De Southern Christian Leadership Conference (SCLC) werd opgericht op 10 en 11 januari 1957, toen zestig zwarte predikanten en leiders op het gebied van burgerrechten in Atlanta (Georgia) bijeenkwamen in een poging de succesvolle strategie en tactiek van de onlangs beëindigde busboycot in Montgomery (Alabama) te herhalen. Ds. Martin Luther King Jr. werd gekozen als de eerste voorzitter van deze nieuwe groep die zich inzette voor de afschaffing van de gelegaliseerde segregatie en het beëindigen van het verlies van het kiesrecht van zwarte zuiderlingen op een geweldloze manier. Later zou de SCLC zich ook gaan bezighouden met oorlog en armoede.
De Southern Christian Leadership Conference had het moeilijk in haar beginperiode, met slechts één voltijdse medewerker, maar breidde zich al snel uit met de studenten sit-in beweging van 1960 en de Freedom Rides van 1961. In deze periode ontving de SCLC ook een subsidie van de stichting om het Citizenship Education Project van de Highlander Folk School over te nemen en geld van de stichting om kiezersregistratie in het Zuiden te financieren.
In december 1961 begon de SCLC haar eerste directe actiecampagne in Albany, Georgia met een serie marsen om te protesteren tegen segregatie en discriminatie. Door gebrek aan planning en spanningen met het rivaliserende Student Non-Violent Coordinating Committee (SNCC) werd de campagne echter een mislukking. In 1963 boekte de SCLC haar eerste overwinning, de succesvolle vier maanden durende campagne in Birmingham, Alabama. De Birmingham-campagne, die Martin Luther King’s beroemde “Brief uit een Birmingham Gevangenis” opleverde, waarin de Birminghamse politiecommissaris “Bull” Connor en demonstranten geïntimideerd werden door honden en hogedruk-brandweerslangen, en waarin in september 1963 vier meisjes werden gedood bij de bomaanslag op de Sixteenth Street Baptist Church, bracht president John F. Kennedy er uiteindelijk toe op te roepen tot een nationale burgerrechtenwet. De SCLC ging daarna door met het organiseren van demonstraties in 1964 in St. Augustine, Florida, en in 1965 in Selma, Alabama. De campagne in Selma leidde tot de steun van president Lyndon Johnson voor de aanname van de Voting Rights Act van 1965.
De financiële moeilijkheden die de organisatie in haar eerdere jaren ondervond, maakten plaats voor een jaarlijks inkomen van meer dan 1,5 miljoen dollar en een fulltime staf van ongeveer 200 mensen als gevolg van haar succes in Birmingham en Selma. In augustus 1965, na het oproer in Watts (Los Angeles), verlegde de SCLC haar aandacht naar stedelijke armoede in Chicago, Illinois, maar de volgende twee jaar ondervond de organisatie mislukkingen en een gestage daling in moreel en discipline.
In het najaar van 1967 werd de Poor People’s Campaign (PPC) gelanceerd om de economische kloof tussen zwarten en blanken te overbruggen en het aanhoudende probleem van armoede in de Verenigde Staten aan te pakken. In 1968 werd een mars op Washington gepland, maar die werd overschaduwd door de moord op SCLC-oprichter Dr. Martin Luther King op 4 april 1968 in Memphis, Tennessee. De Poor People’s campagne stortte in, ondanks een poging tot voortzetting door King’s opvolger, Rev. Ralph David Abernathy.
Niettemin ging de SCLC na King’s dood door met betrokkenheid en succes bij kiezersregistratie en hulp bij protesten in het Zuiden. Hoewel de SCLC niet meer zo invloedrijk is als in de jaren zestig, is zij nog steeds actief en houdt zij zich bezig met een breed scala aan mensenrechtenkwesties. Martin Luther King III stond tussen 1997 en 2004 aan het hoofd van de organisatie. In oktober 2009 werd Bernice King, dochter van Dr. Martin Luther King, gekozen om de SCLC te leiden. Zij is de eerste vrouw die deze functie bekleedt.