In base alla sua estetica, il gioco sembra svolgersi in una versione romanzata del Giappone feudale. Nella cinematica di apertura del gioco, il protagonista, Shadow, spiega che stava cercando un degno avversario quando si è imbattuto nei Cancelli delle Ombre, un percorso verso il Mondo delle Ombre. Quando apre i Cancelli, i sei demoni che erano imprigionati dall’altra parte vengono liberati e il corpo di Shadow viene avvolto dalla mistica Energia dell’Ombra, che lo trasforma in una silhouette senza volto. Credendo che sigillare i Cancelli gli permetterà di riacquistare il suo corpo fisico, Shadow parte per sconfiggere i demoni e recuperare i sigilli che custodiscono, che possono essere usati per chiudere i Cancelli.
Shadow è aiutato nella sua ricerca dal suo ex Sensei, un fabbro di nome May, e successivamente da un truffatore di nome Sly. Il gruppo viaggia attraverso la regione, fermandosi nelle città dove i demoni hanno preso residenza. Shadow partecipa a vari tornei e battaglie per prepararsi ai combattimenti con i demoni e le loro guardie del corpo. I sei demoni che Shadow deve affrontare sono, nell’ordine:
- Lynx, il leader di un gruppo di assassini chiamato The Order
- Hermit, un potente mago e il preside di una scuola di combattimento & di magia
- Butcher, il leader di una gang giovanile
- Wasp, la regina dei pirati e figlia dell’ex re dei pirati
- Widow, che può sedurre praticamente qualsiasi uomo con il suo fascino
- Shogun, un rōnin caduto in disgrazia e diventato signore della guerra
Dopo aver sconfitto tutti i demoni e preso i loro sigilli, Shadow arriva a Gates. I sei demoni lo seguono per cercare di impedirgli di chiudere i Cancelli, ma lui li sconfigge. Shadow sigilla quindi i Cancelli, ma Titan, il sovrano del Mondo delle Ombre, lo attacca e cattura May prima che i Cancelli si chiudano. Incapace di riaprire i Cancelli, Shadow, ancora una sagoma, torna a sconfiggere i demoni ancora una volta e a distruggere i loro sigilli, ignorando i loro avvertimenti su Titan. Con i sigilli distrutti, i Cancelli si riaprono brevemente, permettendo a Shadow di viaggiare da solo nel Regno delle Ombre.
Shadow, indebolito dal suo viaggio attraverso i Cancelli, viene attaccato e quasi sconfitto da Shroud, un servitore di Titan, ma Kali, un membro di una resistenza sotterranea che si oppone al regno di Titan, arriva a salvarlo. Shadow viene portato alla base sotterranea della resistenza, dove il leader della resistenza, Cypher, lo informa che Titan è in realtà un signore della guerra alieno che ha conquistato molti mondi, compreso questo, e sta progettando di conquistare anche il mondo di Shadow. La resistenza è composta da alieni i cui mondi sono stati conquistati da Titan, e Shadow si guadagna il loro rispetto sconfiggendoli tutti in combattimento. Una volta che Cypher è stato sconfitto, osserva che Shadow potrebbe essere il guerriero profetizzato per sconfiggere Titan, e lo fa portare da Kali dall’Antico, un potente essere che ha addestrato molti guerrieri (incluso Shroud) e la cui razza è stata sterminata da Titan. Per trovare l’Antico, Shadow prima individua e sconfigge Cronos, un robot creato da Cypher per questo scopo, che alla fine si è ribellato. Usando la tecnologia di tracciamento di Cronos, Shadow e Kali trovano l’Antico, che inizialmente è riluttante ad aiutare, ma alla fine arriva a credere nei poteri di Shadow dopo aver superato tutte le sue prove, che consistono in combattimenti contro gli spiriti dei guerrieri caduti e l’Antico stesso.
L’Antico traveste Shadow come uno dei soldati di Titano e gli suggerisce di avvicinarsi a Titano partecipando ad un torneo, il cui vincitore diventerà il nuovo soldato d’elite di Titano. A metà del torneo, Shadow viene richiamato al nascondiglio della resistenza, che è stato attaccato da Shroud e da un altro guerriero, Justice. Sconfigge Shroud e viene affrontato da Justice, che si rivela essere una May sottoposta a lavaggio del cervello. Dopo che May viene catturata dalla resistenza, Shadow e Kali si dirigono alla Cittadella di Titano, dove Shadow sconfigge le guardie del corpo di Titano, che sono tutte versioni alternative oscure di se stesso. Nel frattempo, Ancient lascia il Mondo dell’Ombra per “combattere una guerra” altrove. May fugge e arriva a uccidere Shadow, ma lui la sconfigge e la libera dal controllo di Titan. Mentre Kali riporta May alle Porte delle Ombre, Shadow e Titan si impegnano in una battaglia finale. Una volta sconfitto Titan, il suo corpo esplode, distruggendo la cittadella. Shadow viene catturato nell’esplosione, ma sopravvive e riesce a tornare ai Cancelli prima che vengano distrutti, riacquistando il suo corpo fisico nel processo. Shadow si ricongiunge con May, e i due si abbracciano prima di allontanarsi, ignari di essere seguiti dall’ombra che è sopravvissuta alla distruzione di Gates.
Old WoundsEdit
Old Wounds è una trama bonus esclusiva dell’edizione speciale del gioco, incentrata sugli incontri di un giovane Sensei con le versioni più giovani dei sei demoni. Le battaglie presenti in questa modalità non possono essere rigiocate.
Un giorno, Sensei si imbatte nel principe di Ivor City, inseguito da Lynx. Sensei sconfigge Lynx, cacciandolo via, mentre il principe spiega che è stato rapito dal suo palazzo da aggressori sconosciuti, ma è riuscito a fuggire. Quando è stato rapito, il principe ha sentito che i suoi soldati si stanno addestrando da Hermit, così lui e Sensei vanno ad affrontarlo, convinti che sia in qualche modo coinvolto nel tradimento degli uomini del principe. Hermit ammette di aver tradito il principe e di aver ingaggiato Lynx per ucciderlo, ma sostiene di averlo fatto per il futuro della sua scuola. Dopo che Sensei lo sconfigge, Hermit rivela che il braccio destro del Principe, Shogun, gli ha ordinato di addestrare i suoi soldati in cambio di protezione dalla banda di Butcher, che Hermit sospetta sia quella che ha rapito il Principe. Quando Sensei e il Principe affrontano Butcher, questi rivela che quest’ultimo lo ha pagato per lasciarlo andare e per dirgli dove trovare una Sfera magica. Mentre il Principe fugge, Sensei sconfigge Butcher, che lo informa di una donna che ha convinto Shogun a tradire il Principe in cambio della Sfera, che può dare a chiunque la brandisca poteri magici.
Butcher indica a Sensei il molo dove la Sfera sta per essere portata in barca. Lì, viene affrontato da Wasp, che rivela che la Sfera è stata recuperata da qualcuno il giorno prima. Dopo essere stata sconfitta, Wasp rivela che la donna menzionata da Butcher è Widow, che sta cercando vendetta contro il Principe per aver rifiutato il suo amore, e che la Sfera trasformerà chiunque usi il suo potere in schiavo di Widow. Sensei trova e sconfigge Widow prima di convincerla a dirgli cosa è successo alla Sfera. Widow rivela che il Principe l’ha presa e ne ha usato il potere per sconfiggere Shogun, che ha intenzione di giustiziare per tradimento. Sensei arriva a Ivor City, dove il Principe, impazzito per il potere, ordina a uno Shogun controllato dalla mente di ucciderlo. Dopo la sconfitta dello Shogun, il Principe combatte contro lo stesso Sensei, ma viene anch’esso sconfitto. L’Antico arriva e spiega ad un confuso Sensei che ha temporaneamente fermato il flusso del tempo per riportare la Sfera al suo posto, e che la sua presenza qui è stata causata dall’instabilità delle Porte delle Ombre. Prima di andarsene, assicura al Sensei che nessuno, compreso lui, ricorderà nulla di questi eventi entro domani.