Alors qu’Aladdin et la princesse Jasmine se préparent à leur mariage, Aladdin récupère une dague, seul souvenir de son père disparu, qui avait abandonné sa famille lorsqu’Aladdin était un petit enfant. Au cours de la cérémonie, ils se retrouvent, ainsi que les invités, la cible d’un raid des infâmes Quarante Voleurs, menés par un homme nommé Cassim, qui recherche un trésor particulier : un bâton qui est le réceptacle d’un puissant oracle. Aladdin, Abu, Jasmine et le Génie découvrent l’Oracle, qui a le pouvoir de répondre à une seule question sur absolument n’importe quoi à n’importe quel individu. Lorsque Iago lui demande par hasard pourquoi les voleurs veulent tant le bâton, elle répond qu’ils sont à la recherche du « trésor ultime ». Apprenant le pouvoir de l’Oracle, Aladdin devient curieux de connaître son passé. L’Oracle lui laisse entendre que son père, qui est toujours en vie, peut répondre à ces questions, ce qui choque Aladdin. Après quelques encouragements de Jasmine, Aladdin interroge l’oracle sur son père ; l’oracle révèle que son père est avec les Quarante Voleurs, » piégé dans leur monde « .
Aladdin, ainsi qu’Abu, Iago et Carpet, les traque et se cache dans leur repaire, le Mont Sésame, où il découvre, à son grand choc, que son père est en fait Cassim lui-même. Bien qu’Aladin partage une brève et sincère réunion avec Cassim, Sa’luk, le subordonné de Cassim, tente de punir Aladin pour être entré dans la cachette. Cassim, cependant, suggère sournoisement à Aladin de relever le « défi » – un rituel d’initiation au cours duquel il doit vaincre un autre des Quarante Voleurs et prendre sa place. Sa’luk combat Aladdin, mais ce dernier parvient de justesse à l’emporter en jetant son adversaire du haut d’une falaise dans la mer. Il est accueilli dans la bande, et Cassim révèle à Aladin pourquoi il a quitté sa femme et son fils : Pour trouver la Main de Midas, un puissant artefact qui peut transformer en or tout ce qu’il touche. Cassim pensait qu’avec la Main, il pourrait retourner auprès de sa famille et leur donner la vie qu’ils méritaient au lieu de vivre dans les rues, et il avait organisé le raid pour pouvoir capturer le bâton de l’oracle et interroger le voyant sur l’emplacement exact de l’artefact. Aladdin convainc Cassim de retourner avec lui à Agrabah pour y mener une vie honnête. D’abord réticent, Cassim finit par accepter lorsque Iago révèle par inadvertance que le mariage d’Aladdin pourrait être sa dernière chance d’obtenir l’Oracle.
Pendant un moment, Cassim est heureux de passer du temps de qualité avec son fils. Cassim rencontre le Génie, Jasmine et le Sultan, et ils se prennent immédiatement d’affection pour lui. Cassim décide de poursuivre son plan original avec Iago comme nouvel homme de main. Pendant ce temps, Sa’luk se rend à Agrabah, se révèle à Razoul et vend ses compagnons voleurs en donnant à Razoul le mot de passe de leur cachette en échange d’une immunité contre toute poursuite. Après la capture de trente et un des voleurs, Sa’luk dit à Razoul qu’Aladin est l’un des quarante et que son père Cassim est le roi lui-même. Alors qu’ils tentent de voler l’Oracle dans la salle du trésor du palais, Cassim et Iago sont capturés par les gardes royaux, et Razoul révèle au sultan que Cassim est le roi des voleurs. Le Sultan demande à Razoul de détenir Cassim et Iago dans le donjon à vie. Aladin libère Cassim, mais est découvert par Razoul. Bien qu’il soit un criminel, Aladdin retourne au palais pour assumer la responsabilité de ses actes. Le Sultan se prépare à punir Aladdin, mais Génie et Jasmine prennent sa défense, affirmant que tout ce qu’il voulait, c’était donner une seconde chance à son père. Le Sultan accepte ses excuses, au grand désarroi de Razoul.
Avec l’oracle en main, Cassim et Iago retournent au Mont Sésame, mais sont capturés par Sa’luk et les sept autres voleurs. Cassim est obligé d’utiliser l’oracle volé afin de trouver l’emplacement de la Main de Midas et d’y conduire ses hommes. L’oracle les dirige vers l’île de la disparition, une grande forteresse de marbre construite sur le dos d’une gigantesque tortue sous-marine qui plonge périodiquement au fond de l’océan, où la Main est cachée. Iago s’échappe et part conduire Aladin et Jasmine, Abu et Carpet à son père emprisonné. Aladdin parvient à libérer son père et à se réconcilier avec lui. Travaillant ensemble, ils récupèrent la Main au moment où la tortue commence à être submergée, quand ils sont attaqués par Sa’luk. Alors qu’ils tentent de fuir l’inondation, Sa’luk prend Aladdin en otage et exige que Cassim lui remette la Main. Cassim lance la Main de Midas à Sa’luk. Sa’luk attrape la Main – mais par la main en or elle-même au lieu de la poignée en bois – et est transformé en une statue d’or sans vie, tandis que Cassim et Aladdin s’enfuient. Réalisant que son obsession pour la Main peut causer la destruction et que son fils est en fait son ultime trésor, Cassim jette la Main dans le navire avec les autres voleurs à bord, la transformant en or et le coulant.
Cette nuit-là, Aladdin et Jasmine se marient enfin, Cassim y assistant dans l’ombre, puisque le Sultan a décidé de commuer la peine de prison à vie en exil jusqu’à ce qu’il compense tous ses crimes. Parmi les invités figurent également plusieurs caméos de personnages de la série télévisée. Bien que le Sultan ait été gracié, Iago décide de rejoindre Cassim comme compagnon de voyage pour quelque temps, et tous deux partent une fois de plus voir le monde.