De meeste zoetwateraquariumvissen doen het goed in water dat zacht tot matig hard is en een pH heeft tussen 6 en 8.
Brakwateraquaria zijn een speciaal geval en hebben speciale gezelschapsaquaria nodig. Hoewel enkele zoet- en zeewatervissen zich aan brak water kunnen aanpassen, kunnen de meeste dat niet.
De meest dodelijke chemische stof in aquariumwater is ammoniak, afkomstig uit de uitwerpselen van de vissen. Het is belangrijk ammoniak op te sporen, omdat het een chemische precursor is van nitrieten en nitraten, die ook schadelijk zijn voor vissen. Ammoniak wordt uit het water verwijderd via de stikstofcyclus, die plaatsvindt in het aquariumfilter, dat er een paar weken over doet om de ammoniak te verwerken. De verwerkte ammoniak wordt omgezet in nitriet, dat vervolgens wordt omgezet in nitraat. Wekelijkse waterverversing (25% van het aquariumvolume), waarbij het vuil van de bodem wordt afgezogen, kan dit probleem van nitraatvorming oplossen, mits de bak niet overbevolkt is.
Opbouw van algen hangt grotendeels samen met het lichtniveau en een onevenwichtige mineralenhuishouding. Een aquarium in de buurt van een venster zal waarschijnlijk overwoekerd worden door algen. In aquariumwinkels is een materiaal verkrijgbaar dat “fosfaatspons” wordt genoemd en waarmee het fosfaat uit het aquarium kan worden geloogd en de groei van algen kan worden tegengegaan. Ook planten zoals javamos (niet de javavaren) concurreren met algen om een andere noodzakelijke voedingsstof voor planten, nitraat, en verminderen de algengroei. Javamos vormt ook een bodembedekker langs de bodem van het aquarium.