Un groupe d’hommes est à bord d’un navire anglais qui se trouve sur la Tamise. Le groupe comprend un avocat, un comptable, un directeur de compagnie/capitaine et un homme sans profession précise qui se nomme Marlow. Le narrateur semble être un autre invité anonyme du navire. Alors qu’ils flânent, attendant que le vent se lève pour reprendre leur voyage, Marlow commence à parler de Londres et de l’Europe comme des endroits les plus sombres de la planète. Le narrateur et les autres invités ne semblent pas le considérer avec beaucoup de respect. Marlow est un homme immobile, ce qui est très inhabituel pour un marin. Les autres ne le comprennent pas car il n’entre pas dans une catégorie précise comme les autres. Il mentionne la colonisation et dit que le fait de découper la terre en prix ou en morceaux n’est pas quelque chose à examiner de trop près car c’est une atrocité. Il commence ensuite à raconter une expérience personnelle en Afrique, qui l’a amené à devenir marin d’eau douce et lui a donné un terrible aperçu de la colonisation. A l’exception de deux ou trois petits paragraphes, le point de vue se déplace vers Marlow, qui devient le narrateur principal pour le reste du roman.
Marlow a toujours eu une passion pour les voyages et l’exploration. Les cartes sont une de ses obsessions. Marlow décide qu’il ne veut rien de plus que d’être le skipper d’un bateau à vapeur qui remonte et descend un fleuve en Afrique. Sa tante a des contacts au sein du département administratif d’une compagnie de navigation et d’exploration qui collecte de l’ivoire, et elle parvient à obtenir un rendez-vous pour Marlow. Il remplace un capitaine qui a été tué lors d’une escarmouche avec les indigènes. Lorsque Marlow arrive au bureau de la compagnie, l’atmosphère est extrêmement sombre et inquiétante. Il a l’impression que tout le monde le regarde avec pitié. Le médecin qui effectue son examen médical demande s’il y a des antécédents de folie dans la famille de Marlow. Il dit à Marlow que rien ne pourrait le persuader de rejoindre la Compagnie au Congo. Cela laisse Marlow perplexe, mais il n’en pense pas moins. Le lendemain, il s’embarque pour un voyage d’un mois vers la première station de la Compagnie. Les rivages africains qu’il observe sont tout sauf accueillants. Ils sont sombres et plutôt désolés, malgré le flot d’activité humaine qui les entoure. À son arrivée, Marlow apprend qu’un membre de la compagnie s’est récemment suicidé. Il y a une multitude de membres de gangs en chaîne, qui le regardent tous avec des expressions vides. Un jeune garçon s’approche de Marlow, l’air très vide. Marlow ne peut rien faire d’autre que de lui offrir des biscuits de bateau. Il est très soulagé de laisser le garçon derrière lui car il tombe sur un homme très bien habillé qui est l’image même de la respectabilité et de l’élégance. Ils se présentent : il est le chef comptable de la compagnie. Marlow se lie d’amitié avec cet homme et passe fréquemment du temps dans sa cabane pendant que le comptable examine les comptes. Après avoir observé pendant dix jours la mauvaise humeur du chef comptable, Marlow part pour son voyage de 200 miles à l’intérieur du Congo, où il travaillera pour une station dirigée par un homme nommé Kurtz.
Le voyage est ardu. Marlow croise de nombreux chemins, voit des habitations désertes, et rencontre des hommes noirs qui travaillent. Marlow ne les décrit jamais comme des humains. Tout au long du roman, les personnages blancs les désignent en termes animaliers. Marlow arrive finalement à une station secondaire, où il rencontre le directeur qui, pour l’instant, supervisera son travail. C’est une rencontre étrange. Le directeur sourit d’une manière qui est très déconcertante. Le navire sur lequel Marlow est censé prendre la mer est en panne. En attendant la livraison des rivets nécessaires à sa réparation, Marlow s’adonne à des tâches plus banales. Il entend fréquemment le nom de « Kurtz » dans la station. Visiblement, tout le monde connaît son futur patron. Le bruit court qu’il est malade. Bientôt, l’ensemble de l’équipage partira pour un voyage vers la station de Kurtz.
L’oncle du directeur arrive avec sa propre expédition. Marlow les entend dire qu’ils aimeraient voir Kurtz et son assistant pendus afin que leur station soit éliminée de la concurrence de l’ivoire. Après une journée d’exploration, l’expédition a perdu tous ses animaux. Marlow se met en route pour la station de Kurtz avec les Pèlerins, l’équipage cannibale et le directeur. A environ huit miles de leur destination, ils s’arrêtent pour la nuit. On parle d’une attaque imminente. La rumeur dit que Kurtz aurait été tué lors d’une précédente. Certains des pèlerins descendent à terre pour enquêter. Le son ronronnant des flèches est entendu ; une attaque est en cours. Les pèlerins tirent depuis le navire avec des fusils. Le timonier du navire est tué, ainsi qu’un indigène à terre. Marlow suppose que Kurtz a péri dans l’attaque inexplicable. Cela le perturbe beaucoup. Au cours de ses voyages, il a toujours été impatient de rencontrer cet homme. Marlow partage le passé de Kurtz : une éducation anglaise, une femme à la maison qui l’attend. Malgré la déception de Marlow, le bateau continue sa route. Un peu plus loin sur le fleuve, l’équipage repère le poste de Kurtz, qu’il croyait perdu. Ils rencontrent un homme russe qui ressemble à un arlequin. Il dit que Kurtz est vivant mais un peu malade. Les indigènes ne veulent pas que Kurtz parte car il a élargi leur esprit. Kurtz ne veut pas partir parce qu’il est essentiellement devenu une partie de la tribu.
Après avoir parlé pendant un certain temps avec le Russe, Marlow a une image très claire de l’homme qui est devenu son obsession. Enfin, il a l’occasion de parler à Kurtz, qui est malade et sur son lit de mort. Les indigènes entourent sa hutte jusqu’à ce qu’il leur dise de partir. Alors qu’il est de garde, Marlow s’assoupit et se rend compte que Kurtz est parti. Il le poursuit et retrouve Kurtz dans la forêt. Il ne veut pas quitter la station car ses plans n’ont pas été entièrement réalisés. Marlow parvient à le ramener dans son lit. Kurtz confie à Marlow tous ses vieux dossiers et papiers. Parmi ceux-ci se trouve une photographie de sa dulcinée. Le Russe s’échappe avant que le directeur et les autres ne puissent l’emprisonner. Le bateau à vapeur repart le lendemain. Kurtz meurt à bord quelques jours plus tard, Marlow l’ayant assisté jusqu’au bout.
Marlow retourne en Angleterre, mais le souvenir de son ami le hante. Il parvient à retrouver la femme de la photo, et lui rend visite. Elle lui parle longuement de ses merveilleuses qualités personnelles et de la culpabilité qu’elle ressent de ne pas avoir été avec lui au dernier moment. Marlow ment et dit que son nom était le dernier mot prononcé par Kurtz – la vérité serait trop sombre pour la lui dire.