El segundo verso del himno contiene la línea, «Hasta que en esa cruz, al morir Jesús, la ira de Dios fue satisfecha», que se adhiere a la teoría de la satisfacción de la expiación. Esta línea ha hecho que la canción sea objeto de críticas por parte de los opositores a la teoría de la satisfacción. En 2013, un comité de 15 miembros de la Iglesia Presbiteriana (EE.UU.) votó para excluir la canción de un nuevo himnario de la iglesia después de que Townend y Getty se negaran a modificar la controvertida línea a «el amor de Dios fue magnificado.» Los miembros del comité encargado de compilar el himnario habían descubierto la letra alternativa en un himnario bautista de 2010, lo que les hizo suponer que el cambio había sido autorizado por los titulares de los derechos de autor. Los críticos de la decisión del comité señalaron que el himnario incluía otros himnos que respaldaban la teoría de la satisfacción y el modelo de sustitución penal de la expiación, incluyendo «O Sacred Head Now Wounded». Según la presidenta del comité, Mary Louise Bringle, la decisión de excluir «In Christ Alone» no se centró en la palabra «wrath» (ira), sino en «satisfied» (satisfecho).
La decisión del comité de excluir la canción desencadenó un debate más amplio entre las denominaciones y dentro de la propia Iglesia Presbiteriana USA. El ministro de la PCUSA, Chris Joiner, de First, dijo que aunque a muchos en su congregación les gustaba el himno, estaba de acuerdo con la decisión porque «esa letra se acerca a decir que Dios mató a Jesús. La cruz no es un instrumento de la ira de Dios». Timothy George, decano de la Beeson Divinity School, criticó la decisión en una columna en línea titulada «No Squishy Love» y afirmó que «encaja en un patrón más amplio de restar importancia a partes de la doctrina cristiana que son ofensivas». El profesor del Boyce College Denny Burk adoptó una opinión similar a la de George, al afirmar que «cuando la ira desaparece, también lo hace el significado central de la expiación de Dios: la sustitución penal». A fin de cuentas, la propia cruz es la piedra de tropiezo, y por eso el PCUSA no puede acatar este himno». Mientras tanto, Bob Terry, de The Alabama Baptist, escribió que estaba de acuerdo con la teoría de la satisfacción, pero «si el significado de ‘ira’ es que Dios es vengativo y se alegró de castigar a su Hijo, entonces no es así como encuentro a Dios descrito en la Biblia. Según entiendo la Biblia, fue porque ‘Dios amó tanto al mundo’ que estuvo dispuesto a ‘aplastarlo y hacerlo sufrir'».