Die Gesamtreaktion für den Abbau von Glykogen zu Glukose-1-Phosphat ist:
Glykogen(n Reste) + Pi ⇌ Glykogen(n-1 Reste) + Glukose-1-Phosphat
Hier spaltet die Glykogenphosphorylase die Bindung, die einen terminalen Glukoserest mit einem Glykogenzweig verbindet, durch Substitution der α-Bindung durch eine Phosphorylgruppe.
Glucose-1-phosphat wird durch das Enzym Phosphoglucomutase in Glucose-6-phosphat umgewandelt (das oft in der Glykolyse endet).
Glucosereste werden von Glykogenverzweigungen bis vier Reste vor einer Glucose, die mit einer α-Bindung verzweigt ist, phosphorolysiert. Das Glykogen-Debranching-Enzym überträgt dann drei der verbleibenden vier Glukoseeinheiten an das Ende eines anderen Glykogenastes. Dadurch wird die α-Verzweigungsstelle freigelegt, die von der α-Glucosidase hydrolysiert wird, wodurch der letzte Glukoserest der Verzweigung als Glukosemolekül entfernt und die Verzweigung eliminiert wird. Dies ist der einzige Fall, in dem ein Glykogen-Metabolit nicht Glucose-1-Phosphat ist. Die Glukose wird anschließend durch Hexokinase zu Glukose-6-Phosphat phosphoryliert.