Die zweite Strophe des Liedes enthält die Zeile „Till on that cross as Jesus died, the wrath of God was satisfied“ (Bis an jenem Kreuz, als Jesus starb, der Zorn Gottes befriedigt wurde), die der Satisfaktionstheorie des Sühneopfers anhängt. Diese Zeile hat das Lied daher zum Gegenstand der Kritik von Gegnern der Satisfaktionstheorie gemacht. Im Jahr 2013 stimmte ein 15-köpfiges Komitee der Presbyterianischen Kirche (USA) dafür, das Lied aus einem neuen Kirchengesangbuch auszuschließen, nachdem Townend und Getty die Erlaubnis verweigert hatten, die umstrittene Zeile in „the love of God was magnified“ zu ändern. Mitglieder des Komitees, das das Gesangbuch zusammenstellen sollte, hatten den alternativen Text in einem baptistischen Gesangbuch aus dem Jahr 2010 entdeckt, was sie zu der Annahme veranlasste, dass die Änderung von den Urheberrechtsinhabern genehmigt worden war. Kritiker der Entscheidung des Komitees wiesen darauf hin, dass das Gesangbuch andere Lieder enthielt, die die Genugtuungstheorie und das Modell der stellvertretenden Sühne unterstützen, einschließlich „O Sacred Head Now Wounded“. Laut der Vorsitzenden des Komitees, Mary Louise Bringle, konzentrierte sich die Entscheidung, „In Christ Alone“ auszuschließen, nicht auf das Wort „Wrath“ (Zorn), sondern auf „Satisfaction“ (Genugtuung).
Die Entscheidung des Komitees, das Lied auszuschließen, löste eine größere Debatte über die Konfessionen hinweg und innerhalb der Presbyterianischen Kirche USA selbst aus. Chris Joiner, Pfarrer der PCUSA, sagte, dass viele in seiner Gemeinde die Hymne mochten, aber er stimmte der Entscheidung zu, weil „der Text nahe daran ist zu sagen, dass Gott Jesus getötet hat. Das Kreuz ist kein Instrument von Gottes Zorn.“ Timothy George, der Dekan der Beeson Divinity School, kritisierte die Entscheidung in einer Online-Kolumne mit dem Titel „No Squishy Love“ und behauptete, dass sie „in ein breiteres Muster der Verharmlosung von Teilen der christlichen Lehre passt, die beleidigend sind.“ Boyce-College-Professor Denny Burk vertrat eine ähnliche Ansicht wie George und erklärte: „Wenn der Zorn verschwindet, verschwindet auch die zentrale Bedeutung des Sühneopfers Gottes: die Strafsubstitution. Am Ende des Tages ist das Kreuz selbst der Stolperstein, und das ist der Grund, warum die PCUSA sich nicht an diese Hymne halten kann.“ In der Zwischenzeit schrieb Bob Terry von The Alabama Baptist, dass er mit der Genugtuungstheorie übereinstimme, aber „wenn die Bedeutung von ‚Zorn‘ ist, dass Gott rachsüchtig ist und Freude daran hat, seinen Sohn zu bestrafen, dann ist das nicht, wie ich Gott in der Bibel beschrieben finde. So wie ich die Bibel verstehe, war es, weil ‚Gott die Welt so sehr liebte‘, dass er bereit war, ‚ihn zu zermalmen und leiden zu lassen‘.“