De Mangekyo Sharingan is een geavanceerde vorm van de Sharingan die slechts door een handjevol Uchiha volledig is geactiveerd. Ze staan bekend als de hemelse ogen die de waarheid van de hele schepping ongehinderd kunnen zien.
Een Mangekyo Sharingan onderscheidt zich van een normale Sharingan door zijn uiterlijk, dat de vorm van het tomoe-zegel verandert. Het precieze ontwerp verschilt per gebruiker, maar ze lijken allemaal op pinwheels. Het wordt in het begin gewekt door het trauma dat wordt opgelopen door het getuige zijn van de dood van iemand die dicht bij de gebruiker staat. alle Uchiha hebben dit criterium historisch verkeerd opgevat als dat de gebruiker verantwoordelijk moest zijn voor de dood van de persoon (vriend), en om die reden hebben ze de praktijk ontwikkeld om hun dichtste vrienden te doden om de Mangekyo Sharingan te bemachtigen. Obito’s Mangekyo activeerde onmiddellijk na zijn trauma, terwijl, in Naruto Jinraiden, Sasuke’s Mangekyo pas enkele weken daarna activeerde.
Eeuwige Mangekyo Sharingan. De Eeuwige Mangekyo versmelten de ontwerpen van de transplantator en de originele Mangekyo van de getransplanteerde. Hun op Mangekyo gebaseerde vermogens worden sterker en ze ondervinden geen negatieve bijwerkingen meer van het gebruik. Volgens Madara is de Eeuwige Mangekyo Sharingan het bewijs dat een Uchiha iets blijft zoeken ondanks de grote verliezen die hij heeft geleden. Als de ogen naar deze staat evolueren, behoudt de gebruiker alle technieken van zijn oorspronkelijke ogen. Naast de unieke technieken, geeft de rechte tomoe vorm van Madara’s en Sasuke’s Eeuwige Mangekyo Sharingan hen vloeiende bewegingen tijdens het vechten.
1 – Itachi Uchiha
Itachi Uchiha ontwaakte zijn Mangekyo Sharingan nadat hij getuige was geweest van de zelfmoord van zijn beste vriend, Shisui Uchiha, kort voor de ondergang van de Uchiha Clan. Met zijn linker Mangekyo kan hij de Tsukuyomi gebruiken, een uiterst krachtige genjutsu die het tijdsbesef van het slachtoffer vervormt. Met zijn rechter Mangekyo kan hij de Amaterasu gebruiken, die onuitroeibare zwarte vlammen creëert in het brandpunt van de gebruiker. Omdat hij zijn beide Mangekyo heeft gewekt, kan hij Susanoo gebruiken. Het gebruik van de Mangekyo is bijzonder slopend voor Itachi Uchiha, zodanig dat hij na drie keer gebruik op één dag zijn normale Sharingan niet meer actief kan gebruiken. Enige tijd na Itachi’s dood, verlangend naar de kracht om Naruto Uzumaki te doden, heeft Sasuke Itachi’s ogen in hem laten transplanteren.
2 – Obito Uchiha
Obito Uchiha ontwaakte zijn Mangekyo Sharingan na de dood van Rin tijdens de Derde Shinobi-Wereldoorlog; Obito Uchiha had toen zelf alleen zijn rechteroog, maar door deze gebeurtenis ontwaakte zijn Mangekyo tegelijkertijd in Kakashi Hatake, die Obito’s linkeroog gebruikte. Beide ogen hebben toegang tot Kamui, en kunnen de doelwitten naar en uit Kamui’s dimensie teleporteren, zij het op verschillende manieren. Het rechter oog is in staat om Kamui van dichtbij te gebruiken, en teleporteert de gebruiker of degenen waarmee hij in contact staat. Door alleen lichaamsdelen daarheen te teleporteren, kunnen ze in feite naadloos door andere materie heen. Het linkeroog kan de lange-afstands Kamui gebruiken, waarbij een barrière om het doel wordt gecreëerd die hen teleporteert. Het linkeroog kan ook op de gebruiker zelf richten. Tijdens de 4 Shinobi Wereld Oorlog werd ontdekt dat elk oog ongevoelig is voor elkaars Kamui.
Madara Uchiha steelt het oog van Kakashi Hatake om Obito te achtervolgen naar Kamui’s dimensie. Daar ruilt hij het oog voor Obito’s Rinnegan, en geeft beide ogen terug aan hun oorspronkelijke eigenaar, die op dat moment bezeten was door de Zwarte Zetsu. Tijdens deze korte periode kreeg de Zwarte Zetsu ook toegang tot beide Sharingan krachten. Nadat Obito bevrijd was van Zwarte Zetsu’s controle, gebruikte hij ze daarna effectief in combinatie, maar de ogen worden vernietigd wanneer hij gedood wordt door Kaguya Otsutsuki’s All Killing Ash Bones. Zijn geest keert kortstondig terug naar het levende vlak en bewoont Kakashi, waardoor hij beide Mangekyo’s krijgt met hun respectievelijke vermogens en, in het verlengde daarvan, Susanoo.
3 – Madara Uchiha
Madara was de eerste Uchiha die de Mangekyo Sharingan tot leven wekte. Madara wist niet wat de individuele capaciteiten van elk van zijn ogen waren, maar hij was in staat om Susanoo te gebruiken. Toen Madara’s overmatig gebruik van zijn Mangekyo tijdens de Warring States Period hem blind maakte, was dit voor zijn broer Izuna aanleiding om Madara op zijn sterfbed zijn ogen na te laten, omwille van het behoud van de Uchiha, en zo Madara de Eeuwige Mangekyo Sharingan te geven. De rechte tomoe van zijn Eeuwige Mangekyo Sharingan gaf hem vloeiende bewegingen tijdens het vechten.
Tegen het einde van zijn leven was Madara Uchiha in staat om zijn ogen in Rinnegan te laten evolueren, die hij naar Nagato Uzumaki transplanteerde toen Nagato nog een kind was, zonder dat iemand het ooit wist. De ogen vonden uiteindelijk hun weg terug naar Madara Uchiha nadat hij weer tot leven was gewekt.