O segundo verso do hino contém a linha: “Até àquela cruz quando Jesus morreu, a ira de Deus foi satisfeita”, que adere à teoria da satisfação da expiação. Esta linha tornou assim o hino num tema de crítica por parte dos opositores da teoria da satisfação. Em 2013, um comité de 15 membros da Igreja Presbiteriana (EUA) votou para excluir a canção de um novo hinário da igreja depois de Townend e Getty terem recusado permissão para alterar a linha controversa para “o amor de Deus foi ampliado”. Os membros do comité para compilar o hinário tinham descoberto a letra alternativa num hinário baptista a partir de 2010, levando-os a assumir que a alteração tinha sido autorizada pelos detentores dos direitos de autor. Os críticos da decisão do comité salientaram que o hinário incluía outros hinos endossando a teoria da satisfação e o modelo de substituição penal da expiação, incluindo “O Cabeça Sagrada Agora Ferida”. Segundo a presidente da comissão Mary Louise Bringle, a decisão de excluir “In Christ Alone” centrava-se não na palavra “ira” mas sim em “satisfeito”
A decisão da comissão de excluir a canção desencadeou um debate mais amplo entre as denominações e dentro da própria Igreja Presbiteriana dos EUA. O ministro PCUSA Chris Joiner de First disse que enquanto muitos na sua congregação gostavam do hino, ele concordou com a decisão porque “aquela letra aproxima-se de dizer que Deus matou Jesus”. A cruz não é um instrumento da ira de Deus”. Timothy George, o reitor da Beeson Divinity School, criticou a decisão numa coluna online intitulada “No Squishy Love” e afirmou que ela “se enquadra num padrão mais amplo de minimizar partes da doutrina cristã que são ofensivas”. O professor do Boyce College, Denny Burk, teve uma opinião semelhante à de George, afirmando que “Quando a ira vai, também vai o significado central da expiação de Deus: substituição penal. No final do dia, a cruz em si é a pedra de tropeço, e é por isso que a PCUSA não pode respeitar este hino”. Entretanto, Bob Terry do The Alabama Baptist escreveu que concordava com a teoria da satisfação, mas “se o significado de ‘ira’ é que Deus é vingativo e teve alegria em punir o seu Filho, então não é assim que encontro Deus descrito na Bíblia. Como entendo a Bíblia, foi porque “Deus amou tanto o mundo” que Ele estava disposto a “esmagá-lo e a fazê-lo sofrer””