A eliminação da flatulência é um problema prático desafiante associado ao consumo de soja, bem como de outras leguminosas alimentares e outros alimentos seleccionados. O problema é agravado pela variabilidade da susceptibilidade entre os indivíduos. A investigação estabeleceu que os oligossacarídeos-verbascose, stachyose e rafinose – são a principal causa da flatulência da soja. Escapam à digestão e são fermentados pela microflora intestinal para formar quantidades excessivas de dióxido de carbono e hidrogénio. Tratamento de água quente, extracção de álcool aquoso, e processos de precipitação de proteínas isoeléctricas foram adaptados para produzir comercialmente produtos sem flocos. A nível doméstico, a imersão combinada com a germinação parece ser um meio prático de produzir rebentos de soja com baixa actividade de flatus. As leguminosas alimentares, que incluem algumas sementes oleaginosas, ervilhas e feijões, bem como vegetais seleccionados, contêm o suficiente de oligossacarídeos-verbascose, stachyose, rafinose – para serem uma causa importante de flatulência em humanos e animais. Na ausência de alfa-galactosidases na mucosa intestinal dos mamíferos, estes oligossacarídeos escapam à digestão e não são absorvidos. Como consequência, a microflora activa no íleo, cólon e matéria fecal do intestino grosso fermenta-os para formar níveis excessivos de gás rectal, principalmente dióxido de carbono e hidrogénio. Em alguns casos, o amido não digerido e outros hidratos de carbono contribuem para o efeito flatulento das dietas. Com 70% da população mundial a ser deficitária em lactase (hipolactasia), a susceptibilidade à flatulência seria mais generalizada com dietas contendo tanto leguminosas alimentares como produtos lácteos.
A utilização de aditivos alimentares, antibióticos, e compostos fenólicos para inibir a flatulência não é uma abordagem prática. Contudo, a tecnologia de processamento de soja utilizada para fabricar concentrados e isolados de proteínas pode ser adaptada para produzir produtos sem flatus a partir de outras leguminosas alimentares. O tratamento de água quente, a extracção de álcool aquoso, ou a precipitação de proteínas isoeléctricas insolubiliza a maior parte das proteínas e remove os oligossacáridos. Tempeh e tofu são dois outros produtos de soja que exibem pouca ou nenhuma actividade de flatus. A imersão, fermentação, hidrólise enzimática e germinação também podem ser utilizadas para eliminar os oligossacarídeos. Testes com humanos e ratos indicam que uma combinação de tais processos pode ser utilizada para reduzir a actividade do flúor. Os efeitos benéficos da germinação na flatulência, frequentemente conflituosos e contraditórios, têm sido atribuídos à incapacidade de controlar as condições que asseguram a remoção da maioria dos oligossacarídeos. Não se sabe se os polissacáridos de soja de alto peso molecular (fibra dietética), que normalmente não causam flatulência, podem ser modificados durante a germinação para se tornarem substratos para a produção de flatus pela microflora intestinal. Tal efeito poderia compensar a perda de stachyose e raffinose.