Eliminacja wzdęć jest trudnym problemem praktycznym związanym ze spożyciem soi, a także innych strączkowych roślin spożywczych i innych wybranych produktów spożywczych. Problem ten jest potęgowany przez zmienność podatności na wzdęcia u poszczególnych osób. Badania wykazały, że oligosacharydy – wertbaza, stachioza i rafinoza – są główną przyczyną wzdęć w soi. Wymykają się one trawieniu i są fermentowane przez mikroflorę jelitową, tworząc nadmierne ilości dwutlenku węgla i wodoru. W celu komercyjnego wytwarzania produktów wolnych od wzdęć zastosowano procesy obróbki gorącą wodą, ekstrakcji wodnym alkoholem oraz izoelektrycznego strącania białek. Na poziomie gospodarstwa domowego, namaczanie połączone z kiełkowaniem wydaje się być praktycznym sposobem wytwarzania kiełków soi o niskiej aktywności fusów. Rośliny strączkowe, do których zalicza się niektóre nasiona oleiste, groch, fasolę i wybrane warzywa, zawierają wystarczającą ilość oligosacharydów – werbaskozy, stachiozę i rafinozę – aby stanowić główną przyczynę wzdęć u ludzi i zwierząt. Wobec braku alfa-galaktozydów w błonie śluzowej jelit ssaków, oligosacharydy te wymykają się trawieniu i nie są wchłaniane. W konsekwencji aktywna mikroflora w jelicie krętym, okrężnicy i kale jelita grubego fermentuje je, tworząc nadmierne ilości gazu w odbytnicy, głównie dwutlenku węgla i wodoru. W niektórych przypadkach, niestrawiona skrobia i inne węglowodany przyczyniają się do efektu wzdęcia spowodowanego dietą. Zważywszy, że 70% światowej populacji cierpi na niedobór laktazy (hipolaktazja), podatność na wzdęcia byłaby bardziej rozpowszechniona w przypadku diet zawierających zarówno rośliny strączkowe, jak i produkty mleczne.
Używanie dodatków do żywności, antybiotyków i związków fenolowych w celu zahamowania wzdęć nie jest praktycznym podejściem. Jednakże, technologia przetwarzania soi używana do produkcji koncentratów i izolatów białkowych może być zaadaptowana do produkcji produktów wolnych od wzdęć z innych roślin strączkowych. Obróbka gorącą wodą, wodna ekstrakcja alkoholem lub izoelektryczne wytrącanie białka izoluje większość białka i usuwa oligosacharydy. Tempeh i tofu to dwa inne produkty sojowe, które wykazują niewielką lub żadną aktywność wzdymającą. Moczenie, fermentacja, hydroliza enzymatyczna i kiełkowanie mogą być również stosowane w celu wyeliminowania oligosacharydów. Badania na ludziach i szczurach wskazują, że kombinacja tych procesów może być stosowana w celu zmniejszenia aktywności wzdęć. Korzystny wpływ kiełkowania na wzdęcia, często sprzeczny i wykluczający się, został przypisany brakowi kontroli warunków, które zapewniają usunięcie większości oligosacharydów. Nie wiadomo, czy wysokocząsteczkowe polisacharydy sojowe (błonnik pokarmowy), które normalnie nie powodują wzdęć, mogą zostać zmodyfikowane podczas kiełkowania tak, aby stały się substratami do produkcji fusów przez mikroflorę jelitową. Taki efekt mógłby zrekompensować utratę stachiozy i rafinozy.
.