Niepodległość przed podbojem
Pierwsi Namibijczycy byli Sanami, ludami koczowniczymi o kulturze nastawionej na przetrwanie, opartej na polowaniu i zbieractwie. Ich klany były małe i rzadko się łączyły, a ich technologia wojskowa była tak słaba, że jeszcze przed przybyciem Europejczyków zostali zepchnięci na pustynne marginesy. Malowidła naskalne i ryciny w Twyfelfontein, w północno-zachodniej Namibii, rzuciły światło na wczesnych łowców-zbieraczy San, którzy kiedyś zamieszkiwali ten obszar. Kamienne artefakty, postacie ludzkie i zwierzęta, takie jak żyrafy, nosorożce i zebry są przedstawione. Twyfelfontein zostało wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO w 2007 r.
Pierwszymi zdobywcami południowej Namibii byli Nama. Mieli oni większy system klanowy, z sojuszami międzyklanowymi i gospodarką pasterską. Ściśle powiązani (zazwyczaj w roli zależnej) byli Damara, lud z centralnej Afryki, którego kultura łączyła pasterstwo, myślistwo i wytop miedzi. W północno-wschodniej i środkowej Namibii Herero (lud pasterski z centralnej Afryki) tworzyli powiązane ze sobą systemy klanowe, na czele których stał wódz naczelny. Jedność narodu Herero była jednak zawsze narażona na rozłamy. Na północy lud Ovambo rozwinął kilka królestw po obu stronach rzeki Kunene. Byli oni mieszanymi rolnikami (głównie ze względu na bardziej przyjazne środowisko dla upraw), a także wytapiali i obrabiali miedź. Na wschodzie spokrewnione ludy Kavango miały nieco podobny, ale słabszy system państwowy. Na obrzeżach Namibii – tj. w pasie Caprivi na dalekim wschodzie i na obrzeżach Kalahari – lokalne ludy i ugrupowania były spillovers z południowej Zambii (Barotse) i Botswany (Tswana).
Do lat sześćdziesiątych XIX wieku, kontakt europejski i penetracja były niewielkie. Diogo Cão i Bartolomeu Dias dotknęli wybrzeża Namibii odpowiednio w 1486 i 1488 roku, w drodze do i powrocie z Przylądka Dobrej Nadziei, ale nie było praktycznie żadnego kontaktu aż do lat 70-tych XVI wieku. Afrikaner odkrywców po 1670 i Afrikaner handlowców i osadników około 1790 przyszedł do Namibii i ostatecznie osiągnęła południowe granice królestw Ovambo, zwłaszcza w Etosha Pan. Oni – wraz z niemieckimi misjonarzami, odkrywcami różnych narodowości, brytyjskimi handlarzami i norweskimi wielorybnikami – nie odgrywali dominującej roli przed 1860 rokiem. Zamiast tego, stworzyli pierwsze możliwości handlu (kością słoniową, a później bydłem) i wprowadzili broń palną.
Te ostatnie zwiększyły destrukcyjność konfliktów między różnymi klanami i ludami. Podobnie było z przybyciem, po pierwszej ćwierci XIX wieku, Oorlam-Nama z Przylądka. Ich technologia wojskowa (obejmująca konie, broń i małe mobilne komando) była wzorowana na technologii Afrikanerów. Zdominowali oni zamieszkałych tam Nama (Czerwony Naród) i Damara. W połowie XIX w. w pobliżu Windhoek powstało królestwo rządzone przez Oorlam, ale częściowo przez Herero i wspierane przez Czerwony Naród i Damara, założone przez wodza Oorlam, Jonkera Afrikanera.
Środkowa Namibia była wówczas obszarem konfliktu między przesuwającymi się na południe Herero a migrującymi na północ Nama. W 1870 roku podpisano z Niemcami traktat pokojowy na granicy kraju Herero. W międzyczasie, głównie w wyniku nacisków wojennych, Maherero wyłonił się jako główny wódz Herero. W tym czasie południowoafrykańska społeczność kreolska („kolorowi”), Rehoboth Basters, wyemigrowała na terytorium na południe od Windhoek, gdzie służyła jako bufor między Herero a Niemcami. Podobnie jak Oorlam, byli oni zeuropeizowani pod względem technologii wojskowej, jak również społeczeństwa obywatelskiego i organizacji państwa, które zostały skopiowane od Afrikanerów.