La réaction globale de dégradation du glycogène en glucose-1-phosphate est :
glycogène(n résidus) + Pi ⇌ glycogène(n-1 résidus) + glucose-1-phosphate
Ici, la glycogène phosphorylase clive la liaison reliant un résidu terminal de glucose à une branche du glycogène par substitution d’un groupe phosphoryle à la liaison α.
Le glucose-1-phosphate est converti en glucose-6-phosphate (qui finit souvent dans la glycolyse) par l’enzyme phosphoglucomutase.
Les résidus de glucose sont phosphorolysés à partir des branches du glycogène jusqu’à quatre résidus avant un glucose qui est ramifié avec une liaison α. L’enzyme de débranchement du glycogène transfère alors trois des quatre unités de glucose restantes à l’extrémité d’une autre branche de glycogène. Cela expose le point de ramification α, qui est hydrolysé par l’α glucosidase, retirant le dernier résidu de glucose de la branche sous forme de molécule de glucose et éliminant la branche. C’est le seul cas dans lequel un métabolite du glycogène n’est pas le glucose-1-phosphate. Le glucose est ensuite phosphorylé en glucose-6-phosphate par l’hexokinase.