Het tweede couplet van de hymne bevat de regel: “Totdat aan dat kruis, toen Jezus stierf, de toorn van God was voldaan”, die de voldoeningstheorie van de verzoening aanhangt. Deze regel heeft het lied tot onderwerp van kritiek gemaakt bij tegenstanders van de voldoeningstheorie. In 2013 stemde een 15-koppig comité van de Presbyteriaanse Kerk (VS) om het lied uit te sluiten van een nieuw kerkelijk gezangboek nadat Townend en Getty toestemming weigerden om de controversiële regel te veranderen in “de liefde van God werd groot gemaakt.” Leden van het comité dat het gezangboek samenstelde hadden de alternatieve tekst ontdekt in een Baptisten gezangboek uit 2010, waardoor ze aannamen dat de verandering was goedgekeurd door de rechthebbenden. Critici van het besluit van het comité wezen erop dat het gezangboek andere liederen bevatte die de voldoeningstheorie en het strafsubstitutiemodel van verzoening onderschrijven, waaronder “O Sacred Head Now Wounded”. Volgens commissievoorzitter Mary Louise Bringle was de beslissing om “In Christ Alone” uit te sluiten niet zozeer gebaseerd op het woord “toorn” maar meer op “voldaan”.
De beslissing van de commissie om het lied uit te sluiten bracht een groter debat op gang tussen denominaties en binnen de Presbyterian Church USA zelf. PCUSA predikant Chris Joiner van First zei dat, hoewel velen in zijn gemeente de hymne mooi vonden, hij het eens was met de beslissing omdat “die tekst dicht in de buurt komt van de uitspraak dat God Jezus heeft gedood. Het kruis is niet een instrument van Gods toorn”. Timothy George, de decaan van de Beeson Divinity School, bekritiseerde de beslissing in een online column getiteld “No Squishy Love” en beweerde dat het “past in een breder patroon van het bagatelliseren van delen van de christelijke leer die beledigend zijn.” Boyce College professor Denny Burk nam een soortgelijk standpunt in als George, door te stellen dat “Wanneer de toorn verdwijnt, verdwijnt ook de centrale betekenis van de verzoening van God: strafvervanging. Uiteindelijk is het kruis zelf het struikelblok, en daarom kan de PCUSA zich niet bij deze hymne neerleggen”. Ondertussen schreef Bob Terry van The Alabama Baptist dat hij het eens was met de bevredigingstheorie, maar “als de betekenis van ‘toorn’ is dat God wraakzuchtig is en er plezier in schept om Zijn Zoon te straffen, dan is dat niet hoe ik God in de Bijbel beschreven vind. Zoals ik de Bijbel begrijp, was het omdat ‘God de wereld zo liefhad’ dat Hij bereid was ‘Hem te verpletteren en Hem te laten lijden’.