Druga zwrotka hymnu zawiera wers: „Aż na tym krzyżu, gdy Jezus umarł, gniew Boży został zaspokojony”, który jest zgodny z teorią zadośćuczynienia. Wers ten sprawił, że pieśń stała się przedmiotem krytyki ze strony przeciwników teorii zadośćuczynienia. W 2013 r. 15-osobowa komisja Kościoła Prezbiteriańskiego (USA) zagłosowała za wykluczeniem pieśni z nowego śpiewnika kościelnego po tym, jak Townend i Getty odmówili zgody na zmianę kontrowersyjnej linijki na „miłość Boża została powiększona”. Członkowie komisji do kompilacji śpiewnika odkryli alternatywne teksty w baptystycznym śpiewniku z 2010 roku, co spowodowało, że założyli, że zmiana została autoryzowana przez właścicieli praw autorskich. Krytycy decyzji komisji zwrócili uwagę na fakt, że śpiewnik zawierał inne pieśni popierające teorię zadośćuczynienia i model karnej substytucji zadośćuczynienia, w tym „O Sacred Head Now Wounded”. Według przewodniczącej komisji Mary Louise Bringle, decyzja o wykluczeniu „In Christ Alone” nie skupiła się na słowie „gniew”, ale raczej na słowie „zadowolony”.
Decyzja komisji o wykluczeniu pieśni wywołała większą debatę w różnych denominacjach i w samym Kościele Prezbiteriańskim USA. Pastor PCUSA Chris Joiner z First powiedział, że chociaż wielu osobom w jego kongregacji podobał się hymn, zgodził się z decyzją, ponieważ „ten tekst jest bliski stwierdzenia, że Bóg zabił Jezusa. Krzyż nie jest narzędziem Bożego gniewu”. Timothy George, dziekan Beeson Divinity School, skrytykował decyzję w internetowej kolumnie zatytułowanej „No Squishy Love” i stwierdził, że „wpisuje się ona w szerszy wzorzec bagatelizowania tych części doktryny chrześcijańskiej, które są obraźliwe”. Profesor Boyce College Denny Burk przyjął pogląd podobny do George’a, stwierdzając, że „kiedy gniew odchodzi, odchodzi również centralne znaczenie zadośćuczynienia Bożego: substytucja karna. Pod koniec dnia, krzyż sam w sobie jest przeszkodą i dlatego PCUSA nie może przestrzegać tego hymnu”. Tymczasem Bob Terry z The Alabama Baptist napisał, że zgadza się z teorią zadośćuczynienia, ale „jeśli znaczenie 'gniewu' jest takie, że Bóg jest mściwy i czerpał radość z karania swego Syna, to nie tak znajduję Boga opisanego w Biblii. Jak rozumiem Biblię, to dlatego, że 'Bóg tak umiłował świat', był gotów 'zmiażdżyć Go i sprawić, by cierpiał'”
.