L’élimination de la flatulence est un problème pratique difficile associé à la comsommation de soja ainsi que d’autres légumineuses alimentaires et d’autres denrées alimentaires sélectionnées. Le problème est aggravé par la variabilité de la susceptibilité entre les individus. La recherche a établi que les oligosaccharides – le verbascose, le stachyose et le raffinose – sont la principale cause des flatulences du soja. Ils échappent à la digestion et sont fermentés par la microflore intestinale pour former des quantités excessives de dioxyde de carbone et d’hydrogène. Les procédés de traitement à l’eau chaude, d’extraction à l’alcool aqueux et de précipitation isoélectrique des protéines ont été adaptés pour produire commercialement des produits exempts de flatulences. Au niveau des ménages, le trempage combiné à la germination semble être un moyen pratique de produire des germes de soja ayant une faible activité de flatulence. Les légumineuses alimentaires, qui comprennent certaines graines oléagineuses, les pois et les haricots, ainsi que certains légumes, contiennent suffisamment d’oligosaccharides (verbascose, stachyose, raffinose) pour être une cause majeure de flatulence chez les humains et les animaux. En l’absence d’alpha-galactosidases dans la muqueuse intestinale des mammifères, ces oligosaccharides échappent à la digestion et ne sont pas absorbés. Par conséquent, la microflore active de l’iléon, du côlon et des matières fécales du gros intestin les fermente pour former des niveaux excessifs de gaz rectal, principalement du dioxyde de carbone et de l’hydrogène. Dans certains cas, l’amidon non digéré et d’autres glucides contribuent à l’effet flatulent des régimes alimentaires. 70 % de la population mondiale étant déficiente en lactase (hypolactasie), la susceptibilité aux flatulences serait plus répandue avec des régimes contenant à la fois des légumineuses alimentaires et des produits laitiers.
L’utilisation d’additifs alimentaires, d’antibiotiques et de composés phénoliques pour inhiber les flatulences n’est pas une approche pratique. Cependant, la technologie de traitement du soja utilisée pour fabriquer des concentrés et des isolats de protéines peut être adaptée pour produire des produits sans flatulence à partir d’autres légumineuses alimentaires. Le traitement à l’eau chaude, l’extraction à l’alcool aqueux ou la précipitation isoélectrique des protéines insolubilisent la plupart des protéines et éliminent les oligosaccharides. Le tempeh et le tofu sont deux autres produits à base de soja qui présentent peu ou pas d’activité digestive. Le trempage, la fermentation, l’hydrolyse enzymatique et la germination peuvent également être utilisés pour éliminer les oligosaccharides. Des tests effectués sur des humains et des rats indiquent qu’une combinaison de ces procédés peut être utilisée pour réduire l’activité des flatulences. Les effets bénéfiques de la germination sur les flatulences, souvent contradictoires, ont été attribués à l’absence de contrôle des conditions garantissant l’élimination de la plupart des oligossaccharides. On ne sait pas si les polysaccharides de soja de poids moléculaire élevé (fibres alimentaires), qui ne provoquent normalement pas de flatulences, peuvent être modifiés pendant la germination et devenir des substrats pour la production de flatulences par la microflore intestinale. Un tel effet pourrait compenser la perte de stachyose et de raffinose.