Sur la base de son esthétique, le jeu semble se dérouler dans une version romancée du Japon féodal. Dans la cinématique d’ouverture du jeu, le protagoniste, Shadow, explique qu’il était à la recherche d’un adversaire digne de ce nom lorsqu’il est tombé sur les Portes des Ombres, une voie d’accès au Monde des Ombres. Lorsqu’il ouvre les Portes, les six démons qui étaient emprisonnés de l’autre côté sont libérés et le corps de Shadow est enveloppé par l’énergie mystique de l’ombre, qui le transforme en une silhouette sans visage. Convaincu que sceller les Portes lui permettra de retrouver son corps physique, Shadow entreprend de vaincre les démons et de récupérer les sceaux qu’ils gardent, qui peuvent être utilisés pour fermer les Portes.
Shadow est aidé dans sa quête par son ancien Sensei, un forgeron nommé May, et plus tard un escroc nommé Sly. Le groupe voyage à travers la région, s’arrêtant dans les villes où les démons ont élu domicile. Shadow participe à divers tournois et batailles pour se préparer aux combats contre les démons et leurs gardes du corps. Les six démons que l’Ombre doit affronter sont, dans l’ordre :
- Lynx, le chef d’un groupe d’assassins appelé The Order
- Hermit, un puissant sorcier et le directeur d’une & école de magie de combat
- Butcher, le chef d’un gang de mineurs
- Wasp, la reine des pirates et fille de l’ancien roi des pirates
- Veuve, qui peut séduire pratiquement n’importe quel homme avec ses charmes
- Shogun, un rōnin en disgrâce devenu un seigneur de guerre
Après avoir vaincu tous les démons et pris leurs sceaux, Ombre arrive aux Portes. Les six démons le suivent pour essayer de l’empêcher de fermer les Portes, mais il les maîtrise. L’Ombre scelle alors les Portes, mais Titan, le souverain du Monde des Ombres, l’attaque et capture May avant que les Portes ne se referment. Incapable de rouvrir les Portes, l’Ombre, toujours en silhouette, revient pour vaincre les démons une fois de plus et détruire leurs sceaux, ignorant leurs avertissements concernant Titan. Avec les sceaux détruits, les Portes se rouvrent brièvement, permettant à Shadow de voyager dans le royaume de l’ombre par ses propres moyens.
Shadow, affaibli par son voyage à travers les Portes, est attaqué et presque vaincu par Shroud, un serviteur de Titan, mais Kali, membre d’une résistance souterraine qui s’oppose au règne de Titan, arrive pour le sauver. L’Ombre est emmenée dans la base souterraine de la résistance, où le chef de la résistance, Cypher, l’informe que Titan est, en fait, un seigneur de guerre extraterrestre qui a conquis de nombreux mondes, dont celui-ci, et qui prévoit de s’emparer du monde de l’Ombre également. La résistance est composée d’aliens dont les mondes ont été conquis par Titan, et l’Ombre gagne leur respect en les battant tous au combat. Une fois Cypher vaincu, il remarque que Shadow pourrait être le guerrier qui a été prophétisé pour vaincre Titan, et demande à Kali de l’emmener chez l’Ancien, un être puissant qui a formé de nombreux guerriers (dont Shroud) et dont l’espèce a été exterminée par Titan. Pour trouver l’Ancien, l’Ombre doit d’abord localiser et vaincre Cronos, un robot créé par Cypher dans ce but, mais qui a fini par se rebeller. En utilisant la technologie de pistage de Cronos, Shadow et Kali trouvent l’Ancien, qui est d’abord réticent à l’aider, mais finit par croire aux pouvoirs de Shadow après qu’il ait réussi toutes ses épreuves, consistant en des combats contre les esprits des guerriers tombés au combat et l’Ancien lui-même.
L’Ancien déguise Shadow en un des soldats de Titan et lui propose de se rapprocher de Titan en participant à un tournoi, dont le vainqueur deviendra le nouveau soldat d’élite de Titan. Au milieu du tournoi, l’Ombre est rappelée à la cachette de la résistance, qui a été attaquée par Shroud et un autre guerrier, Justice. Il vainc Shroud et est confronté à Justice, qui se révèle être une May ayant subi un lavage de cerveau. Après la capture de May par la résistance, Shadow et Kali se rendent à la Citadelle de Titan, où Shadow bat les gardes du corps de Titan, qui sont tous de sombres versions alternatives de lui-même. Pendant ce temps, Ancient quitte le Monde des Ombres pour « mener une guerre » ailleurs. May s’échappe et arrive pour tuer l’Ombre, mais il la bat et la libère du contrôle de Titan. Pendant que Kali ramène May aux Portes des Ombres, Ombre et Titan s’engagent dans un combat final. Une fois Titan vaincu, son corps explose, détruisant la citadelle. L’ombre est prise dans l’explosion, mais survit et parvient à retourner aux Portes avant qu’elles ne soient détruites, retrouvant ainsi son corps physique. Shadow retrouve May, et les deux s’embrassent avant de s’éloigner, sans savoir qu’ils sont suivis par l’ombre qui a survécu à la destruction des Portes.
Vieilles blessuresEdit
Vieilles blessures est un scénario bonus exclusif à l’édition spéciale du jeu qui se centre sur les rencontres d’un Sensei plus jeune avec des versions plus jeunes des six démons. Les combats présentés dans ce mode ne peuvent pas être rejoués.
Un jour, Sensei tombe sur le prince d’Ivor City, qui est poursuivi par Lynx. Sensei vainc Lynx, le chassant, tandis que le Prince explique qu’il a été enlevé de son palais par des assaillants inconnus, mais qu’il a réussi à s’échapper. Lorsqu’il a été kidnappé, le Prince a entendu que ses soldats suivaient un entraînement avec Hermit, alors lui et Sensei vont le confronter, convaincus qu’il est d’une certaine manière impliqué dans la trahison des hommes du Prince. Hermit admet avoir trahi le Prince et avoir engagé Lynx pour le tuer, mais prétend l’avoir fait pour l’avenir de son école. Après que Sensei l’ait vaincu, Hermit révèle que le bras droit du Prince, Shogun, lui a ordonné d’entraîner ses soldats en échange d’une protection contre le gang de Butcher, qu’Hermit soupçonne d’être ceux qui ont enlevé le Prince. Lorsque Sensei et le Prince affrontent Butcher, il révèle que ce dernier l’a payé pour le laisser partir et lui dire où trouver une Sphère magique. Alors que le Prince s’enfuit, Sensei vainc Butcher, qui l’informe de l’existence d’une femme qui avait convaincu Shogun de trahir le Prince en échange de la Sphère, qui peut accorder à quiconque la manie des pouvoirs magiques.
Butcher indique à Sensei les quais où la Sphère est sur le point d’être amenée par bateau. Là, il est confronté à Wasp, qui révèle que la Sphère a été récupérée par quelqu’un la veille. Après avoir été vaincue, Wasp révèle que la femme mentionnée par Butcher est Widow, qui cherche à se venger du Prince pour avoir rejeté son amour, et que la Sphère transformera quiconque utilisera son pouvoir en esclave de Widow. Sensei trouve et vainc la Veuve avant de la persuader de lui dire ce qui est arrivé à la Sphère. La Veuve révèle que le Prince l’a prise et a utilisé son pouvoir pour vaincre le Shogun, qu’il prévoit d’exécuter pour trahison. Sensei arrive à Ivor City, où le Prince, rendu fou par le pouvoir, ordonne à un Shogun contrôlé par son esprit de le tuer. Après la défaite du Shogun, le Prince combat Sensei lui-même, mais est également vaincu. L’Ancien arrive alors et explique à un Sensei confus qu’il a temporairement arrêté le cours du temps pour ramener la Sphère là où elle doit être, et que sa présence ici a été causée par l’instabilité des Portes des Ombres. Avant de partir, il assure à Sensei que personne, y compris lui, ne se souviendra de quoi que ce soit de ces événements d’ici à demain.