De algemene reactie voor de afbraak van glycogeen tot glucose-1-fosfaat is:
glycogeen(n residuen) + Pi ⇌ glycogeen(n-1 residuen) + glucose-1-fosfaat
Hierbij splitst glycogeenfosforylase de binding die een terminaal glucoseresidu aan een glycogeentak verbindt, door een fosforylgroep te substitueren voor de α-koppeling.
Glucose-1-fosfaat wordt omgezet in glucose-6-fosfaat (dat vaak in de glycolyse terechtkomt) door het enzym fosfoglucomutase.
Glucose residuen worden gefosfolyseerd van takken van glycogeen tot vier residuen voor een glucose dat is vertakt met een α koppeling. Het glycogeen debranching enzym brengt vervolgens drie van de resterende vier glucose eenheden over naar het einde van een andere glycogeen tak. Hierdoor komt het α-vertakkingspunt bloot te liggen, dat wordt gehydrolyseerd door α-glucosidase, waardoor het laatste glucoseresidu van de tak als glucosemolecuul wordt verwijderd en de tak verdwijnt. Dit is het enige geval waarin een glycogeenmetaboliet niet glucose-1-fosfaat is. De glucose wordt vervolgens door hexokinase gefosforyleerd tot glucose-6-fosfaat.