Het naast elkaar bestaan van Amerikaanse democratie en imperialistische heerschappij over een onderworpen volk was voor de meeste Amerikanen zo schokkend dat de opleiding van Filippino’s voor zelfbestuur en uiteindelijke onafhankelijkheid – de Malolos Republiek werd gemakshalve genegeerd – vanaf het begin een essentiële rationalisatie was voor de Amerikaanse hegemonie op de eilanden. Beleidsverschillen tussen de twee grootste politieke partijen in de Verenigde Staten concentreerden zich op de snelheid waarmee het zelfbestuur moest worden uitgebreid en de datum waarop de onafhankelijkheid moest worden verleend.
In 1899 stuurde president William McKinley een vijfkoppige onderzoekscommissie naar de Filippijnen onder leiding van Cornell University president Jacob G. Schurman. Schurman rapporteerde dat de Filippino’s uiteindelijk onafhankelijk wilden worden, maar dit had geen onmiddellijke gevolgen voor het beleid. McKinley stuurde in 1900 de Tweede Filippijnse Commissie, onder leiding van William Howard Taft, die in juli 1901 een burgerregering had ingesteld.
In 1907 werd de Filippijnse Commissie, die zowel als wetgevende macht als kabinet van de gouverneur-generaal had gefungeerd, het hoogste orgaan van een tweekamerstelsel. De nieuwe 80 leden tellende Filippijnse Assemblee werd rechtstreeks verkozen door een enigszins beperkt electoraat uit kiesdistricten, en was daarmee het eerste electieve wetgevende orgaan in Zuidoost-Azië. Toen gouverneur-generaal Francis B. Harrison in 1913 een Filippijnse meerderheid in de commissie benoemde, werd de Amerikaanse stem in het wetgevingsproces nog verder teruggedrongen.
Harrison was de enige gouverneur-generaal die in de eerste 35 jaar van het Amerikaanse bewind door een Democratische president werd benoemd. Hij was door Woodrow Wilson gestuurd met specifieke instructies om de Filippijnen voor te bereiden op uiteindelijke onafhankelijkheid, een doel dat Wilson enthousiast steunde. Tijdens Harrisons ambtstermijn haastte het door de Democraten gecontroleerde Congres in Washington, D.C., zich om al lang bestaande campagnebeloften met hetzelfde doel in te lossen. De Jones Act, die in 1916 werd aangenomen, zou, als de Senaat zijn zin had gekregen, een definitieve datum voor het verlenen van de onafhankelijkheid hebben vastgesteld, maar het Huis verhinderde een dergelijke stap. In zijn uiteindelijke vorm stelde de wet alleen dat het “het doel van het volk van de Verenigde Staten” was om de Filippijnse onafhankelijkheid te erkennen “zodra daarin een stabiele regering kan worden gevestigd”. Het was vooral belangrijk als een mijlpaal in de ontwikkeling van Filippijnse autonomie. Krachtens de Jones Act bepalingen werd de commissie afgeschaft en vervangen door een Senaat van 24 leden, die bijna volledig werd gekozen. Het electoraat werd uitgebreid tot alle geletterde mannen.
Een aantal belangrijke beperkingen op de Filippijnse autonomie bleef echter bestaan. Defensie en buitenlandse zaken bleven exclusieve voorrechten van de VS. De Amerikaanse leiding over Filippijnse binnenlandse aangelegenheden werd voornamelijk uitgeoefend via de gouverneur-generaal en de uitvoerende tak van het eilandbestuur. Er was echter niet veel meer dan een decennium van grondig Amerikaans bestuur op de eilanden – te kort om blijvende patronen te vestigen. Terwijl de Amerikanen in 1903 51 procent van het ambtenarenapparaat vormden, was dat in 1913 nog maar 29 procent en in 1923 nog maar 6 procent. Tegen 1916 was de dominantie van de Filippijnen in zowel de wetgevende als de rechterlijke macht ook van dien aard dat de uitvoerende en bestuurlijke rol van de Amerikanen werd beperkt.
In 1925 was de enige Amerikaan in het kabinet van de gouverneur-generaal nog de secretaris van het openbaar onderwijs, die tevens de luitenant-gouverneur-generaal was. Dit is een aanwijzing voor de hoge prioriteit die in het Amerikaanse beleid aan onderwijs werd gegeven. In de eerste jaren van het Amerikaanse bewind kwamen honderden onderwijzers uit de Verenigde Staten. Maar de Filippijnse onderwijzers werden zo snel opgeleid dat zij in 1927 bijna alle 26.200 onderwijzers van de openbare scholen vormden. De schoolbevolking vervijfvoudigde in één generatie; onderwijs slorpte de helft van de overheidsuitgaven op alle niveaus op, en de onderwijskansen in de Filippijnen waren groter dan in welke andere kolonie in Azië dan ook.
Als gevolg van deze pedagogische explosie verdubbelde het alfabetisme tot bijna de helft in de jaren dertig, en opgeleide Filippino’s verwierven een gemeenschappelijke taal en een taalkundige sleutel tot de westerse beschaving. In 1939 kon ongeveer een vierde van de bevolking Engels spreken, een groter percentage dan voor elk van de inheemse dialecten. Misschien nog belangrijker was de nieuwe weg van opwaartse sociale mobiliteit die het onderwijs bood. Het onderwijsbeleid was de enige succesvolle Amerikaanse poging om een sociaal-culturele basis te leggen voor politieke democratie.
Amerikaanse pogingen om gelijkheid van economische kansen te creëren waren bescheidener en minder succesvol. In een overwegend agrarisch land is het patroon van landbezit van cruciaal belang. De tendens tot grotere concentratie van eigendom, die in de 19e eeuw begon, zette zich in de Amerikaanse periode voort, ondanks enkele wettelijke belemmeringen. Uitgestrekte plantages in Amerikaans bezit werden voorkomen, maar de wettelijke beperkingen hadden weinig effect op de Filippino’s met goede politieke connecties die fortuinen wilden vergaren. Het percentage pachtboeren verdubbelde tussen 1900 en 1935, en de frustratie van de pachters mondde in de jaren ’20 en ’30 uit in drie kleine opstanden in centraal Luzon.
Ook het Amerikaanse handelsbeleid was niet bevorderlijk voor de verspreiding van economische macht. Vanaf 1909 maakte de Payne-Aldrich Tariff Act vrije toegang van Filippijnse producten tot de Amerikaanse markt mogelijk, terwijl Amerikaanse producten, meestal industrieproducten, in de Filippijnen van douanerechten werden vrijgesteld. De vrije stroom van invoer uit de VS was een krachtig afschrikmiddel voor de industriële groei van de Filippijnen. De exportlandbouw, vooral suiker, floreerde op de beschermde Amerikaanse markt. Eigenaren van fabrieken en grote plantages profiteerden het meest, waardoor de politieke dominantie van de landadel werd versterkt.
De Amerikaanse voorbereiding van de Filippijnen op democratisch zelfbestuur had te lijden onder een inherente tegenstrijdigheid, die in die tijd misschien niet werd onderkend. Het overdragen van regeringsverantwoordelijkheid aan hen die daartoe in staat waren, was niet in overeenstemming met het opbouwen van een sociale en economische basis voor politieke democratie. Zelfbestuur betekende noodzakelijkerwijs machtsovername door die Filippino’s die in de samenleving reeds een leidende positie innamen. Maar die mannen behoorden voor het grootste deel tot de elite van de landadel; het behoud van hun politieke en economische positie was onverenigbaar met het scheppen van gelijke kansen. Zelfs de uitbreiding van een goed opgeleide middenklasse resulteerde niet noodzakelijk in een verandering van het machtspatroon. De meeste aspiranten van de middenklasse voor politiek leiderschap pasten zich aan aan de waarden en praktijken van de bestaande machtselite.
De Filippijnse leiders maakten snel en vakkundig gebruik van de mogelijkheden tot zelfbestuur die de Amerikanen voor hen openden. Het Filippijnse politieke genie kwam het best tot uiting in een extralegale instelling – de politieke partij. De eerste partij, de Federale Partij, werd gesteund door de VS en legde de nadruk op samenwerking met de overheersers, zelfs tot het punt van een eigen staat voor de Filippijnen. Maar toen openlijk nationalistische oproepen werden toegestaan bij de verkiezingen van 1907, won de Nacionalistische Partij, die onafhankelijkheid voorstond, met overweldigende meerderheid. De Federalisten overleefden met een nieuwe naam, Progressieven, en een nieuw programma, uiteindelijke onafhankelijkheid na sociale hervormingen. Maar noch de Progressieven, noch hun opvolgers in de jaren 1920, de Democraten, behaalden ooit meer dan een derde van de zetels in de wetgevende macht. De Nacionalistische Partij onder leiding van Manuel Quezon en Sergio Osmeña domineerde de Filippijnse politiek van 1907 tot aan de onafhankelijkheid.
Belangrijker dan de concurrentie tussen de Nacionalisten en hun oppositie was de voortdurende rivaliteit tussen Quezon en Osmeña. In feite geeft het begrijpen van dit persoonlijkheidsconflict meer inzicht in de realiteit van de vooroorlogse Filippijnse politiek dan enig onderzoek naar beleid of ideologie.
In 1933 nam het Amerikaanse Congres de Hare-Hawes-Cutting Act aan, waarin een datum voor de Filippijnse onafhankelijkheid werd vastgesteld. De wet was een nakoming van de vage belofte in de Jones Act; het was ook een antwoord op de eisen van een reeks “onafhankelijkheidsmissies” die door de Filippijnse wetgevende macht naar Washington waren gestuurd. Maar tot deze ongekende overdracht van soevereiniteit werd besloten in de donkere dagen van de Grote Depressie van de jaren dertig – en met de hulp van enkele ongerijmde bondgenoten. De depressie had de Amerikaanse landbouwbelangen ertoe gebracht wanhopig op zoek te gaan naar verlichting, en zij die reële of denkbeeldige schade leden door de concurrentie van Filippijnse produkten trachtten die produkten uit te sluiten. Zij hadden al gefaald in een directe poging om het tarief op Filippijnse importen te wijzigen, maar vonden dat de respectabele dekmantel van het bepleiten van onafhankelijkheid de effectiviteit van hun pogingen vergrootte. Aan de onafhankelijkheid was het einde verbonden van de vrije toegang tot de Amerikaanse markten van Filippijnse suiker, kokosolie, touw, en andere minder belangrijke artikelen. Dat die economische belangen in staat waren te bereiken wat ze deden is deels te verklaren door het feit dat hun politieke invloed groot was vergeleken met die van de kleine groep Amerikaanse handelaren en investeerders in de Filippijnen.
De Filippijnse wetgever verwierp de Hare-Hawes-Cutting Act, kennelijk als gevolg van de Osmeña-Quezon vete, tot groot ongenoegen van de Amerikaanse ambtenarij. Maar toen Quezon het jaar daarop naar Washington kwam om aan een nieuw wetsontwerp te werken, kwam dezelfde krachtenbundeling in het Amerikaanse Congres met de bijna identieke Tydings-McDuffie-wet. Deze wet, die door Quezon werd gesteund en door de wetgevende macht in Manilla met enthousiasme werd aanvaard, voorzag in een 10-jarig gemenebest waarin de VS bevoegd zouden blijven voor defensie en buitenlandse zaken.
Een grondwettelijke conventie werd snel gekozen en een grondwet (die sterke gelijkenis vertoonde met het Amerikaanse model) werd opgesteld en goedgekeurd door een plebisciet en door president Franklin D. Roosevelt. De laatste gouverneur-generaal, Frank Murphy, werd de eerste hoge commissaris, met meer een diplomatieke dan een bestuurlijke rol. Het gemenebest werd ingehuldigd op 15 november 1935. De Nacionalistische Partij lapte haar interne ruzies op en nomineerde Quezon als president en Osmeña als vice-president. Zij werden met een overweldigende meerderheid gekozen.
De periode van het gemenebest was bedoeld om zich voor te bereiden op economische en politieke onafhankelijkheid en perfectionering van democratische instellingen. Maar zelfs vóór de tragische gebeurtenissen van de Tweede Wereldoorlog verliep de overgang niet soepel.