En base a su estética, el juego parece tener lugar en una versión ficticia del Japón Feudal. En la cinemática de apertura del juego, el protagonista, Shadow, explica que estaba buscando un oponente digno cuando se encontró con las Puertas de las Sombras, un camino hacia el Mundo de las Sombras. Al abrir las Puertas, los seis demonios que estaban apresados al otro lado fueron liberados y el cuerpo de Shadow fue envuelto por la mística Energía de las Sombras, que lo convirtió en una silueta sin rostro. Creyendo que el sellado de las Puertas le permitirá recuperar su cuerpo físico, Sombra se dispone a derrotar a los demonios y a recuperar los sellos que custodian, que pueden ser utilizados para cerrar las Puertas.
Sombra es ayudado en su búsqueda por su antiguo Sensei, un herrero llamado May, y más tarde por un estafador llamado Sly. El grupo viaja por la región, deteniéndose en las ciudades donde los demonios han fijado su residencia. Sombra participa en varios torneos y batallas para prepararse para las luchas con los demonios y sus guardaespaldas. Los seis demonios a los que se tiene que enfrentar Sombra son, por orden:
- Lynx, el líder de un grupo de asesinos llamado La Orden
- Hermit, un poderoso mago y el director de una escuela de magia de lucha &
- Butcher, el líder de una banda juvenil
- Wasp, la Reina Pirata e hija del antiguo Rey Pirata
- Widow, que puede seducir a prácticamente cualquier hombre con sus encantos
- Shogun, un rōnin caído en desgracia convertido en señor de la guerra
Después de derrotar a todos los demonios y tomar sus sellos, Shadow llega a las Puertas. Los seis demonios le siguen para tratar de impedir que cierre las Puertas, pero los supera. Sombra entonces sella las Puertas, pero Titán, el gobernante del Mundo de las Sombras, lo ataca y captura a May antes de que las Puertas se cierren. Incapaz de reabrir las Puertas, Sombra, todavía una silueta, vuelve a derrotar a los demonios una vez más y destruye sus sellos, ignorando sus advertencias sobre Titán. Con los sellos destruidos, las Puertas se reabren brevemente, permitiendo a Sombra viajar al Reino de la Sombra por su cuenta.
Sombra, debilitada por su viaje a través de las Puertas, es atacada y casi derrotada por Shroud, un siervo de Titán, pero Kali, miembro de una resistencia clandestina que se opone al reinado de Titán, llega para rescatarlo. Sombra es llevada a la base subterránea de la resistencia, donde el líder de la misma, Cypher, le informa de que Titán es, en realidad, un señor de la guerra alienígena que ha conquistado muchos mundos, incluido éste, y que está planeando apoderarse también del mundo de Sombra. La resistencia está formada por alienígenas cuyos mundos fueron conquistados por Titán, y Sombra procede a ganarse su respeto derrotándolos a todos en combate. Una vez que Cypher es derrotado, comenta que Sombra podría ser el guerrero profetizado para derrotar a Titán, y hace que Kali le lleve hasta el Antiguo, un poderoso ser que ha entrenado a muchos guerreros (incluido Shroud) y cuya especie fue exterminada por Titán. Para encontrar al Antiguo, Sombra primero localiza y derrota a Cronos, un robot creado por Cypher para este fin, que acabó volviéndose rebelde. Utilizando la tecnología de rastreo de Cronos, Sombra y Kali encuentran al Antiguo, que al principio se muestra reacio a ayudar, pero finalmente llega a creer en los poderes de Sombra después de superar todas sus pruebas, consistentes en luchas contra los espíritus de los guerreros caídos y el propio Antiguo.
El Antiguo disfraza a Sombra de uno de los soldados de Titán y le sugiere que se acerque a éste participando en un torneo, cuyo ganador se convertirá en el nuevo soldado de élite de Titán. A mitad del torneo, Sombra es llamado a la guarida de la resistencia, que ha sido atacada por Shroud y otro guerrero, Justice. Derrota a Shroud y se enfrenta a Justice, que se revela como una May con el cerebro lavado. Después de que May sea capturada por la resistencia, Sombra y Kali se dirigen a la Ciudadela de Titán, donde Sombra derrota a los guardaespaldas de Titán, todos los cuales son versiones oscuras alternativas de él mismo. Mientras tanto, Antiguo abandona el Mundo de las Sombras para «luchar en una guerra» en otro lugar. May escapa y llega para matar a Sombra, pero él la derrota y la libera del control de Titán. Mientras Kali lleva a May de vuelta a las Puertas de las Sombras, Sombra y Titán se enfrentan en una batalla final. Una vez que Titán es derrotado, su cuerpo explota, destruyendo la ciudadela. Sombra queda atrapada en la explosión, pero sobrevive y consigue volver a las Puertas antes de que sean destruidas, recuperando su cuerpo físico en el proceso. Sombra se reencuentra con May, y ambos se abrazan antes de alejarse, sin saber que les sigue una sombra que ha sobrevivido a la destrucción de las Puertas.
Viejas heridasEdición
Las viejas heridas es una historia extra exclusiva de la Edición Especial del juego que se centra en los encuentros de un Sensei más joven con versiones más jóvenes de los seis demonios. Las batallas que aparecen en este modo no se pueden repetir.
Un día, Sensei se encuentra con el Príncipe de Ciudad Ivor, que está siendo perseguido por Lynx. Sensei derrota a Lynx, ahuyentándolo, mientras el Príncipe le explica que fue secuestrado en su palacio por unos asaltantes desconocidos, pero que logró escapar. Cuando fue secuestrado, el Príncipe escuchó que sus soldados estaban siendo entrenados por Hermit, así que él y Sensei van a enfrentarse a él, convencidos de que de alguna manera estuvo involucrado en la traición de los hombres del Príncipe. Hermit admite haber traicionado al Príncipe y haber contratado a Lynx para matarlo, pero afirma que lo hizo por el futuro de su escuela. Después de que Sensei lo derrote, Hermit revela que la mano derecha del Príncipe, Shogun, le ordenó entrenar a sus soldados a cambio de protección contra la banda de Butcher, de quien Hermit sospecha que es quien secuestró al Príncipe. Cuando Sensei y el Príncipe se enfrentan a Carnicero, éste le revela que le pagó para que le dejara ir y le dijera dónde encontrar una Esfera mágica. Mientras el Príncipe huye, Sensei derrota a Carnicero, que le informa de una mujer que había convencido a Shogun para que traicionara al Príncipe a cambio de la Esfera, que puede otorgar poderes mágicos a cualquiera que la maneje.
Carnicero señala a Sensei los muelles donde la Esfera está a punto de ser traída en barco. Allí se enfrenta a Wasp, que le revela que la Esfera había sido recuperada por alguien el día anterior. Tras ser derrotada, Wasp revela que la mujer mencionada por Butcher es Widow, que busca vengarse del Príncipe por haber rechazado su amor, y que la Esfera convertirá a cualquiera que utilice su poder en esclavo de Widow. Sensei encuentra y derrota a Widow antes de persuadirla para que le cuente lo que sucedió con la Esfera. Widow le revela que el Príncipe la tomó y utilizó su poder para derrotar a Shogun, a quien planea ejecutar por traición. Sensei llega a Ciudad Ivor, donde el Príncipe, enloquecido por el poder, ordena a un Shogun controlado mentalmente que lo mate. Tras la derrota de Shogun, el Príncipe lucha contra el propio Sensei, pero también es derrotado. El Anciano llega entonces y explica a un confuso Sensei que ha detenido temporalmente el flujo del tiempo para llevar la Esfera a su lugar de origen, y que su presencia aquí fue causada por la inestabilidad de las Puertas de las Sombras. Antes de marcharse, asegura a Sensei que nadie, incluido él, recordará nada de estos sucesos para mañana.