南部キリスト教指導者会議（SCLC）は、1957年1月10日～11日にジョージア州アトランタで60人の黒人聖職者と公民権運動の指導者が集まり、先日終了したアラバマ州モンゴメリーのバスボイコットで成功した戦略と戦術を再現しようという目的で設立されました。 非暴力で合法的な人種隔離を廃止し、南部の黒人の権利剥奪を終わらせることを目的としたこの新しいグループの初代会長には、マーティン・ルーサー・キング・ジュニア牧師が選ばれました。
南部キリスト教指導者会議は、設立当初は常勤スタッフが1人しかおらず苦労しましたが、1960年の学生座り込み運動や1961年のフリーダム・ライドなどをきっかけに、すぐに拡大していきました。
1961年12月、SCLCはジョージア州アルバニーで初の直接行動キャンペーンを開始し、人種差別に抗議する一連のデモ行進を行いました。
1961年12月、SCLCはジョージア州アルバニーで初の直接行動キャンペーンを開始しました。 1963年、SCLCはアラバマ州バーミンガムでの4カ月間のキャンペーンを成功させ、初の勝利を収めた。 バーミンガム・キャンペーンは、マーティン・ルーサー・キングの有名な「バーミンガム拘置所からの手紙」を生み出し、バーミンガム警察長官「ブル」・コナーやデモ隊が犬や高圧放水銃で威嚇されていることを紹介し、1963年9月には16番街バプティスト教会の爆破事件で4人の少女が殺害されるなど、最終的にジョン・F・ケネディ大統領に全国的な公民権法の制定を求めるきっかけとなった。 その後、SCLCは1964年にフロリダ州のセントオーガスティンで、1965年にはアラバマ州のセルマでデモを組織し続けた。
組織の初期に経験した財政難は、バーミンガムとセルマでの成功により、150万ドルを超える年収と約200人のフルタイムのスタッフに取って代わられました。 1965年8月、ワッツ（ロサンゼルス）での暴動の後、SCLCはイリノイ州シカゴの都市部の貧困に焦点を移しましたが、その後2年間は失敗を経験し、士気や規律がどんどん低下していきました。
1967年末、黒人と白人の間の経済的な溝を埋め、米国の継続的な貧困問題に対処するため、PPC（Poor People’s Campaign）が開始されました。 1968年にはワシントンへの行進が計画されたが、4月4日にテネシー州メンフィスでSCLCの創設者であるマーティン・ルーサー・キング博士が暗殺されたことが影を落とした。
それにもかかわらず、キング牧師の死後、SCLCは南部での有権者登録や抗議活動の支援を続け、勝利を収めました。
しかしながら、キング牧師の死後も、SCLCは有権者登録や南部での抗議活動に参加し、勝利を収めました。 1997年から2004年までは、キング牧師が代表を務めていました。 2009年10月には、キング牧師の娘であるバーニス・キングがSCLCの代表に選ばれた。 女性としては初めての就任となる。