Zestawienie amerykańskiej demokracji i imperialnego panowania nad poddanym narodem było dla większości Amerykanów na tyle szokujące, że od początku szkolenie Filipińczyków do samorządności i ostatecznej niepodległości – Republika Malolos była wygodnie ignorowana – stanowiło zasadnicze uzasadnienie amerykańskiej hegemonii na wyspach. Różnice polityczne między dwiema głównymi partiami politycznymi w Stanach Zjednoczonych koncentrowały się na tempie, w jakim należy rozszerzyć samorządność, oraz na dacie, w której powinna zostać przyznana niepodległość.
W 1899 roku prezydent William McKinley wysłał na Filipiny pięcioosobową komisję rozpoznawczą pod przewodnictwem prezydenta Uniwersytetu Cornella Jacoba G. Schurmana. Schurman poinformował, że Filipińczycy chcieli ostatecznej niepodległości, ale nie miało to bezpośredniego wpływu na politykę. W 1900 roku McKinley wysłał Drugą Komisję Filipińską pod przewodnictwem Williama Howarda Tafta, która do lipca 1901 roku ustanowiła rząd cywilny.
W 1907 roku Komisja Filipińska, która działała zarówno jako władza ustawodawcza, jak i gabinet gubernatora generalnego, stała się wyższą izbą dwuizbowego ciała. Nowe 80-osobowe Zgromadzenie Filipińskie było wybierane bezpośrednio przez nieco ograniczony elektorat z okręgów jednomandatowych, co czyniło je pierwszym wybieralnym ciałem ustawodawczym w Azji Południowo-Wschodniej. Kiedy gubernator generalny Francis B. Harrison powołał filipińską większość do komisji w 1913 roku, amerykański głos w procesie legislacyjnym został jeszcze bardziej zredukowany.
Harrison był jedynym gubernatorem generalnym powołanym przez demokratycznego prezydenta w ciągu pierwszych 35 lat rządów USA. Został wysłany przez Woodrowa Wilsona z konkretnymi instrukcjami, aby przygotować Filipiny do ostatecznej niepodległości, który to cel Wilson entuzjastycznie popierał. W czasie kadencji Harrisona Kongres kontrolowany przez Demokratów w Waszyngtonie pospiesznie spełnił obietnice z kampanii wyborczej, aby osiągnąć ten sam cel. Ustawa Jonesa, uchwalona w 1916 roku, ustaliłaby konkretną datę przyznania niepodległości, gdyby Senat miał na to ochotę, ale Izba uniemożliwiła taki ruch. W swojej ostatecznej formie ustawa ta stwierdzała jedynie, że „celem narodu amerykańskiego” jest uznanie niepodległości Filipin „tak szybko, jak tylko będzie można ustanowić tam stabilny rząd”. Jego większe znaczenie polegało na tym, że stanowił kamień milowy w rozwoju filipińskiej autonomii. Zgodnie z postanowieniami Jones Act, komisja została zniesiona i zastąpiona 24-osobowym Senatem, prawie w całości wybieranym. Elektorat został poszerzony o wszystkich mężczyzn potrafiących czytać i pisać.
Niektóre istotne ograniczenia filipińskiej autonomii pozostały jednak. Obrona i sprawy zagraniczne pozostały wyłącznymi prerogatywami Stanów Zjednoczonych. Amerykańskie kierownictwo nad filipińskimi sprawami wewnętrznymi było sprawowane głównie przez gubernatora generalnego i władzę wykonawczą rządu wyspiarskiego. Niewiele ponad dekadę trwała gruntowna administracja amerykańska na wyspach, jednak był to zbyt krótki okres czasu, aby ustalić trwałe wzorce. Podczas gdy w 1903 roku Amerykanie stanowili 51 procent służby cywilnej, w 1913 roku było ich już tylko 29 procent, a w 1923 roku 6 procent. Do 1916 roku filipińska dominacja zarówno w legislacyjnej, jak i sądowniczej części rządu służyła również ograniczeniu amerykańskiej roli wykonawczej i administracyjnej.
Do 1925 roku jedynym Amerykaninem w gabinecie gubernatora generalnego był sekretarz instrukcji publicznej, który był również porucznikiem gubernatora generalnego. Jest to jedna z oznak wysokiego priorytetu, jaki nadano edukacji w polityce USA. W pierwszych latach rządów amerykańskich setki nauczycieli przybyło ze Stanów Zjednoczonych. Jednak filipińscy nauczyciele byli szkoleni tak szybko, że do 1927 roku stanowili oni prawie wszystkich z 26 200 nauczycieli w szkołach publicznych. Populacja szkolna powiększyła się pięciokrotnie w ciągu jednego pokolenia; edukacja pochłaniała połowę wydatków rządowych na wszystkich szczeblach, a możliwości edukacyjne na Filipinach były większe niż w jakiejkolwiek innej kolonii w Azji.
W konsekwencji tej pedagogicznej eksplozji, umiejętność czytania i pisania podwoiła się do prawie połowy w latach trzydziestych, a wykształceni Filipińczycy zdobyli wspólny język i językowy klucz do zachodniej cywilizacji. Do 1939 roku około jedna czwarta populacji mówiła po angielsku, co stanowiło odsetek większy niż w przypadku któregokolwiek z rodzimych dialektów. Być może ważniejsza była nowa droga awansu społecznego, jaką oferowała edukacja. Polityka edukacyjna była jedynym udanym amerykańskim wysiłkiem na rzecz ustanowienia socjokulturowej podstawy demokracji politycznej.
Amerykańskie próby stworzenia równości szans ekonomicznych były skromniejsze i mniej udane. W kraju, w którym dominuje rolnictwo, wzór własności ziemi jest kluczowy. Tendencja do większej koncentracji własności, która rozpoczęła się w XIX wieku, była kontynuowana w okresie amerykańskim, pomimo pewnych barier prawnych. Rozległe plantacje należące do Amerykanów zostały powstrzymane, ale ograniczenia prawne miały niewielki wpływ na tych Filipińczyków, którzy mieli dobre powiązania polityczne i chcieli gromadzić fortuny. Odsetek farmerów w dzierżawie udziałowej podwoił się w latach 1900-1935, a frustracja dzierżawców wybuchła w trzech małych rebeliach w środkowym Luzonie w latach 20. i 30. ubiegłego wieku.
Nie było też amerykańskiej polityki handlowej sprzyjającej dyfuzji władzy ekonomicznej. Od 1909 roku Payne-Aldrich Tariff Act pozwalał na swobodne wejście produktów filipińskich na rynek amerykański, jednocześnie produkty amerykańskie, w większości wytwarzane, były zwolnione z cła na Filipinach. Swobodny przepływ towarów importowanych z USA był silnym czynnikiem hamującym rozwój filipińskiego przemysłu. Rolnictwo eksportowe, zwłaszcza cukier, dobrze prosperowało na chronionym rynku amerykańskim. Właściciele młynów i dużych plantacji odnosili największe zyski, umacniając polityczną dominację elity ziemiańskiej.
Amerykańskie przygotowanie Filipin do demokratycznego samorządu cierpiało z powodu nieodłącznej sprzeczności, być może nie rozpoznanej w tamtym czasie. Przekazanie odpowiedzialności za rządy tym, którzy byliby w stanie je podjąć, nie było spójne z budowaniem społecznej i ekonomicznej bazy dla demokracji politycznej. Samorząd oznaczał, z konieczności, przejęcie władzy przez tych Filipińczyków, którzy byli już na kierowniczych stanowiskach w społeczeństwie. Ale ci ludzie wywodzili się w większości z elity ziemiańskiej; zachowanie ich pozycji politycznej i ekonomicznej było nie do pogodzenia z wyrównywaniem szans. Nawet ekspansja wykształconej klasy średniej niekoniecznie skutkowała zmianą układu sił. Większość aspirantów klasy średniej do przywództwa politycznego dostosowała się do wartości i praktyk istniejącej elity władzy.
Filipińscy przywódcy szybko i umiejętnie wykorzystali możliwości samorządności, jakie otworzyli przed nimi Amerykanie. Filipiński geniusz polityczny został najlepiej odzwierciedlony w pozaprawnej instytucji – partii politycznej. Pierwsza partia, Partia Federalna, była wspierana przez Stany Zjednoczone i kładła nacisk na współpracę z władcami, nawet w kwestii państwowości Filipin. Kiedy jednak w wyborach w 1907 r. zezwolono na otwarcie nacjonalistyczne wystąpienia, Partia Nacionalistyczna, opowiadająca się za niepodległością, odniosła przytłaczające zwycięstwo. Federaliści przetrwali pod nową nazwą, Progressives, i z nowym programem, zakładającym niepodległość po przeprowadzeniu reform społecznych. Jednak ani Postępowcy, ani ich następcy w latach dwudziestych, Demokraci, nigdy nie zdobyli więcej niż jedną trzecią miejsc w legislaturze. Partia Nacionalistas pod przywództwem Manuela Quezona i Sergio Osmeña zdominowała filipińską politykę od 1907 roku aż do uzyskania niepodległości.
Więcej niż rywalizacja między Nacionalistas a ich opozycją była ciągła rywalizacja między Quezonem a Osmeña. W rzeczywistości zrozumienie tego konfliktu osobowości daje lepszy wgląd w realia przedwojennej polityki filipińskiej niż jakiekolwiek badanie polityki czy ideologii.
W 1933 roku Kongres USA uchwalił ustawę Hare-Hawes-Cutting Act, która wyznaczyła datę niepodległości Filipin. Akt ten był spełnieniem niejasnej obietnicy zawartej w Jones Act; był również odpowiedzią na żądania serii „misji niepodległościowych” wysłanych do Waszyngtonu przez filipińską legislaturę. Jednak decyzja o tym bezprecedensowym przekazaniu suwerenności zapadła w mrocznych czasach Wielkiego Kryzysu lat trzydziestych XX wieku – i to z pomocą pewnych nietypowych sojuszników. Depresja spowodowała, że amerykańskie interesy rolne rozpaczliwie szukały ratunku, a ci, którzy doznali rzeczywistych lub wyimaginowanych krzywd z powodu konkurencji filipińskich produktów, starali się je wykluczyć. Nie powiodła się bezpośrednia próba zmiany taryfy celnej na import z Filipin, ale uznali, że szacowny płaszcz zwolenników niepodległości zwiększył skuteczność ich wysiłków. Niepodległość wiązała się z zakończeniem swobodnego wejścia na amerykańskie rynki filipińskiego cukru, oleju kokosowego, lin i innych mniej ważnych produktów. To, że te interesy gospodarcze były w stanie osiągnąć to, co zrobiły, można częściowo wytłumaczyć faktem, że ich siła polityczna była ogromna w porównaniu z siłą niewielkiej grupy amerykańskich handlowców i inwestorów na Filipinach.
Prawodawca filipiński odrzucił Hare-Hawes-Cutting Act, najwyraźniej w wyniku waśni Osmeña-Quezon, ku niezadowoleniu amerykańskich urzędników. Ale kiedy Quezon przybył do Waszyngtonu w następnym roku, by pracować nad nową ustawą, ten sam sojusz sił w Kongresie USA zobowiązał się do stworzenia niemal identycznej ustawy Tydings-McDuffie. Zatwierdzona przez Quezona i przyjęta z ochotą przez legislaturę w Manili, przewidywała ona 10-letnią wspólnotę, podczas której Stany Zjednoczone miały zachować jurysdykcję nad obroną i sprawami zagranicznymi. Filipińczycy mieli opracować własną konstytucję, podlegającą zatwierdzeniu przez prezydenta USA. Szybko wybrano konwencję konstytucyjną i opracowano konstytucję (która mocno przypominała swój amerykański model), zatwierdzoną w plebiscycie i przez prezydenta Franklina D. Roosevelta. Ostatni gubernator generalny, Frank Murphy, został pierwszym wysokim komisarzem, pełniącym bardziej rolę dyplomatyczną niż rządzącą. Commonwealth został zainaugurowany 15 listopada 1935 roku. Partia Nacionalista załatała swoje wewnętrzne spory i nominowała Quezona na prezydenta i Osmeñę na wiceprezydenta. Zostali oni wybrani przytłaczającą większością głosów.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Okres Commonwealthu miał być poświęcony przygotowaniu do niezależności gospodarczej i politycznej oraz doskonaleniu instytucji demokratycznych. Jednak nawet przed tragicznymi wydarzeniami II wojny światowej przemiany nie przebiegały gładko.