Baseado na sua estética, o jogo parece ter lugar numa versão ficcionada do Japão Feudal. Na abertura cinematográfica do jogo, o protagonista, Sombra, explica que estava à procura de um adversário digno quando encontrou os Portões das Sombras, um caminho para o Mundo das Sombras. Quando abriu os Portões, os seis demónios que estavam presos do outro lado foram libertados e o corpo de Sombra foi envolvido pela mística Energia das Sombras, o que o transformou numa silhueta sem rosto. Acreditando que selar os Portões lhe permitirá recuperar o seu corpo físico, Sombra partiu para derrotar os demónios e recuperar os selos que eles guardam, os quais podem ser usados para fechar os Portões.
Sombra é ajudado na sua busca pelo seu antigo Sensei, um ferreiro chamado May, e mais tarde um vigarista chamado Sly. O grupo percorre a região, parando nas cidades onde os demónios fixaram residência. Shadow participa em vários torneios e batalhas para se preparar para as lutas com os demónios e os seus guarda-costas. Os seis demónios que a Sombra tem de enfrentar estão, em ordem:
- Lynx, o líder de um grupo assassino chamado A Ordem
- Hermit, um poderoso feiticeiro e o director de uma luta & escola mágica
- Butcher, o líder de um bando juvenil
- Wasp, a Rainha Pirata e a filha do antigo Rei Pirata
li>Viuva, que pode seduzir praticamente qualquer homem com os seus encantosli>Shogun, um desgraçado rōnin-turned-warlord
Depois de derrotar todos os demónios e de levar os seus selos, a Sombra chega aos Portões. Os seis demónios seguem-no para tentar impedi-lo de fechar os Portões, mas ele domina-os. Sombra então sela os Portões, mas Titã, o governante do Mundo Sombra, ataca-o e captura Maio antes de os Portões se fecharem. Incapaz de reabrir os Portões, Sombra, ainda uma silhueta, volta para derrotar os demónios uma vez mais e destruir os seus selos, ignorando os seus avisos sobre Titã. Com os selos destruídos, o Sombra reabre brevemente, permitindo que o Sombra viaje sozinho para o Reino das Sombras.
Sombra, enfraquecido pela sua viagem através dos Portões, é atacado e quase derrotado pelo Sudário, um servo de Titã, mas Kali, um membro de uma resistência subterrânea que se opõe ao reinado de Titã, chega para o salvar. Shadow é levado para a base da resistência, onde o líder da resistência, Cypher, o informa que Titã é, de facto, um senhor da guerra extraterrestre que conquistou muitos mundos, incluindo este, e está a planear tomar conta do mundo de Shadow também. A resistência é constituída por alienígenas cujos mundos foram conquistados por Titã, e Sombra ganha o seu respeito ao derrotá-los a todos em combate. Uma vez derrotado Cypher, ele observa que Shadow pode ser o guerreiro profetizado para derrotar Titã, e faz com que Kali o leve ao Antigo, um ser poderoso que treinou muitos guerreiros (incluindo Shroud) e cuja espécie foi exterminada por Titã. Para encontrar o Antigo, Sombra primeiro localiza e derrota Cronos, um robô criado por Cypher para este fim, que acabou por se tornar um vilão. Usando a tecnologia de localização de Cronos, Shadow e Kali encontram o Antigo, que inicialmente relutou em ajudar, mas acaba por acreditar nos poderes do Sombra depois de passar todos os seus testes, que consistem em lutas contra os espíritos dos guerreiros caídos e do próprio Antigo.
O Antigo disfarça o Sombra como um dos soldados de Titã e sugere que se aproxime de Titã participando num torneio, cujo vencedor se tornará o mais recente soldado de elite de Titã. A meio do torneio, Shadow é chamado de volta ao esconderijo da resistência, que tem sido atacado por Shroud e outro guerreiro, a Justiça. Ele derrota Shroud e é confrontado pela Justiça, revelando ser um Maio de lavagem ao cérebro. Após Maio é capturado pela resistência, Sombra e Kali dirigem-se para a Cidadela de Titã, onde Sombra derrota os guarda-costas de Titã, todos eles são versões escuras alternativas de si próprio. Entretanto, o Ancião deixa o Mundo Sombra para “travar uma guerra” noutro lugar. Pode escapar e chega para matar a Sombra, mas derrota-a e liberta-a do controlo de Titã. Enquanto Kali leva Maio de volta aos Portões das Sombras, Sombra e Titã engajam-se numa batalha final. Quando Titã é derrotado, o seu corpo explode, destruindo a cidadela. A Sombra é apanhada na explosão, mas sobrevive e consegue regressar aos Portões antes de ser destruída, recuperando o seu corpo físico no processo. A Sombra é reunida com Maio, e os dois abraçam-se antes de se afastarem, sem saberem que estão a ser seguidos pela sombra que sobreviveu à destruição dos Portões.
Old WoundsEdit
Old Wounds é um enredo bónus exclusivo da Edição Especial do jogo que se centra nos encontros de um Sensei mais jovem com versões mais jovens dos seis demónios. As batalhas apresentadas neste modo não podem ser reproduzidas.
Um dia, o Sensei corre para o Príncipe da Cidade de Ivor, que está a ser perseguido por Luchs. Sensei derrota Luchs, perseguindo-o, enquanto o Príncipe explica que foi raptado do seu palácio por assaltantes desconhecidos, mas conseguiu escapar. Quando ele foi raptado, o Príncipe ouviu dizer que os seus soldados estão a ser treinados pelo Eremita, por isso ele e o Sensei vão confrontá-lo, convencidos de que ele estava de alguma forma envolvido na traição dos homens do Príncipe. Eremita admite ter traído o Príncipe e ter contratado Luchs para o matar, mas afirma que o fez pelo futuro da sua escola. Depois de Sensei o derrotar, Eremita revela que o braço direito do Príncipe, Shogun, ordenou-lhe que treinasse os seus soldados em troca de protecção contra o bando do Carniceiro, que Eremita suspeita serem os que raptaram o Príncipe. Quando Sensei e o Príncipe se confrontam com o Carniceiro, revela que este último lhe pagou para o deixar ir e para lhe dizer onde encontrar uma Esfera mágica. Enquanto o Príncipe foge, Sensei derrota o Carniceiro, que o informa de uma mulher que tinha convencido Shogun a trair o Príncipe em troca da Esfera, a qual pode conceder poderes mágicos a qualquer um que a utilize.
Butcher aponta Sensei para as docas onde a Esfera está prestes a ser trazida de barco. Lá, é confrontado por Vespa, que revela que a Esfera tinha sido recuperada por alguém no dia anterior. Depois de ser derrotada, Vespa revela que a mulher mencionada pelo Carniceiro é Viúva, que procura vingança contra o Príncipe por rejeitar o seu amor, e que a Esfera transformará qualquer um que use o seu poder em escravo da Viúva. Sensei encontra e derrota a Viúva antes de a persuadir a contar-lhe o que aconteceu à Esfera. Viúva revela que o Príncipe a tomou e usou o seu poder para derrotar Shogun, que ele planeia executar por traição. Sensei chega à Cidade de Ivor, onde o Príncipe, levado à loucura pelo poder, ordena a um Shogun controlado pela mente que o mate. Após a derrota de Shogun, o Príncipe luta contra o próprio Sensei, mas também é derrotado. O Ancião chega então e explica a um Sensei confuso que ele parou temporariamente o fluxo de tempo para levar a Esfera de volta para onde ela pertence, e que a sua presença aqui foi causada pela instabilidade dos Portões das Sombras. Antes de partir, garante ao Sensei que ninguém, incluindo ele, se lembrará de nada destes acontecimentos por tommorow.