Le deuxième verset de l’hymne contient le vers « Jusqu’à ce que sur cette croix, alors que Jésus est mort, la colère de Dieu a été satisfaite », qui adhère à la théorie de la satisfaction de l’expiation. Ce vers a donc fait du chant un sujet de critique de la part des opposants à la théorie de la satisfaction. En 2013, un comité de 15 membres de l’Église presbytérienne (USA) a voté l’exclusion de la chanson d’un nouvel hymnaire de l’Église après que Townend et Getty ont refusé la permission de modifier la ligne controversée en « l’amour de Dieu a été magnifié ». Les membres du comité chargé de compiler le recueil d’hymnes avaient découvert les autres paroles dans un recueil d’hymnes baptiste de 2010, ce qui leur a fait supposer que le changement avait été autorisé par les détenteurs des droits d’auteur. Les critiques de la décision du comité ont souligné que le recueil de cantiques comprenait d’autres cantiques soutenant la théorie de la satisfaction et le modèle de substitution pénale de l’expiation, notamment « O Sacred Head Now Wounded ». Selon la présidente du comité, Mary Louise Bringle, la décision d’exclure « In Christ Alone » n’était pas centrée sur le mot « wrath » mais plutôt sur « satisfied ».
La décision du comité d’exclure le chant a déclenché un débat plus large à travers les dénominations et au sein de l’Église presbytérienne USA elle-même. Le ministre PCUSA Chris Joiner, de First, a déclaré que si beaucoup de membres de sa congrégation aimaient l’hymne, il était d’accord avec la décision parce que « ce texte est proche de dire que Dieu a tué Jésus. La croix n’est pas un instrument de la colère de Dieu ». Timothy George, doyen de la Beeson Divinity School, a critiqué la décision dans une chronique en ligne intitulée « No Squishy Love » et a affirmé qu’elle « s’inscrit dans un schéma plus large de minimisation des parties de la doctrine chrétienne qui sont offensantes ». Denny Burk, professeur au Boyce College, a adopté un point de vue similaire à celui de George, déclarant que « lorsque la colère disparaît, la signification centrale de l’expiation de Dieu disparaît également : la substitution pénale. En fin de compte, la croix elle-même est la pierre d’achoppement, et c’est pourquoi la PCUSA ne peut pas respecter cet hymne. » Entre-temps, Bob Terry, de The Alabama Baptist, a écrit qu’il était d’accord avec la théorie de la satisfaction, mais que « si le sens du mot « colère » est que Dieu est vindicatif et prend plaisir à punir son Fils, alors ce n’est pas ainsi que je trouve que Dieu est décrit dans la Bible. Comme je comprends la Bible, c’est parce que ‘Dieu a tellement aimé le monde’ qu’il était prêt à ‘l’écraser et à le faire souffrir’. «