Propylthiouracilは、一般的に忍容性が高く、副作用は100人に1人の割合で発生しています。 最も一般的な副作用は皮膚に関するもので、発疹、かゆみ、じんましん、異常脱毛、皮膚の色素沈着などがあります。 その他の一般的な副作用としては、むくみ、吐き気、嘔吐、胸やけ、味覚障害、関節や筋肉の痛み、しびれや頭痛、アレルギー反応、毛髪の白化などがあります。
注目すべき副作用としては、無顆粒球症や再生不良性貧血のリスクがあります。 2009年6月3日、FDAは “プロピルチオウラシルの使用により、肝不全や死亡を含む重篤な肝障害のリスクがあることを医療従事者に通知する “という注意喚起を発表しました。
副作用として、血液中の白血球が減少する無顆粒球症が考えられますが、これは、妊娠していない成人や小児には推奨されません。 無顆粒球症の症状や兆候としては、喉、消化管、皮膚などに感染性の病変があり、全体的に体調が悪く、発熱を伴います。 また、血小板の減少（血小板減少症）が起こることもあります。 血小板は血液を固めるのに重要な役割を果たしているため、血小板減少症になると出血多量の問題が生じることがあります。
生命を脅かすもう一つの副作用は、突然の重篤な劇症肝不全で、死亡または肝移植が必要となるもので、プロピルチオウラシルを服用している1万人に1人の割合で発生します。
PregnancyEdit
プロピルチオウラシルは、妊娠中はDrug Class Dに分類されます。 クラスDは、ヒトの胎児に対するリスクの肯定的な証拠があることを意味します。 胎児の生命を脅かすような状況では、母体の利益が胎児のリスクを上回る可能性があります。 PTUは、妊娠第1期および妊娠する可能性のある女性においてのみ、メチマゾール（これもクラスD）よりも好ましいとされています。なぜなら、メチマゾールは重要な器官形成期に催奇形性のリスクが高まるからです。
PTUの胎盤通過による胎児への主な影響は、臨月間近にPTUを使用した場合、軽度の甲状腺機能低下症が生じることである。 これは通常、治療しなくても数日以内に解消される。 甲状腺機能低下症は新生児の甲状腺腫として観察されることがあるが、これは胎児の下垂体チロトロピンのレベルが上昇した結果である。 報告されている症例では、PTU治療後の胎児甲状腺腫の発生率は約12%である
。