La reazione complessiva per la scomposizione del glicogeno in glucosio-1-fosfato è:
glicogeno(n residui) + Pi ⇌ glicogeno(n-1 residui) + glucosio-1-fosfato
Qui, la glicogeno fosforilasi scinde il legame che collega un residuo terminale di glucosio a un ramo del glicogeno mediante la sostituzione di un gruppo fosforico per il legame α.
Il glucosio-1-fosfato viene convertito in glucosio-6-fosfato (che spesso finisce nella glicolisi) dall’enzima fosfoglucomutasi.
I residui di glucosio vengono fosforilati dai rami del glicogeno fino a quattro residui prima di un glucosio che è ramificato con un legame α. L’enzima debranching del glicogeno trasferisce quindi tre delle quattro unità di glucosio rimanenti alla fine di un altro ramo del glicogeno. Questo espone il punto di ramificazione α, che viene idrolizzato dall’α glucosidasi, rimuovendo il residuo finale di glucosio del ramo come molecola di glucosio ed eliminando il ramo. Questo è l’unico caso in cui un metabolita del glicogeno non è il glucosio-1-fosfato. Il glucosio viene successivamente fosforilato a glucosio-6-fosfato dall’esochinasi.