マススペクトルのY軸は、イオンの信号強度を表しています。 カウント式の検出器を使用した場合、強度はcps(counts per second)で表されます。 また、アナログ検出器を使用している場合、強度は通常、ボルトで測定されます。 FTICRやOrbitrapsでは、周波数領域の信号（Y軸）は、信号の正弦波のパワー（～振幅の2乗）に関連しています（rmsパワーに還元されることも多い）が、多くの理由により、通常、軸はそのように表示されません。 ほとんどの質量分析計では、分光器で測定されたイオン電流の強度は、相対的な量を正確に表しているわけではありませんが、大まかには相関しています。
Y-axis and relative abundanceEdit
信号強度は多くの要因、特に分析対象となる分子の性質とそのイオン化の仕方に依存します。 イオン化の効率は、分子ごとに、またイオン源ごとに異なります。 例えば、ポジティブイオンモードのエレクトロスプレーイオン源では、第4級アミンは非常によくイオン化しますが、大きな疎水性のアルコールは、どんなに濃縮してもほとんど見られません。 EIイオン源では、これらの分子の挙動は全く異なります。
検出側では、信号強度に比例しない形で影響を与える要因が多くあります。 イオンの大きさは衝突の速度に影響し、特定の検出器ではその速度は信号出力に比例します。 FTICRのような他の検出システムでは、イオンの電荷数が信号強度により重要である。 フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴やオービトラップ型の質量分析計では、信号強度（Y軸）は自由誘導減衰信号の振幅に関連しています。 これは基本的にはべき乗の関係（振幅の2乗）ですが、多くの場合は、平均振幅と同じように計算されます。 減衰信号の場合、rmsは平均振幅とは等しくありません。 さらに、ダンピング定数（fidの信号の減衰率）は、すべてのイオンで同じではありません。
マススペクトルからより定量的な情報を得るための一般的な方法は、サンプルと比較するための標準曲線を作成することです。 そのためには、何を定量したいのかを事前に把握し、標準物質を用意し、この目的のために実験を設計する必要があります。 さらに高度な方法として、分析対象物と非常によく似た挙動を示す内部標準物質を使用する方法があります。 これには、同位体で標識された分析対象物を用いることが多い。
Spectral Skewing
Spectral Skewingとは、マススペクトルをスキャンしたときに、イオン源内の分析対象物の濃度が変化することで、マススペクトルのピークの相対的な強度が変化することです。 このような状況は、クロマトグラフィー成分が連続したイオン源に溶出する際に日常的に発生します。 イオントラップ(四重極型(QMSでも発生しています)や磁気型)や飛行時間型(TOF)の質量分析計では、装置の動作サイクル(時間のスナップショット)で形成されたすべてのイオンが検出できる可能性があるため、スペクトルのスキューイングは発生しません
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