Als Aladdin en Prinses Jasmine zich op hun huwelijk voorbereiden, vindt Aladdin een dolk terug, het enige aandenken aan zijn verloren vader, die zijn familie in de steek had gelaten toen Aladdin nog een klein kind was. Tijdens de ceremonie worden zij en de genodigden het doelwit van een overval door de beruchte Veertig Dieven, geleid door een man genaamd Cassim, die uit is op een bijzondere schat: een staf die de houder is van een machtig orakel. Aladdin, Abu, Jasmine en de Geest ontdekken het Orakel, dat de macht heeft om een enkele vraag over absoluut alles te beantwoorden aan ieder individu. Wanneer Iago haar per ongeluk vraagt waarom de dieven de staf zo graag willen hebben, zegt ze dat ze op zoek waren naar de “ultieme schat”. Als Aladdin de kracht van het Orakel leert kennen, wordt hij nieuwsgierig naar zijn verleden. Ze laat hem doorschemeren dat die vragen beantwoord kunnen worden door zijn vader, die nog in leven is, tot grote schrik van Aladdin. Na wat aanmoediging van Jasmine vraagt Aladdin het orakel naar zijn vader; het orakel onthult dat zijn vader bij de 40 Dieven is, “gevangen in hun wereld”.
Aladdin spoort ze op, samen met Abu, Iago en Tapijt, en verstopt zich in hun schuilplaats, Mount Sesame, waar hij tot zijn schrik ontdekt dat zijn vader eigenlijk Cassim zelf is. Hoewel Aladdin een korte, hartelijke hereniging met Cassim beleeft, probeert Cassims ondergeschikte Sa’luk Aladdin te straffen voor het binnengaan van de schuilplaats. Cassim stelt echter voor dat Aladdin in plaats daarvan “de Uitdaging” ondergaat – een inwijdingsritueel waarbij hij een andere van de 40 Dieven moet verslaan en zijn plaats moet innemen. Sa’luk vecht met Aladdin, maar deze slaagt er maar net in te overwinnen door zijn tegenstander van een klif in de zee te gooien. Hij wordt in de bende verwelkomd, en Cassim onthult aan Aladdin waarom hij zijn vrouw en zoon verlaten heeft: Om de Hand van Midas te vinden, een krachtig artefact dat alles wat het aanraakt in goud kan veranderen. Cassim geloofde dat hij met de Hand naar zijn familie kon terugkeren en hun het leven kon geven dat ze verdienden in plaats van een leven op straat, en hij had de overval op touw gezet om de staf van het orakel te vangen en de ziener te ondervragen over de precieze verblijfplaats van het artefact. Aladdin overtuigt Cassim om met hem terug te keren naar Agrabah om een eerlijk leven te leiden. Cassim is aanvankelijk terughoudend, maar stemt uiteindelijk toe als Iago per ongeluk onthult dat Aladdin’s bruiloft zijn laatste kans kan zijn om het Orakel te bemachtigen.
Een tijdje is Cassim blij quality time met zijn zoon door te brengen. Cassim ontmoet Genie, Jasmine en de Sultan, die hem onmiddellijk mogen. Cassim besluit zijn originele plan verder te zetten met Iago als zijn nieuwe handlanger. Ondertussen gaat Sa’luk naar Agrabah, onthult zichzelf aan Razoul en verraadt zijn mede-dieven door Razoul het wachtwoord van hun schuilplaats te vertellen in ruil voor immuniteit van vervolging. Nadat eenendertig van de dieven gevangen zijn genomen, vertelt Sa’luk Razoul dat Aladdin een van de veertig is, en dat zijn vader Cassim de Koning zelf is. Bij een poging om het Orakel uit de schatkamer van het paleis te stelen, worden Cassim en Iago door de koninklijke wacht gevangen genomen, en Razoul onthult aan de Sultan dat Cassim de Koning der Dieven is. De Sultan laat Razoul Cassim en Iago levenslang opsluiten in de kerker. Aladdin bevrijdt Cassim, maar wordt ontdekt door Razoul. Hoewel hij een misdadiger is, keert Aladdin terug naar het paleis om de verantwoordelijkheid voor zijn daden op zich te nemen. De Sultan bereidt zich voor om Aladdin te straffen, maar Genie en Jasmine komen voor hem op en zeggen dat hij alleen maar zijn vader een tweede kans wilde geven. De Sultan accepteert zijn verontschuldiging, tot grote ontsteltenis van Razoul.
Met het orakel in de hand keren Cassim en Iago terug naar de berg Sesam, maar worden gevangen genomen door Sa’luk en de overgebleven zeven dieven. Cassim wordt gedwongen het gestolen orakel te gebruiken om de locatie van de Hand van Midas te vinden en zijn mannen erheen te leiden. Het Orakel leidt hen naar het Verdwijnende Eiland, een groot marmeren fort gebouwd op de rug van een reusachtige onderzeese schildpad die regelmatig naar de bodem van de oceaan duikt, waar de Hand verborgen is. Iago ontsnapt en leidt Aladdin en Jasmine, Abu en Carpet naar zijn gevangen vader. Aladdin slaagt erin zijn vader te bevrijden en zich met hem te verzoenen. Ze werken samen om de Hand terug te vinden net wanneer de schildpad begint onder te lopen, wanneer ze aangevallen worden door Sa’luk. Terwijl ze proberen te vluchten voor de vloed, gijzelt Sa’luk Aladdin en eist dat Cassim de Hand overhandigt. Cassim gooit de Hand van Midas naar Sa’luk. Sa’luk grijpt de Hand – maar bij de gouden hand zelf in plaats van het houten handvat – en verandert in een levenloos gouden standbeeld, terwijl Cassim en Aladdin vluchten. Cassim realiseert zich dat zijn obsessie voor de Hand tot vernietiging kan leiden en dat zijn zoon eigenlijk zijn ultieme schat is. Hij gooit de Hand in het schip met de overgebleven dieven aan boord, verandert het in goud en laat het zinken.
Die avond trouwen Aladdin en Jasmine eindelijk, waarbij Cassim in de schaduw aanwezig is, omdat de Sultan heeft besloten de straf van levenslange opsluiting in ballingschap om te zetten totdat hij al zijn misdaden heeft gecompenseerd. Onder de gasten zijn ook verschillende cameo’s van personages uit de tv-serie. Hoewel de Sultan gratie heeft verleend, besluit Iago zich enige tijd bij Cassim te voegen als reisgenoot, en beiden gaan ze er opnieuw op uit om de wereld te zien.