Meharry Medical College em Nashville teve origem em 1876 como a divisão médica do Central Tennessee College, uma instituição estabelecida pela Sociedade de Ajuda de Freedman da Igreja Episcopal Metodista. A motivação fundadora era formar aspirantes a prestadores de cuidados para servir não só os afro-americanos recentemente libertados, mas também todos os que eram privados e necessitavam de cuidados médicos. O fundador e primeiro presidente do Meharry Medical College foi George Whipple Hubbard, natural de New Hampshire (1841-1921), um antigo soldado da União que tinha recebido o seu diploma médico da Universidade de Nashville. Ainda na escola, Hubbard começou o trabalho de construir Meharry consigo próprio como único instrutor, conselheiro religioso e superintendente.
Os departamentos dentário e farmacêutico de Meharry foram organizados em 1886 e 1889, respectivamente. Havia apenas um membro na primeira turma de licenciatura em 1890; ele tinha o grau de Mestre de Artes. Em 1910, a Escola de Enfermagem do Hospital da Misericórdia foi transferida para Meharry. O Hospital Hubbard foi construído em 1912. A 13 de Outubro de 1915, o Meharry Medical College recebeu um alvará separado do Central Tennessee College, que tinha mudado o seu nome para Walden University em 1900.
A 1 de Fevereiro de 1921, John J. Mullowney, um licenciado de 1908 da Universidade da Pensilvânia e antigo membro da faculdade do Girard College na Filadélfia, tornou-se o segundo presidente da Meharry. Sob a sua liderança, os requisitos de admissão foram rigorosamente administrados; o número de membros do corpo docente aumentou; as instalações de investigação e hospital foram expandidas, aumentando a capacidade de camas para cem; as clínicas ambulatórias foram reorganizadas de acordo com a especialidade; e foi contratado um superintendente hospitalar. Em 1923 Meharry recebeu uma classificação “A”.
Com contribuições do Conselho Geral de Educação e das fundações Rockefeller, Rosenwald, Eastman, e Carnegie, juntamente com a assistência da cidade de Nashville e dos antigos alunos de Meharry, a faculdade mudou-se de South Nashville para a sua localização actual em North Nashville, uma rua a oeste da Universidade Fisk, no final da década de 1920. Assim começou uma longa e mutuamente benéfica relação entre as escolas. Inicialmente, alguns edifícios serviam ambas as instituições. A posterior arquitectura Neo-Gótica e Colégio-Gótico dos edifícios das duas escolas reflectiria a relação simbiótica entre Fisk e Meharry. Na década de 1930 muitos médicos aspirantes tinham obtido a sua licenciatura e educação pré-médica na Fisk e mais tarde graduaram-se com os seus diplomas médicos na Meharry.
Em 1938 o ilustre académico Edward L. Turner assumiu o cargo de presidente. Turner modificou o currículo da escola médica, insistindo numa abordagem mais científica e sublinhando a importância de procedimentos clínicos adequados. Durante este período, a Meharry começou a experimentar dificuldades financeiras, que atormentaram a instituição ao longo da década de 1940. Turner demitiu-se em 1944. O Dr. M. D. Clawson foi presidente da Meharry de 1945 a 1950.
p>Um comité administrativo interino dirigiu os assuntos até 1952, quando o Dr. Harold D. West, o primeiro presidente negro da escola, iniciou o seu mandato. Sob West, a escola lançou um fundo de 20 milhões de dólares, adquiriu um terreno adjacente ao campus, e acrescentou uma ala ao hospital. A escola redefiniu o seu objectivo, terminando a Escola de Enfermagem e a Divisão de Tecnologia Dentária no início da década de 1960. Foram também introduzidas melhorias significativas no currículo e nas instalações das escolas de medicina e odontologia.
De 1966 a 1968 um comité provisório geriu a Meharry até que o antigo reitor da escola de medicina, Lloyd Elam, foi nomeado presidente. Meharry criou então uma escola de pós-graduação que oferecia o grau de Ph.D. em ciências básicas e uma Escola de Profissões de Saúde Aliadas em conjunto com a Universidade Estatal do Tennessee e a Universidade Fisk. Novos edifícios para as escolas de medicina e odontologia e um novo hospital foram construídos na década de 1970. Elam forneceu a Meharry treze anos de liderança progressiva e continuou o seu serviço à escola como membro distinto da faculdade de ensino.
Em Março de 1981 Richard Lester, presidente do Departamento de Radiologia do Centro de Ciências da Universidade do Texas e membro do conselho de administração da Meharry, assumiu as funções de presidente interino durante um ano. Em Julho de 1982, David Satcher tornou-se o terceiro homem negro a ocupar o cargo de presidente. Satcher ascendeu à proeminência nacional e foi nomeado director do Centro de Controlo de Doenças dos Estados Unidos em Atlanta, em 1993. Em 1997, o Presidente Bill Clinton nomeou Satcher para o cargo de cirurgião geral dos Estados Unidos; foi confirmado no ano seguinte.
As rédeas da Meharry foram passadas ao Dr. John E. Maupin Jr., o primeiro ex-aluno e graduado da Escola de Odontologia da Meharry a tornar-se o administrador de topo da instituição. Maupin tornou-se o nono presidente a 1 de Julho de 1994. Foi encarregado de supervisionar a construção e renovação das instalações, fundir o respectivo pessoal clínico, e realizar o monumental trabalho de solidificar a comunidade nacional em torno da viabilidade contínua da Meharry Medical College. Maupin também orquestraria a inauguração das instalações fundidas a 1 de Janeiro de 1998.
Meharry Medical College inclui a Escola de Medicina, a Escola de Odontologia, a Escola de Estudos de Graduação e Investigação, a Escola de Profissões de Saúde Aliadas, o Hospital Geral Metropolitano do Condado de Nashville-Davidson, dois centros de saúde, e o Harold D. West Basic Sciences Center.