Pomimo, że słowo stonoga oznacza dosłownie „stonoga”, większość stonóg nie ma 100 nóg. Liczba nóg stonogi zależy od liczby segmentów ciała, z których składa się jej ciało, a liczba ta różni się w zależności od gatunku. Stonogi mają zazwyczaj jedną parę odnóży na segment.
W pełni wyposażona dorosła stonoga może mieć od 15 do 177 par odnóży. Członkowie rzędów Lithobiomorpha i Scutigeromorpha mają 15 par nóg. W przeciwieństwie do innych gatunków stonóg, Scutigera mają długie, wieloczłonowe, owłosione odnóża, które umożliwiają im solidne trzymanie się podłoża i bardzo szybkie poruszanie się. Stonogi Scutigera nie są jednak w stanie przeciskać się przez glebę ani wgłębiać się w detrytus. Stonoga domowa ma zaokrąglony tułów z długimi, delikatnymi odnóżami, podczas gdy stonogi mają długie, smukłe ciała z nawet 177 parami krótkich odnóży. Kolorowe Scolopendromorphs mają od 21 do 23 par nóg.
Segment ciała za głową stonogi zawiera dwie nogi, które zostały zmodyfikowane w jadowite kły do polowania na ofiary. Aby pomóc w utrzymaniu równowagi i zwinności, nogi większości gatunków stonóg stają się stopniowo dłuższe, im dalej od głowy się znajdują. Ostatnia para odnóży biegnie za ciałem stonogi i jest wyposażona w szczecinki czuciowe. Nogi te działają jak dodatkowa para czułków, pozwalając stonogom na wycofywanie się z ciasnych przestrzeni. Stonogi są zdolne do zrzucania odnóży, gdy zależy od tego ich przetrwanie i mogą regenerować te części ciała po ich zrzuceniu.
Jak stonogi, stonogi są stawonogami z połączonymi odnóżami. Jednakże, podczas gdy stonogi mają więcej niż jedną parę nóg dołączonych do każdego z ich segmentów ciała, stonogi mają tylko jedną parę na segment. Amerykańska stonoga domowa (Scutigera coleopterana) ma cztery pary odnóży po wykluciu i 15 jako osobnik dorosły. Dodatkowe segmenty ciała i odnóża pojawiają się wraz z każdym kolejnym moltowaniem.