抗生物質による治療に反応しない重症または再発性のクロストリジウム・ディフィシレ感染症の患者さんに、NYUランゴン大学の専門医は糞便微生物叢移植を推奨することがあります。
便は、家族や友人、または血液バンクに似た便バンクから提供されますが、提供者は健康でなければなりません。 手術の前には、肝炎やセリアック病などの自己免疫疾患、寄生虫、悪玉菌などの伝染病がないかどうかが厳しく検査されます。
便微生物叢の移植は、大腸内視鏡検査の際に行われます。大腸内視鏡検査とは、先端にカメラとライトが付いた長くて柔軟な管を使って、医師が大腸を検査する方法です。 採取した便をチューブ（大腸内視鏡）に入れ、先端部を肛門に挿入します。 肛門に挿入された先端部は、ゆっくりと大腸の中へと進んでいきます。
検査には約30分かかります。
糞便微生物叢移植は最終手段の治療法です。
便微生物叢移植は最終手段の治療法であり、すべての人がこの治療法に適しているとは限りません。
医師は、6～8週間の抗生物質治療に反応しない軽度から中等度のC. difficile感染症のエピソードを少なくとも3回経験した人に、この治療法を勧めることがあります。
入院が必要な重度のC. difficile感染症を2回以上経験したことがある人も、糞便移植の対象となる可能性があります。
重度のC. difficile感染症や、抗生物質が効かない重度のC. difficile関連大腸炎（大腸の粘膜の炎症）にかかったことがある人も、この手術を選択することができます。
医師は、糞便微生物叢移植を受けた人を、鎮静剤が切れるまでの1～2時間、監視します。
大腸内視鏡検査の前や最中に鎮静剤を投与された人は、たとえ注意力があると感じても、自分で運転して帰宅することはできません。 ほとんどの人は、家族や友人に付き添ってもらっています。
便移植後、感染症は多くの場合、数時間から数日以内に治ります
医師が帰宅を許可したら、通常の活動に戻ることができます。