Het beginsel van onafhankelijke selectie beschrijft hoe verschillende genen onafhankelijk van elkaar gescheiden worden wanneer de voortplantingscellen zich ontwikkelen. Onafhankelijke selectie van genen en hun overeenkomstige eigenschappen werd voor het eerst waargenomen door Gregor Mendel in 1865 tijdens zijn studies van de genetica in erwtenplanten. Mendel voerde dihybride kruisingen uit, dat zijn kruisingen tussen organismen die verschillen met betrekking tot twee eigenschappen. Hij ontdekte dat de combinaties van eigenschappen in de nakomelingen van zijn kruisingen niet altijd overeenkwamen met de combinaties van eigenschappen in de ouderorganismen. Op basis van zijn gegevens formuleerde hij het Principe van Onafhankelijke Assortimenten.
We weten nu dat deze onafhankelijke assortimenten van genen plaatsvinden tijdens meiose bij eukaryoten. Meiose is een vorm van celdeling waarbij het aantal chromosomen in een oudercel met de helft wordt verminderd, zodat vier voortplantingscellen, gameten genaamd, ontstaan. Bij de mens bevatten diploïde cellen 46 chromosomen, waarvan 23 chromosomen van de moeder en een tweede soortgelijke set van 23 chromosomen van de vader worden geërfd. Paren van gelijksoortige chromosomen worden homologe chromosomen genoemd. Tijdens de meiose worden de paren homologe chromosomen in tweeën gedeeld om haploïde cellen te vormen, en deze scheiding, of assortiment, van homologe chromosomen is willekeurig. Dit betekent dat niet alle chromosomen van de moeder in één cel worden gescheiden, terwijl alle chromosomen van de vader in een andere cel worden gescheiden. In plaats daarvan bevat elke haploïde cel na meiose een mengsel van genen van vader en moeder van het organisme.
Een ander kenmerk van onafhankelijk assortiment is recombinatie. Recombinatie treedt op tijdens meiose en is een proces waarbij stukjes DNA worden gebroken en opnieuw gecombineerd om nieuwe combinaties van genen te produceren. Door recombinatie worden stukjes maternaal en paternaal gen door elkaar gehusseld, wat ervoor zorgt dat genen onafhankelijk van elkaar assortimeren. Het is belangrijk op te merken dat er een uitzondering is op de wet van onafhankelijke selectie voor genen die zich zeer dicht bij elkaar op hetzelfde chromosoom bevinden als gevolg van genetische linkage.