当教会は、1886年にジョン・A・パーカー牧師と8人の人々によって設立されました。
1894年にアダム・ダニエル・ウィリアムズ（マーティン・ルーサー・キング・ジュニアの母方の祖父）が牧師になりましたが、教会のメンバーはわずか13人でした。
1894年にアダム・ダニエル・ウィリアムズ（キング牧師の母方の祖父）が牧師に就任しましたが、教会の会員数はわずか13人でした。 1922年には建物が奉納されました。 1927年には、マーティン・ルーサー・キング・シニアが義理の父とともに副牧師となりました。 その後、1931年にウィリアムス牧師が亡くなると、彼が主席牧師となりました。
1999年には、マーティン・ルーサー・キング・ジュニア・ナショナル・ヒストリカル・パーク内に「ホライゾン・サンクチュアリ」と呼ばれる1,700席の新しい教会堂が完成しました。
2005年からは、米国上院議員のラファエル・ワーノック氏がエベネゼル・バプティスト教会の主任牧師を務めており、設立以来、主任牧師を務めたのは5人目となります。 2020年1月30日、ワーノック氏は、2020年の特別選挙でケリー・ロフラー氏の上院議員の座を狙って選挙活動を行うことを発表しました。 2021年1月5日に行われた特別決選投票で、ワーノック牧師は51％の人気投票を獲得してロフラー氏を破りました。
1968年4月9日、この教会でマーティン・ルーサー・キング・ジュニアの葬儀が行われました。 2020年6月23日、レイシャード・ブルックスの葬儀が教会で行われました。 ジョン・ルイスの葬儀は2020年7月30日に教会で行われた。