Jon wodorowy, ściśle, jądro atomu wodoru oddzielone od towarzyszącego mu elektronu. Jądro wodoru zbudowane jest z cząsteczki niosącej jednostkowy dodatni ładunek elektryczny, zwanej protonem. Odizolowany jon wodoru, przedstawiany symbolem H+, jest więc zwyczajowo używany do reprezentowania protonu. Ponieważ nagie jądro może łatwo łączyć się z innymi cząstkami (elektronami, atomami i cząsteczkami), izolowany jon wodorowy może istnieć tylko w przestrzeni prawie wolnej od cząstek (wysoka próżnia) i w stanie gazowym.
W powszechnym użyciu termin jon wodorowy jest używany w odniesieniu do jonu wodorowego obecnego w roztworach wodnych, w których występuje on jako połączona cząsteczka H+-H2O.
Wzór H+-H2O jest również powszechnie zapisywany jako H3O+ i oznacza jon hydroniowy lub oksonowy. Ilość jonów wodorowych obecnych w roztworze wodnym jest używana jako miara kwasowości substancji; im wyższe stężenie jonów wodorowych, tym bardziej kwaśny jest roztwór i tym niższe jest pH. Patrz również pH.