Meharry Medical College in Nashville is in 1876 ontstaan als de medische afdeling van Central Tennessee College, een instelling die was opgericht door de Freedman’s Aid Society van de Methodist Episcopal Church. De oprichtingsmotivatie was aspirant-verzorgers op te leiden om niet alleen pas bevrijde Afro-Amerikanen te dienen, maar ook allen die verstoken waren van en behoefte hadden aan medische zorg. De oprichter en eerste president van Meharry Medical College was George Whipple Hubbard (1841-1921) uit New Hampshire, een voormalig soldaat van de Unie die zijn medische graad had behaald aan de Universiteit van Nashville. Terwijl hij nog op school zat, begon Hubbard met de opbouw van Meharry, met hemzelf als enige instructeur, religieus adviseur en hoofdinspecteur.
De tandheelkundige en farmaceutische afdelingen van Meharry werden respectievelijk in 1886 en 1889 georganiseerd. De eerste afstudeerklas in 1890 telde slechts één lid; hij had de graad van Master of Arts. In 1910 werd de verplegingsschool van het Mercy Hospital overgebracht naar Meharry. Het Hubbard Hospital werd in 1912 gebouwd. Op 13 oktober 1915 kreeg Meharry Medical College een charter, los van Central Tennessee College, dat in 1900 zijn naam had veranderd in Walden University.
Op 1 februari 1921 werd John J. Mullowney, in 1908 afgestudeerd aan de Universiteit van Pennsylvania en voormalig faculteitslid van Girard College in Philadelphia, de tweede president van Meharry. Onder zijn leiding werden de toelatingseisen strikt toegepast; het aantal faculteitsleden werd uitgebreid; de onderzoeks- en ziekenhuisfaciliteiten werden uitgebreid, waardoor de beddencapaciteit werd verhoogd tot honderd; poliklinieken werden gereorganiseerd naar specialisme; en er werd een ziekenhuisopzichter in dienst genomen. In 1923 kreeg Meharry een “A” rating.
Met bijdragen van de General Education Board en de Rockefeller, Rosenwald, Eastman, en Carnegie stichtingen, samen met hulp van de stad Nashville en Meharry alumni, verhuisde het college van South Nashville naar de huidige locatie in North Nashville, één straat ten westen van Fisk University, in de late jaren 1920. Zo begon een lange, wederzijds voordelige relatie tussen de scholen. Aanvankelijk dienden sommige gebouwen beide instellingen. De latere neogotische en college-gotische architectuur van de gebouwen van de twee scholen zou de symbiotische relatie tussen Fisk en Meharry weerspiegelen. Tegen de jaren dertig hadden veel aspirant-artsen hun vooropleiding en premedische opleiding aan Fisk gevolgd en studeerden later af aan Meharry.
In 1938 nam de vooraanstaande geleerde Edward L. Turner de functie van president op zich. Turner wijzigde het curriculum van de medische faculteit, drong aan op een meer wetenschappelijke benadering en benadrukte het belang van goede klinische procedures. In deze periode begon Meharry financiële problemen te krijgen, die de instelling in de jaren veertig van de vorige eeuw teisterden. Turner nam ontslag in 1944. Dr. M.D. Clawson was president van Meharry van 1945 tot 1950.
Een interim administratief comité leidde de zaken tot 1952, toen Dr. Harold D. West, de eerste zwarte president van de school, aan zijn termijn begon. Onder West startte de school een fondsenwerving van 20 miljoen dollar, kocht grond naast de campus en bouwde een vleugel aan het ziekenhuis. De school herdefinieerde haar doel en beëindigde de School of Nursing en de Division of Dental Technology in het begin van de jaren 1960. Er werden ook belangrijke verbeteringen aangebracht in het curriculum en de faciliteiten van de scholen voor geneeskunde en tandheelkunde.
Van 1966 tot 1968 leidde een interim-comité Meharry totdat de voormalige decaan van de medische school, Lloyd Elam, tot president werd benoemd. Meharry richtte toen een graduate school op die de Ph.D. graad in de basiswetenschappen aanbood en een School of Allied Health Professions in samenwerking met Tennessee State University en Fisk University. In de jaren 1970 werden nieuwe gebouwen voor de scholen voor geneeskunde en tandheelkunde en een nieuw ziekenhuis gebouwd. Elam gaf Meharry dertien jaar lang een vooruitstrevende leiding en zette zijn diensten aan de school voort als vooraanstaand lid van de onderwijsfaculteit.
In maart 1981 nam Richard Lester, voorzitter van het Department of Radiology van de University of Texas Science Center en lid van de raad van trustees van Meharry, de taken van interim-president voor een jaar op zich. In juli 1982 werd David Satcher de derde zwarte man die de functie van president bekleedde. Satcher kreeg nationale bekendheid en werd in 1993 benoemd tot directeur van het United States Center for Disease Control in Atlanta. In 1997 nomineerde President Bill Clinton Satcher voor de positie van chirurg-generaal van de Verenigde Staten; hij werd het jaar daarop bevestigd.
De teugels van Meharry werden doorgegeven aan Dr. John E. Maupin Jr., de eerste alumnus en afgestudeerde van Meharry’s School of Dentistry die de hoogste bestuurder van de instelling werd. Maupin werd op 1 juli 1994 de negende president. Hij werd belast met het toezicht op de bouw en renovatie van faciliteiten, het samenvoegen van de respectievelijke klinische staf en het volbrengen van de monumentale taak om de nationale gemeenschap te versterken rond de voortdurende levensvatbaarheid van Meharry Medical College. Maupin zou ook de inwijding van de samengevoegde faciliteiten op 1 januari 1998 orkestreren.
Meharry Medical College omvat de School of Medicine, de School of Dentistry, de School of Graduate Studies and Research, de School of Allied Health Professions, het Metropolitan General Hospital of Nashville-Davidson County, twee gezondheidscentra, en het Harold D. West Basic Sciences Center.