Ogólna reakcja rozkładu glikogenu do glukozo-1-fosforanu jest następująca:
glikogen(n reszt) + Pi ⇌ glikogen(n-1 reszt) + glukozo-1-fosforan
Fosforylaza glikogenu rozszczepia wiązanie łączące końcową resztę glukozy z gałęzią glikogenu przez podstawienie grupy fosforowej do wiązania α.
Glukozo-1-fosforan jest przekształcany w glukozo-6-fosforan (który często kończy się w glikolizie) przez enzym fosfoglukomutazę.
Reszty glukozy są fosforyzowane z gałęzi glikogenu aż do czterech reszt przed glukozą, która jest rozgałęziona wiązaniem α. Enzym rozkładający glikogen przenosi następnie trzy z pozostałych czterech jednostek glukozy na koniec innej gałęzi glikogenu. To odsłania punkt rozgałęzienia α, który jest hydrolizowany przez glukozydazę α, usuwając ostatnią resztę glukozy z rozgałęzienia jako cząsteczkę glukozy i eliminując rozgałęzienie. Jest to jedyny przypadek, w którym metabolitem glikogenu nie jest glukozo-1-fosforan. Glukoza jest następnie fosforylowana do glukozo-6-fosforanu przez heksokinazę.