Onafhankelijkheid vóór de verovering
De vroegste Namibiërs waren San, nomadische volkeren met een op overleven gerichte cultuur, gebaseerd op jagen en verzamelen. Hun clans waren klein en zelden verenigd, en hun militaire technologie was zo zwak dat ze al voor de komst van de Europeanen waren teruggedrongen naar de randen van de woestijn. Rotstekeningen en gravures bij Twyfelfontein, in het noordwesten van Namibië, hebben licht geworpen op de vroege San jager-verzamelaars die ooit het gebied bewoonden. Stenen artefacten, menselijke figuren en dieren zoals giraffen, neushoorns en zebra’s zijn afgebeeld. Twyfelfontein werd in 2007 door UNESCO uitgeroepen tot Werelderfgoed.
De eerste veroveraars in zuidelijk Namibië waren de Nama. Zij hadden een groter clansysteem, met allianties tussen clans, en een pastorale economie. Nauw verbonden (gewoonlijk in een afhankelijke rol) waren de Damara, een volk uit Centraal-Afrika waarvan de cultuur veeteelt, jacht en kopersmelterij combineerde. In het noordoosten en midden van Namibië bouwden de Herero (een herdersvolk uit Centraal-Afrika) met elkaar verbonden clansystemen op, die uiteindelijk werden geleid door een opperhoofd. De eenheid van de Herero-natie was echter altijd onderhevig aan versplintering. In het noorden ontwikkelde het Ovambo-volk verschillende koninkrijken aan beide zijden van de Kunene-rivier. Zij waren gemengde landbouwers (vooral wegens een meer gastvrije omgeving voor de gewassen) en zij smolten en bewerkten ook koper. In het oosten hadden de verwante Kavango-volkeren een enigszins vergelijkbaar maar zwakker staatssysteem. Aan de rand van Namibië – d.w.z. de Caprivistrook in het uiterste oosten en aan de rand van de Kalahari – waren de plaatselijke volkeren en groeperingen overlopers van Zuid-Zambia (Barotse) en Botswana (Tswana).
Tot in de jaren 1860 waren het Europese contact en de Europese penetratie gering. Diogo Cão en Bartolomeu Dias kwamen in respectievelijk 1486 en 1488 aan de kust van Namibië, op weg naar en terug van Kaap de Goede Hoop, maar er was vrijwel geen contact tot de jaren 1670. Afrikaner ontdekkingsreizigers na 1670 en Afrikaner handelaars en kolonisten rond 1790 kwamen naar Namibië en bereikten uiteindelijk de zuidelijke grenzen van de Ovambo koninkrijken, met name bij de Etosha Pan. Samen met Duitse missionarissen, ontdekkingsreizigers van verschillende nationaliteiten, Britse handelaars en Noorse walvisvaarders speelden zij geen overheersende rol vóór 1860. In plaats daarvan creëerden zij de eerste handelswegen (ivoor en later vee) en introduceerden zij vuurwapens.
Dit laatste verhoogde de destructiviteit van conflicten tussen de verschillende clans en volkeren. Dat deed ook de komst, na het eerste kwart van de 19e eeuw, van de Oorlam-Nama van de Kaap. Hun militaire technologie (die paarden, geweren en een klein mobiel commando-organisatiepatroon omvatte) was gemodelleerd naar die van de Afrikaners. Zij gingen de inheemse Nama (Red Nation) en Damara overheersen. In het midden van de 19e eeuw stichtte het Oorlam-opperhoofd Jonker Afrikaner nabij Windhoek een koninkrijk dat deels door de Herero werd geregeerd en werd gesteund door de Red Nation en de Damara.
Centraal Namibië was toen een conflictgebied tussen de naar het zuiden trekkende Herero en de naar het noorden trekkende Nama. In 1870 werd aan de grens van het Herero-land een vredesverdrag gesloten met de Duitsers. Intussen had Maherero zich, grotendeels onder druk van de oorlog, opgeworpen als het opperopperhoofd van de Herero. In die tijd was een Zuid-Afrikaanse Creoolse (“gekleurde”) gemeenschap, de Rehoboth Basters, naar een gebied ten zuiden van Windhoek geëmigreerd, waar zij als buffer fungeerden tussen de Herero en de Duitsers. Net als de Oorlam waren zij Europees geworden op het gebied van de militaire technologie, de burgermaatschappij en de staatsorganisatie, die van de Afrikaners waren afgekeken.