Een groep mannen bevindt zich aan boord van een Engels schip dat op de Theems ligt. De groep bestaat uit een advocaat, een boekhouder, een bedrijfsdirecteur/kapitein en een man zonder specifiek beroep die Marlow wordt genoemd. De verteller blijkt een andere naamloze gast op het schip te zijn. Terwijl ze rondhangen en wachten tot de wind aanwakkert zodat ze hun reis kunnen voortzetten, begint Marlow te spreken over Londen en Europa als een van de donkerste plekken op aarde. De verteller en de andere gasten lijken hem niet met veel respect te bejegenen. Marlow is een stilzittende man, zeer ongebruikelijk voor een zeeman. De anderen begrijpen hem niet omdat hij niet in een nette categorie past zoals de anderen dat doen. Hij heeft het over kolonisatie en zegt dat het hakken van de aarde in prijzen of stukken niet iets is om al te goed te onderzoeken omdat het een gruweldaad is. Dan begint hij te vertellen over een persoonlijke ervaring in Afrika, die hem ertoe bracht zoetwaterzeeman te worden en hem een verschrikkelijke blik op kolonisatie gaf. Met uitzondering van twee of drie kleine alinea’s verschuift het perspectief naar Marlow, die de rest van de roman de hoofdverteller wordt.
Marlow heeft altijd een passie gehad voor reizen en verkenning. Kaarten zijn een obsessie voor hem. Marlow besluit dat hij niets liever wil dan de schipper worden van een stoomschip dat op en neer vaart op een rivier in Afrika. Zijn tante heeft een connectie bij de administratie van een zeevaart- en exploratiebedrijf dat ivoor verzamelt, en zij slaagt erin Marlow een aanstelling te bezorgen. Hij vervangt een kapitein die in een schermutseling met de inboorlingen om het leven is gekomen. Als Marlow op het kantoor van het bedrijf aankomt, is de sfeer uiterst duister en onheilspellend. Hij heeft het gevoel dat iedereen hem meewarig aankijkt. De arts die zijn lichamelijk onderzoek doet, vraagt of er een geschiedenis van krankzinnigheid in Marlow’s familie is. Hij vertelt Marlow dat niets hem kan overhalen zich aan te sluiten bij de compagnie in Congo. Dit bevreemdt Marlow, maar hij denkt er niet veel over na. De volgende dag begint hij aan een reis van een maand naar het eerste compagniestation. De Afrikaanse kusten die hij ziet, zien er allesbehalve gastvrij uit. Ze zijn donker en tamelijk desolaat, ondanks de vlaag van menselijke activiteit rondom hen. Als hij aankomt, verneemt Marlow dat een compagnielid onlangs zelfmoord heeft gepleegd. Er zijn massa’s kettingbende types, die hem allemaal met lege blikken aankijken. Een jonge jongen nadert Marlow, met een lege blik. Marlow kan niets anders doen dan hem wat scheepskoekjes aanbieden. Hij is erg opgelucht de jongen achter te laten als hij een zeer goed geklede man tegenkomt die het toonbeeld is van respectabiliteit en elegantie. Ze stellen zich voor: hij is de hoofdboekhouder van de Maatschappij. Marlow raakt bevriend met deze man en brengt regelmatig tijd door in zijn hut terwijl de boekhouder de boekhouding doorneemt. Na tien dagen het slechte humeur van de hoofdboekhouder te hebben geobserveerd, vertrekt Marlow voor een reis van 200 mijl naar het binnenland van Congo, waar hij gaat werken voor een station dat wordt gerund door een man genaamd Kurtz.
De reis is zwaar. Marlow kruist vele paden, ziet verlaten huizen, en ontmoet zwarte mannen aan het werk. Marlow beschrijft hen nooit als mensen. In de hele roman verwijzen de blanke personages naar hen in dierlijke termen. Uiteindelijk komt Marlow aan bij een tweede station, waar hij de manager ontmoet, die voorlopig toezicht zal houden op zijn werk. Het is een vreemde ontmoeting. De Manager glimlacht op een manier die zeer discomfijtelijk is. Het schip waarop Marlow zou moeten uitvaren is kapot. Terwijl ze wachten op de levering van de klinknagels die nodig zijn om het te repareren, besteedt Marlow zijn tijd aan meer alledaagse taken. Hij hoort regelmatig de naam “Kurtz” in het station. Blijkbaar kent iedereen zijn toekomstige baas. Het gerucht gaat dat hij ziek is. Binnenkort vertrekt de hele bemanning voor een reis naar Kurtz’ station.
De oom van de manager arriveert met zijn eigen expeditie. Marlow hoort ze zeggen dat ze Kurtz en zijn assistent graag opgehangen zouden zien, zodat hun station als ivoorconcurrentie kan verdwijnen. Na een dag verkennen is de expeditie al hun dieren kwijt. Marlow gaat op weg naar Kurtz’ station met de Pelgrims, de kannibalenbemanning en de manager. Ongeveer acht mijl van hun bestemming, stoppen ze voor de nacht. Er wordt gesproken over een naderende aanval. Het gerucht gaat dat Kurtz gedood zou zijn in een eerdere aanval. Sommige pelgrims gaan aan land om het te onderzoeken. Het zoemende geluid van pijlen wordt gehoord; een aanval is gaande. De pelgrims schieten terug vanaf het schip met geweren. De stuurman van het schip wordt gedood, evenals een inboorling aan wal. Marlow veronderstelt dat Kurtz is omgekomen bij de onverklaarbare aanval. Dit maakt hem zeer van streek. Tijdens zijn reizen heeft hij er erg naar uitgekeken om deze man te ontmoeten. Marlow deelt de achtergrond van Kurtz: een Engelse opleiding, een vrouw die thuis op hem wacht. Ondanks Marlow’s teleurstelling vaart het schip door. Een eindje verder op de rivier ziet de bemanning Kurtz’s station, waarvan ze dachten dat het verloren was. Ze ontmoeten een Russische man die op een harlekijn lijkt. Hij zegt dat Kurtz nog leeft, maar enigszins ziek is. De inboorlingen willen niet dat Kurtz vertrekt omdat hij hun geest heeft verruimd. Kurtz wil niet weg omdat hij in wezen deel van de stam is geworden.
Na een tijdje met de Rus te hebben gepraat, heeft Marlow een heel duidelijk beeld van de man die zijn obsessie is geworden. Eindelijk krijgt hij de kans om met Kurtz te praten, die ziek is en op zijn sterfbed ligt. De inboorlingen omsingelen zijn hut tot hij hen zegt te vertrekken. Terwijl hij de wacht houdt, dommelt Marlow in en realiseert zich dat Kurtz weg is. Hij achtervolgt hem en vindt Kurtz in het bos. Hij wil het station niet verlaten omdat zijn plannen niet volledig zijn gerealiseerd. Marlow slaagt erin hem mee terug te nemen naar zijn bed. Kurtz vertrouwt Marlow al zijn oude dossiers en papieren toe. Daaronder is een foto van zijn liefje. De Rus ontsnapt voordat de manager en anderen hem kunnen opsluiten. De stoomboot vertrekt de volgende dag. Kurtz sterft een paar dagen later aan boord, Marlow heeft hem tot het einde toe bijgestaan.
Marlow keert terug naar Engeland, maar de herinnering aan zijn vriend achtervolgt hem. Hij slaagt erin de vrouw van de foto te vinden, en hij bezoekt haar. Ze vertelt honderduit over zijn prachtige persoonlijke kwaliteiten en over hoe schuldig ze zich voelt dat ze niet op het laatst bij hem was. Marlow liegt en zegt dat haar naam het laatste woord was dat door Kurtz werd gesproken – de waarheid zou te duister zijn om haar te vertellen.