Afgaande op de esthetiek, lijkt het spel zich af te spelen in een fictieve versie van het Feodale Japan. In de openingscinematic legt hoofdrolspeler Shadow uit dat hij op zoek was naar een waardige tegenstander toen hij de Gates of Shadows tegenkwam, een pad naar de Shadow World. Toen hij de Gates opende, werden de zes demonen die aan de andere kant gevangen zaten, vrijgelaten en werd het lichaam van Shadow omhuld door de mystieke Shadow Energy, die hem in een silhouet zonder gezicht veranderde. In de overtuiging dat het verzegelen van de Gates hem in staat zal stellen zijn fysieke lichaam terug te krijgen, gaat Shadow op pad om de demonen te verslaan en de zegels te bemachtigen die ze bewaken, en die kunnen worden gebruikt om de Gates te sluiten.
Shadow wordt in zijn zoektocht geholpen door zijn voormalige Sensei, een smid genaamd May, en later een oplichter genaamd Sly. De groep reist door de regio en stopt in de steden waar de demonen zich hebben gevestigd. Shadow neemt deel aan verschillende toernooien en gevechten om zich voor te bereiden op de gevechten met de demonen en hun lijfwachten. De zes demonen waar Shadow het tegen op moet nemen zijn, in volgorde:
- Lynx, de leider van een huurmoordenaarsgroep genaamd The Order
- Hermit, een machtige tovenaar en het hoofd van een vechtende & toverschool
- Butcher, de leider van een jeugdbende
- Wasp, de piratenkoningin en dochter van de voormalige piratenkoning
- Widow, die met haar charmes vrijwel elke man kan verleiden
- Shogun, een in ongenade gevallen rōnin die tot krijgsheer is omgevormd
Nadat Shadow alle demonen heeft verslagen en hun zegels heeft afgepakt, komt hij bij de Poorten aan. De zes demonen volgen hem om te proberen hem te stoppen de poorten te sluiten, maar hij overmeestert hen. Shadow sluit dan de Poorten, maar Titan, de heerser van de Schaduwwereld, valt hem aan en vangt May voordat de Poorten sluiten. Omdat hij de Poorten niet kan heropenen, keert Shadow, nog steeds een silhouet, terug om de demonen opnieuw te verslaan en hun zegels te vernietigen, waarbij hij hun waarschuwingen over Titan negeert. Met de vernietiging van de zegels gaan de Gates kortstondig weer open, waardoor Shadow in zijn eentje naar het Shadow Realm kan reizen.
Shadow, verzwakt door zijn reis door de Gates, wordt aangevallen en bijna verslagen door Shroud, een dienaar van Titan, maar Kali, een lid van een ondergronds verzet dat zich verzet tegen Titans heerschappij, arriveert om hem te redden. Shadow wordt naar de ondergrondse basis van het verzet gebracht, waar de leider van het verzet, Cypher, hem vertelt dat Titan in feite een buitenaardse krijgsheer is die al vele werelden heeft veroverd, waaronder deze, en van plan is om ook de wereld van Shadow over te nemen. Het verzet bestaat uit buitenaardse wezens wiens werelden door Titan zijn veroverd, en Shadow verdient hun respect door ze allemaal in gevechten te verslaan. Als Cypher eenmaal is verslagen, merkt hij op dat Shadow misschien wel de krijger is die Titan zou verslaan, en hij laat Kali hem naar de Ancient brengen, een machtig wezen dat veel krijgers (waaronder Shroud) heeft opgeleid en wiens soort door Titan is uitgeroeid. Om de Ancient te vinden, lokaliseert en verslaat Shadow eerst Cronos, een robot die voor dit doel door Cypher is gemaakt en die uiteindelijk een schurk is geworden. Met behulp van Cronos’ opsporingstechnologie vinden Shadow en Kali de Ancient, die in eerste instantie niet wil helpen, maar uiteindelijk in Shadow’s krachten gaat geloven nadat hij al zijn testen heeft doorstaan, bestaande uit gevechten tegen de geesten van gevallen krijgers en de Ancient zelf.
De Ancient vermomt Shadow als een van Titans soldaten en stelt voor dat hij dicht bij Titan komt door deel te nemen aan een toernooi, waarvan de winnaar Titans nieuwste elitetroeper wordt. Halverwege het toernooi wordt Shadow teruggeroepen naar de schuilplaats van het verzet, die is aangevallen door Shroud en een andere krijger, Justice. Hij verslaat Shroud en wordt geconfronteerd met Justice, die een gehersenspoelde May blijkt te zijn. Nadat May gevangen is genomen door het verzet, gaan Shadow en Kali naar Titans Citadel, waar Shadow Titans lijfwachten verslaat, die allemaal duistere alternatieve versies van hemzelf zijn. Ondertussen verlaat Ancient de Shadow World om elders “oorlog te voeren”. May ontsnapt en komt om Shadow te doden, maar hij verslaat en bevrijdt haar van Titans controle. Terwijl Kali May terugbrengt naar de Poorten van de Schaduwen, voeren Shadow en Titan een laatste gevecht. Zodra Titan is verslagen, explodeert zijn lichaam en wordt de citadel vernietigd. Shadow zit gevangen in de explosie, maar overleeft het en slaagt erin terug te keren naar de Gates voordat ze vernietigd worden, waarbij hij zijn fysieke lichaam terugkrijgt. Shadow wordt herenigd met May, en de twee omhelzen elkaar voordat ze weglopen, niet wetende dat ze worden gevolgd door een schaduw die de vernietiging van de Gates heeft overleefd.
Old WoundsEdit
Old Wounds is een bonus verhaallijn exclusief de Special Edition van het spel dat draait om een jongere Sensei’s ontmoetingen met jongere versies van de zes demonen. De gevechten in dit speltype kunnen niet worden overgespeeld.
Op een dag komt Sensei de prins van Ivor City tegen, die wordt achtervolgd door Lynx. Sensei verslaat Lynx en jaagt hem weg, terwijl de Prins uitlegt dat hij uit zijn paleis is ontvoerd door onbekende aanvallers, maar wist te ontsnappen. Toen hij ontvoerd was, hoorde de prins dat zijn soldaten training kregen van Hermit, dus hij en Sensei gaan de confrontatie met hem aan, in de overtuiging dat hij op de een of andere manier betrokken was bij het verraad van de mannen van de prins. Kluizenaar geeft toe dat hij de prins heeft verraden en Lynx heeft ingehuurd om hem te doden, maar beweert dat hij dat deed voor de toekomst van zijn school. Nadat Sensei hem heeft verslagen, onthult Hermit dat de rechterhand van de prins, Shogun, hem heeft opgedragen zijn soldaten te trainen in ruil voor bescherming tegen Butchers bende, van wie Hermit vermoedt dat zij degene zijn die de prins hebben ontvoerd. Wanneer Sensei en de prins Butcher confronteren, onthult deze dat Butcher hem heeft betaald om hem te laten gaan en hem te vertellen waar hij een magische bol kan vinden. Terwijl de prins vlucht, verslaat Sensei Butcher, die hem informeert over een vrouw die Shogun had overgehaald de prins te verraden in ruil voor de bol, die iedereen die hem hanteert magische krachten kan geven.
Butcher wijst Sensei op de dokken waar de bol per boot zal worden aangevoerd. Daar wordt hij geconfronteerd met Wasp, die onthult dat de bol een dag eerder door iemand is opgehaald. Na verslagen te zijn, onthult Wasp dat de vrouw waar Butcher het over had Widow is, die wraak wil nemen op de prins omdat hij haar liefde heeft afgewezen, en dat de bol iedereen die zijn kracht gebruikt in Widows slaaf zal veranderen. Sensei vindt Widow en verslaat haar voordat hij haar overhaalt hem te vertellen wat er met de bol is gebeurd. Widow onthult dat de prins de bol heeft meegenomen en de kracht ervan heeft gebruikt om Shogun te verslaan, die hij wil executeren wegens verraad. Sensei arriveert in Ivor City, waar de Prins, gek geworden door zijn macht, een door zijn geest gecontroleerde Shogun opdracht geeft hem te doden. Na de nederlaag van Shogun vecht de Prins zelf met Sensei, maar wordt ook verslagen. De Oude komt dan aan en legt aan een verwarde Sensei uit dat hij de tijdstroom tijdelijk heeft gestopt om de bol terug te brengen naar waar hij thuishoort, en dat zijn aanwezigheid hier werd veroorzaakt door de instabiliteit van de Poorten van de Schaduwen. Voordat hij weggaat, verzekert hij de Sensei dat niemand, inclusief hijzelf, zich morgen nog iets zal herinneren van deze gebeurtenissen.