TEXT
Quelle est l’importance du délai d’exécution d’un test de laboratoire de microbiologie clinique ? Les microbiologistes prennent soin de tester des cultures pures, d’utiliser des voies d’identification (ID) validées et de suivre des procédures d’antibiogramme (AST) hautement normalisées et réglementées. Cette approche a très peu changé au cours des 60 ans d’histoire de la microbiologie clinique moderne, ce qui se traduit par un délai de 3 à 4 jours entre le prélèvement du sang et la disponibilité des résultats de l’ID et de l’AST. Avec l’introduction de la technologie d’hémoculture automatisée dans les années 1970, l’automatisation de l’identification et des tests antimicrobiens dans les années 1980, l’utilisation de la spectrométrie de masse par désorption laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS) pour l’identification des organismes, la détection moléculaire des gènes de résistance aux antimicrobiens et l’automatisation totale des laboratoires ces dernières années, le paradigme des tests microbiologiques a changé (1). Le nouveau paradigme a-t-il un impact sur le délai d’exécution et améliore-t-il les soins aux patients, et ce, de manière rentable ?
Dans ce numéro du Journal of Clinical Microbiology, Tabak et al. rapportent les résultats d’une étude portant sur 13 laboratoires et 165 593 hémocultures examinant le délai d’exécution moyen entre le prélèvement de la culture et les résultats de la coloration de Gram, de l’identification de l’organisme et de l’antibiogramme pour 11 organismes courants (2). Qu’ont-ils appris ? Les hôpitaux participants n’ont pas été choisis au hasard et n’étaient pas représentatifs des différences géographiques en matière de prestation de soins médicaux, mais ils allaient de petits (<100 lits) à grands (>300 lits). Bien que le flux de travail et les méthodes exactes n’aient pas pu être déterminés pour tous les laboratoires, la technologie utilisée dans chaque hôpital était plus conventionnelle que l’état de l’art, à savoir, des instruments d’hémoculture à contrôle continu, une dotation en personnel de laboratoire qui se concentrait sur le travail technique de l’équipe de jour plutôt que sur la lecture et le traitement des cultures le soir et la nuit, une identification biochimique pour l’ID et une automatisation standard pour l’AST. Ces deux dernières méthodes nécessitent une incubation de nuit. Il ne semble pas que les 13 laboratoires aient utilisé le MALDI-TOF MS ou les tests moléculaires pour l’identification rapide ou le test du gène de résistance aux antimicrobiens, respectivement, directement à partir de bouillons d’hémoculture positifs. À partir du prélèvement de l’échantillon sanguin, ces laboratoires ont enregistré des délais d’exécution médians (intervalles interquartiles) de 0,8 (0,64 à 1,08), 1,81 (1,34 à 2,46) et 2,71 (2,46 à 2,99) jours pour rapporter les résultats de coloration de Gram, d’identification des organismes et d’AST, respectivement. Ce sont des points de repère utiles et importants ! Comment votre laboratoire se compare-t-il ?
D’abord, faites attention ! Les laboratoires de microbiologie ne sont pas identiques, et les variations dans la normalisation technique et procédurale sont importantes (3). Quelle est la durée du transport entre le prélèvement sanguin et le chargement de l’instrument ? Quel instrument d’hémoculture et quel milieu utilisez-vous ? Prélevez-vous des flacons d’hémoculture signalés positifs 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7 (24/7), uniquement pendant certaines équipes, ou par lots périodiques pour rendre le travail plus efficace (4) ? Utilisez-vous des tests moléculaires rapides pour identifier les micro-organismes et les gènes de résistance à partir de bouillons d’hémoculture positifs ou la spectrométrie de masse MALDI-TOF directe pour identifier rapidement les micro-organismes à partir de bouillons positifs (5) ? Effectuez-vous une analyse MALDI-TOF sur une incubation de colonies à court terme pour identifier rapidement les bactéries et les levures (6, 7) ? Utilisez-vous une automatisation complète qui facilite la lecture des cultures à partir d’images sur plusieurs postes (8) ? Réalisez-vous des antibiogrammes directs à partir de bouillons d’hémoculture positifs (9) ? Utilisez-vous la détection directe des micro-organismes à partir du sang (10) ? Avec toutes ces variations possibles, cette étude est-elle utile ?
Nous pensons que oui. Comme pour les taux de contamination des hémocultures, il faut connaître les processus suivis avant qu’une comparaison soit possible. Lors de l’évaluation des taux de contamination, il est nécessaire de savoir si le sang a été prélevé par un phlébotomiste formé, si le sang a été prélevé par ponction veineuse ou par ligne intravasculaire, ou si le sang a été prélevé alors que le patient était aux urgences (11). Les données sur la contamination ont été recueillies, analysées et publiées pendant des décennies, guidant les interprétations dans chacune de ces situations (12). Avec le recul, le processus devait bien commencer quelque part. Schifman et al. ont fourni l’étude séminale en 1998 impliquant 640 institutions et 497 134 hémocultures (13). Cette étude de Tabak et al. sur la communication des résultats d’hémocultures pourrait constituer le même point de départ pour que d’autres puissent évaluer leurs performances et, le cas échéant, apporter des améliorations (2). Cette étude peut-elle vous aider dans votre laboratoire aujourd’hui ?
Faisons un essai ! Combien de temps faut-il à votre laboratoire pour communiquer les résultats d’une hémoculture après un signal positif ? Nous avons extrait un mois de données de notre instrument d’hémoculture (série Bactec FX utilisant des flacons de culture Plus Aerobic/F et Standard Anaerobic/F ; Becton, Dickinson and Co., Sparks, MD) et de notre système d’information de laboratoire (SCC Soft Computer, Clearwater, FL), ce qui a donné 138 micro-organismes consécutifs détectés à partir de 138 hémocultures distinctes. Les données reflètent les mêmes espèces communes et les mêmes moments pour les rapports de coloration de Gram, d’identification et d’AST que ceux présentés par Tabak et al. (2). Nos délais d’exécution médians et nos intervalles interquartiles étaient de 0,80 (0,61 à 1,18), 1,50 (0,93 à 1,82) et 2,50 (1,89 à 3,04) jours pour les rapports de coloration de Gram, d’ID et d’AST, respectivement. Nos données internes ont révélé que nous avons rapporté nos identifications d’organismes près de 8 heures plus rapidement que ce qui est indiqué dans l’étude. Cela est logique, car nous utilisons les tests d’identification rapide Verigene BC-GN et BC-GP (Luminex Corp., Austin, TX) pour les premières hémocultures positives ; en outre, les cultures positives suivantes sont identifiées par MALDI-TOF MS (Bruker Biotyper, Billerica, MA) en utilisant des colonies à court terme de 6 heures incubées dans nos incubateurs intelligents Kiestra total laboratory system (BD, Sparks MD). En comparant le délai d’exécution de l’AST, nous avons rapporté des résultats environ 5 heures plus rapidement que ceux de Tabak et al. (2). Là encore, c’est logique, car nous effectuons une AST directe à partir du bouillon d’hémoculture positif. Notre délai d’exécution pour les rapports de coloration de Gram était identique à celui de l’étude. Cela conduit à une enquête car, contrairement à l’étude, nous tirons des flacons positifs, lisons les colorations de Gram et rendons compte des résultats des hémocultures positives « 24 heures sur 24, 7 jours sur 7 ». Après avoir comparé les protocoles, comment est-il possible que nous ayons le même délai d’exécution pour les rapports de coloration de Gram ?
La compréhension et la comparaison des données sont essentielles à notre compréhension de ce qui est possible et pratique dans les rapports de microbiologie. Nous avons examiné nos délais d’exécution des tests de coloration de Gram par équipe. Les délais médians étaient de 0,80, 0,90 et 0,80 jour pour les équipes de jour, de soir et de nuit, respectivement. La réponse était cachée dans ces données. Le délai d’exécution plus long pour l’équipe du soir est dû à l’entrée tardive des flacons d’hémoculture provenant de trois hôpitaux périphériques qui n’ont pas de service de messagerie après 23 h 30. Pour les hémocultures prélevées pendant cette période de fin de soirée et de nuit, l’entrée des flacons dans l’instrument a eu lieu à 6 h le lendemain matin, avec le signal positif habituel de l’instrument pendant l’équipe du soir, 14 à 16 h plus tard. La réponse est maintenant claire : si nous voulons améliorer nos délais d’exécution des colorations de Gram, nous devons ajouter des coursiers de nuit. Bien que nos données et celles d’autres personnes ne puissent pas être comparées directement à celles de Tabak et al. en raison des différences de personnel et de procédures, elles incitent à examiner où nous en sommes et nous alertent tous sur la nécessité de disposer de données supplémentaires sur les résultats des hémocultures attachées à des protocoles clairement définis, par exemple, un questionnaire d’essai de compétence du College of American Pathologists ou Q-Probe.
Enfin, la réduction des délais d’exécution des tests est-elle un objectif valable ? Est-ce que cela améliorerait les soins aux patients (14) ? Rappelons que la recherche rapide d’antigènes dans le liquide céphalorachidien pour la détection d’antigènes bactériens était une norme de soins il y a 30 ans (15, 16). Après une décennie d’utilisation courante, la recherche d’antigènes bactériens dans les liquides organiques a presque disparu à la suite d’études minutieuses évaluant le manque d’impact et les faibles valeurs prédictives sur les soins aux patients et les coûts supplémentaires associés aux tests (17). Nous ne devons pas faire cela avec les rapports d’hémoculture. Les améliorations incrémentielles des délais d’exécution des rapports nécessitent des ressources humaines et consommables. À moins qu’une amélioration définie des résultats cliniques ne puisse être documentée par des études soigneusement réalisées, l’embauche de personnel supplémentaire pour effectuer les tests en dehors des heures de bureau, avec une réduction des délais de rapport, n’est pas justifiée. Tabak et al. ont fourni un point de départ pour notre voyage vers l’optimisation des rapports de résultats d’hémoculture (2). Maintenant, fournissons tous plus de données pour terminer le voyage !
.