Great Stirrup Cay wurde, wie auch der Rest der Bahamas, durch tektonische und eiszeitliche Verschiebungen geformt. Die ersten bekannten Siedler auf den Bahamas waren die Lucayan-Indianer, Verwandte der Arawaks, die um 600 n. Chr. die Karibik besiedelten.
Great Stirrup war ein Piratenversteck, während die Briten bis 1815 in Nassau und auf den größeren Inseln siedelten. Diese Zeit markiert die ersten dokumentierten Siedler von Great Stirrup, und viele der Strukturen aus dieser Siedlung stehen heute noch. Karten aus dieser Zeit zeigen einfach „Stirrup’s Cay“.
„Stirrup’s Cay“ blieb auch während des amerikanischen Bürgerkriegs aktiv, da die Konföderierten weiterhin Baumwolle nach Europa exportieren wollten. Die Insel wurde als Landeplatz für die Versorgung genutzt, während Bundeskriegsschiffe in der Gegend patrouillierten, um ihre Bemühungen zu vereiteln. Nach der Abschaffung der Sklaverei zogen sich die Briten langsam aus den Kolonien auf den Außeninseln zurück, und die Plantage auf Great Stirrup wurde aufgegeben. Great Stirrup ist die nördlichste Insel einer Inselkette, die als Berry Islands bekannt ist, und liegt in einem Gebiet entlang des nordwestlichen Providence Channel.
Der Präsident der Vereinigten Staaten, Franklin D. Roosevelt, fischte 1935 vor den Riffen von Great Stirrup Cay.
Während des Zweiten Weltkriegs kamen die Vereinigten Staaten in dem Bemühen, ihre östlichen Küsten zu schützen, mit einer breiten Palette von Beobachtungs- und Verteidigungsausrüstung auf die Bahamas und Great Stirrup. Darunter befanden sich auch Unterwasserkabel, die auf dem Meeresboden verlegt wurden, um nach feindlichen U-Booten zu horchen. Zwei „Kabelhäuser“ stehen noch immer an der südöstlichen Küste der Insel, die heute vom Dschungel überwuchert ist. Die United States Air Force baute später eine LORAC (LOng Range ACcuracy) Funknavigationsstation für den Einsatz während der frühen Space Shuttle Starts. Diese Anlage wurde später an Motorola und andere Privatunternehmen als Auftragnehmer der United States Air Force von der Patrick AFB in der Nähe von Satellite Beach, Florida, vermietet. Neue, genauere GPS-Technologie machte die Station veraltet, und sie wurde 1991 geschlossen und die Antenne, Ausrüstung und Radials wurden entfernt.
Ein Kreuzfahrtschiff, Yarmouth Castle, das von Miami nach Nassau unterwegs war, brannte und sank 13 Meilen (21 km) vor der Küste von Great Stirrup Cay am 13. November 1965. Die Untersuchungskommission der US-Küstenwache stellte fest, dass der Kapitän und die Schiffsoffiziere die Schuld an dem Feuer und dem Untergang des Schiffes trugen.
Die Belcher Oil Company aus Miami beanspruchte den nördlichen Teil der Insel viele Jahre lang für sich. Ihre Interessen dort umfassten Immobilienspekulationen, Ölexploration und einen möglichen Standort für einen Firmensitz. Im Jahr 1977 pachtete Norwegian Caribbean Lines (später Norwegian Cruise Line) diesen Teil von Belcher Oil, das erste Mal, dass eine Kreuzfahrtgesellschaft die exklusive Kontrolle über eine private Insel hatte. Norwegian Caribbean Line kaufte die Insel im Jahr 1986. Im Jahr 1990 gab die Norwegian Cruise Line 1 Million Dollar für die Modernisierung der Insel aus und vermarktete die Insel einige Jahre lang als Pleasure Island. Im Jahr 2017 baute Norwegian Cruise Line neue Essens- und Getränkebereiche, baute Cabanas um und erweiterte die Strandbereiche. Norwegian Cruise Line plant den Bau von 38 privaten Villen mit jeweils bis zu zwei Schlafzimmern, einem zweistöckigen Restaurant, einer Swim-up-Bar und einem Spa-Bereich.