De y-as van een massaspectrum geeft de signaalintensiteit van de ionen weer. Bij gebruik van teldetectoren wordt de intensiteit vaak gemeten in counts per seconde (cps). Bij gebruik van analoge detectie-elektronica wordt de intensiteit meestal gemeten in volt. In FTICR en Orbitraps is het frequentiedomeinsignaal (de y-as) gerelateerd aan het vermogen (~amplitude in het kwadraat) van de sinusgolf van het signaal (vaak herleid tot een rms-vermogen); de as wordt echter om vele redenen gewoonlijk niet als zodanig gelabeld. Bij de meeste vormen van massaspectrometrie geeft de intensiteit van de door de spectrometer gemeten ionenstroom niet nauwkeurig de relatieve abundantie weer, maar correleert daar losjes mee. Daarom is het gebruikelijk de y-as te labelen met “arbitrary units”.
Y-as en relatieve abundantieEdit
De intensiteit van het signaal kan van vele factoren afhankelijk zijn, met name van de aard van de geanalyseerde moleculen en de wijze waarop zij ioniseren. De efficiëntie van de ionisatie varieert van molecule tot molecule en van ionenbron tot ionenbron. In electrospray-bronnen in positieve ionenstand zal bijvoorbeeld een quaternair amine uitzonderlijk goed ioniseren, terwijl een grote hydrofobe alcohol hoogstwaarschijnlijk niet zal worden gezien, hoe geconcentreerd deze ook is. In een EI-bron zullen deze moleculen zich heel anders gedragen. Bovendien kunnen er factoren zijn die de ionentransmissie onevenredig beïnvloeden tussen ionisatie en detectie.
Aan de detectiekant zijn er vele factoren die ook de signaalintensiteit op een niet-proportionele manier kunnen beïnvloeden. De grootte van het ion beïnvloedt de snelheid van de inslag en bij bepaalde detectoren is de snelheid evenredig met de signaaloutput. Bij andere detectiesystemen, zoals FTICR, is het aantal ladingen op het ion belangrijker voor de signaalintensiteit. In Fourier-transformatie-ionencyclotronresonantie en massaspectrometers van het Orbitrap-type is de signaalintensiteit (Y-as) gerelateerd aan de amplitude van het vrije-inductie-verval-signaal. Dit is in wezen een machtsrelatie (amplitude in het kwadraat), maar vaak wordt deze berekend als een rms. Voor afnemende signalen is de rms niet gelijk aan de gemiddelde amplitude. Bovendien is de dempingsconstante (vervalsnelheid van het signaal in de fid) niet voor alle ionen gelijk. Om conclusies te kunnen trekken over de relatieve intensiteit is veel kennis en zorg nodig.
Een veelgebruikte manier om meer kwantitatieve informatie uit een massaspectrum te halen is het maken van een standaardcurve waarmee het monster vergeleken kan worden. Dit vereist dat men van tevoren weet wat men wil kwantificeren, dat men een standaard beschikbaar heeft en dat men het experiment speciaal voor dit doel opzet. Een meer geavanceerde variant hiervan is het gebruik van een interne standaard die zich zeer vergelijkbaar gedraagt met de analyt. Vaak is dit een isotopisch gemerkte versie van de analyt. Er zijn vormen van massaspectrometrie, zoals versneller-massaspectrometrie, die van onderaf zijn ontworpen om kwantitatief te zijn.
Spectrale scheefheidEdit
Spectrale scheefheid is de verandering in relatieve intensiteit van massaspectrale pieken ten gevolge van de veranderingen in de concentratie van de analyt in de ionenbron wanneer het massaspectrum wordt gescand. Deze situatie doet zich routinematig voor wanneer chromatografische componenten in een continue ionenbron elueren. Spectral skewing wordt niet waargenomen in ionenval- (quadrupool (dit is ook waargenomen in QMS) of magnetische) of time-of-flight (TOF) massa-analysatoren omdat potentieel alle ionen die in de operationele cyclus (een momentopname in de tijd) van het instrument worden gevormd, beschikbaar zijn voor detectie.