Itachi Uchiha despertou o seu Mangekyo Sharingan após testemunhar o suicídio do seu melhor amigo, Shisui Uchiha, pouco antes da queda do Clã Uchiha. Com o seu Mangekyo esquerdo pode usar o Tsukuyomi, um genjutsu extremamente poderoso que distorce a sensibilidade do tempo da vítima. Com o seu Mangekyo direito pode usar o Amaterasu, criando chamas negras inextinguíveis no ponto focal do utilizador. Como despertou o seu Mangekyo, ele pode usar Susanoo. O uso do Mangekyo é particularmente debilitante para Itachi Uchiha, de tal forma que depois de o usar três vezes no mesmo dia já não pode usar o seu Sharingan normal activo. Algum tempo após a morte de Itachi, desejando o poder de matar Naruto Uzumaki, Sasuke mandou transplantar os olhos de Itachi para dentro dele.
2 – Obito Uchiha
br>Obito Uchiha despertou o seu Mangekyo Sharingan após a morte de Rin durante a Terceira Guerra Mundial Shinobi; o próprio Obito Uchiha só tinha o seu olho direito na altura, mas o acontecimento fez com que o seu Mangekyo despertasse simultaneamente em Kakashi Hatake, que empunhava o olho esquerdo de Obito. Ambos os olhos têm acesso a Kamui, capaz de teletransportar os alvos de e para a Dimensão de Kamui, embora de maneiras diferentes. O olho direito é capaz de usar o Kamui de curta distância, teleportando o utilizador ou aqueles com quem está em contacto. Ao teleportar apenas partes do seu corpo para lá, podem, de facto, passar sem problemas através de outras matérias. O olho esquerdo é capaz de utilizar o Kamui de longo alcance, criando uma barreira em torno do alvo que os teletransporta. O olho esquerdo pode também ter como alvo o próprio utilizador. Durante a 4ª Guerra Mundial de Shinobi, descobriu-se que cada olho é impermeável contra o Kamui dos outros.
Madara Uchiha rouba o olho Kakashi Hatake a fim de perseguir o Obito à dimensão do Kamui. Lá, troca o olho pelo Rinnegan de Obito, devolvendo ambos os olhos ao seu dono original, que estava actualmente possuído pelo Zetsu Negro. Durante este breve período, o Zetsu Negro também ganhou acesso a ambos os poderes Sharingan. Depois de Obito ter sido libertado do controlo do Zetsu Negro, ele utiliza-os eficazmente em combinação, mas os olhos são destruídos quando é morto por Kaguya Otsutsuki All Killing Ash Bones. O seu espírito regressa brevemente ao plano vivo e habita Kakashi, dando-lhe tanto Mangekyo com as suas respectivas capacidades como, por extensão, Susanoo.
3 – Madara Uchiha
br>Madara foi o primeiro Uchiha a despertar o Mangekyo Sharingan. Madara não sabia quais eram as capacidades individuais de cada um dos seus olhos, mas foi capaz de usar Susanoo. Quando Madara deixou cego o uso excessivo do seu Mangekyo durante o Período dos Estados em Guerra, isto levou o seu irmão, Izuna, a legar Madara os seus olhos no seu leito de morte para preservar o Uchiha, concedendo assim a Madara o Eterno Mangekyo Sharingan. O tomo reto do seu Eterno Mangekyo Sharingan concedeu-lhe fluidez nos seus movimentos quando lutava.
Para o fim da sua vida, Madara Uchiha conseguiu fazer evoluir os seus olhos para Rinnegan, que ele transplantou para Nagato Uzumaki quando Nagato era uma criança sem que ninguém soubesse. Os olhos acabaram por encontrar o seu caminho de volta a Madara Uchiha depois de ele ser reanimado.
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