Porcos-da-Guiné vivem na natureza na América do Sul, vivendo em áreas rochosas, prados e bordos de floresta. Vivem em grupos de cerca de 10 adultos, e vivem em tocas, escavadas por eles próprios ou por outros animais. São mais activos à noite, quando saem e forrageiam uma grande variedade de materiais vegetais.
O porquinho-da-índia foi domesticado pela primeira vez já em 2000BC nos Andes na América do Sul, na região agora conhecida como Peru e Bolívia. Originalmente eram mantidos para alimentação, mas alguns podem ter-se tornado animais de estimação da família para as crianças nessa altura. As cobaias não eram compradas com frequência; pelo contrário, eram dadas como presentes, especialmente como presentes de casamento, ou como presentes para convidados especiais ou crianças! Eram mantidos na cozinha doméstica, onde lhes era permitido correr livremente.
Nesta altura, a cobaia desempenhava também o papel de coleccionadora do espírito maligno nos rituais tradicionais de cura. Na medicina andina, a cobaia era esfregada sobre o corpo de um paciente doente, e quando começava a ranger acreditavam que tinha identificado a área afectada! As cobaias pretas eram consideradas especialmente sagradas, pois no preto selvagem é a cor mais rara, a maioria das cobaias selvagens são castanhas ou cinzentas, semelhante à cor agouti que vemos hoje.
Nos anos 1700 comerciantes holandeses e ingleses trouxeram cobaias da América do Sul para a Europa, onde se tornaram animais de estimação populares para a aristocracia. É possível que na viagem para a Europa, tenham parado na Guiné, levando as pessoas a acreditar que era de lá que vinham. A Rainha Isabel 1 possuía uma cobaia de estimação, que provavelmente foi responsável pela sua popularidade como animais de estimação daquela época.
As cobaias de estimação são agora animais de estimação extremamente populares. São muito amigáveis e não têm tendência para morder ou coçar (se forem mordidos por engano é provavelmente porque confundiram o seu dedo com uma cenoura!). São também muito resistentes, e se forem bem tratadas, têm muito poucos problemas de saúde.