Oś y widma masowego przedstawia intensywność sygnału jonów. W przypadku stosowania detektorów zliczających intensywność jest często mierzona w zliczeniach na sekundę (cps). W przypadku stosowania analogowej elektroniki detekcyjnej intensywność jest zazwyczaj mierzona w woltach. W FTICR i Orbitraps sygnał w dziedzinie częstotliwości (oś y) jest związany z mocą (~amplituda podniesiona do kwadratu) sygnału sinusoidalnego (często zredukowanego do mocy skutecznej); jednakże oś ta z wielu powodów nie jest zwykle oznaczana jako taka. W większości form spektrometrii masowej, intensywność prądu jonów mierzona przez spektrometr nie odzwierciedla dokładnie względnej obfitości, ale luźno z nią koreluje. Dlatego też, powszechnie oznacza się oś y jako „jednostki arbitralne”.
Oś Y i względna obfitośćEdit
Intensywność sygnału może zależeć od wielu czynników, zwłaszcza od natury analizowanych cząsteczek i sposobu ich jonizacji. Wydajność jonizacji różni się w zależności od cząsteczki i źródła jonów. Na przykład, w źródłach elektrospray w trybie jonów dodatnich czwartorzędowa amina będzie jonizować wyjątkowo dobrze, podczas gdy duży hydrofobowy alkohol najprawdopodobniej nie będzie widoczny bez względu na stężenie. W źródle EI cząsteczki te będą zachowywać się zupełnie inaczej. Dodatkowo mogą istnieć czynniki, które wpływają na transmisję jonów nieproporcjonalnie pomiędzy jonizacją a detekcją.
Po stronie detekcji istnieje wiele czynników, które mogą również wpływać na intensywność sygnału w sposób nieproporcjonalny. Rozmiar jonu będzie miał wpływ na prędkość uderzenia, a w przypadku niektórych detektorów prędkość jest proporcjonalna do mocy wyjściowej sygnału. W innych systemach detekcji, takich jak FTICR, liczba ładunków na jonie ma większe znaczenie dla intensywności sygnału. W rezonansie cyklotronowym jonów z transformacją Fouriera i spektrometrach mas typu Orbitrap intensywność sygnału (oś Y) jest związana z amplitudą sygnału rozpadu swobodnej indukcji. Jest to zasadniczo zależność potęgowa (amplituda podniesiona do kwadratu), ale często obliczana jako . Dla sygnałów zanikających wartość skuteczna nie jest równa średniej amplitudzie. Dodatkowo stała tłumienia (szybkość zanikania sygnału w fid) nie jest taka sama dla wszystkich jonów. W celu wyciągnięcia wniosków na temat względnej intensywności wymagana jest duża wiedza i ostrożność.
Powszechnym sposobem na uzyskanie większej ilości informacji z widma masowego jest stworzenie krzywej wzorcowej do porównania próbki. Wymaga to wiedzy o tym, co ma być oznaczane ilościowo z wyprzedzeniem, posiadania dostępnego standardu i zaprojektowania eksperymentu specjalnie do tego celu. Bardziej zaawansowaną odmianą jest użycie standardu wewnętrznego, który zachowuje się bardzo podobnie do analitu. Jest to często izotopowo znakowana wersja analitu. Istnieją formy spektrometrii mas, takie jak akceleratorowa spektrometria mas, które są zaprojektowane od podstaw, aby być ilościowe.
Skośność spektralnaEdit
Skośność spektralna jest zmianą względnej intensywności pików widma masowego z powodu zmian w stężeniu analitu w źródle jonów, jak widmo masowe jest skanowane. Sytuacja ta występuje rutynowo podczas elucji składników chromatograficznych do ciągłego źródła jonów. Skośność widma nie jest obserwowana w pułapkach jonowych (kwadrupolowych (zaobserwowano to również w QMS) lub magnetycznych) lub analizatorach mas typu time-of-flight (TOF), ponieważ potencjalnie wszystkie jony powstałe w cyklu operacyjnym (migawka w czasie) urządzenia są dostępne do wykrycia.