Un grupo de hombres se encuentra a bordo de un barco inglés que se encuentra en el Támesis. El grupo incluye un abogado, un contable, un director/capitán de empresa y un hombre sin profesión específica que se llama Marlow. El narrador parece ser otro huésped sin nombre del barco. Mientras están deambulando, esperando que el viento se levante para poder reanudar su viaje, Marlow comienza a hablar de Londres y Europa como unos de los lugares más oscuros de la tierra. El narrador y los demás invitados no parecen mirarle con mucho respeto. Marlow es un hombre inmóvil, muy inusual para un marinero. Los demás no le entienden porque no encaja en una categoría ordenada de la misma manera que los demás. Menciona la colonización y dice que tallar la tierra en premios o trozos no es algo que deba examinarse demasiado porque es una atrocidad. A continuación, comienza a narrar una experiencia personal en África, que le llevó a convertirse en un marinero de agua dulce y que le permitió conocer la colonización de forma terrible. A excepción de dos o tres pequeños párrafos, la perspectiva cambia a Marlow, que se convierte en el narrador principal durante el resto de la novela.
Marlow siempre ha tenido pasión por los viajes y la exploración. Los mapas son una de sus obsesiones. Marlow decide que lo único que quiere es ser el patrón de un barco de vapor que recorre un río de África. Su tía tiene un contacto en el Departamento de Administración de una empresa de navegación y exploración que se dedica a la recolección de marfil, y se las arregla para conseguir un nombramiento para Marlow. Sustituye a un capitán que murió en una escaramuza con los nativos. Cuando Marlow llega a la oficina de la empresa, el ambiente es extremadamente sombrío y premonitorio. Tiene la sensación de que todos le miran con lástima. El médico que le hace el reconocimiento médico le pregunta si hay antecedentes de locura en la familia de Marlow. Le dice a Marlow que nada podría convencerle de unirse a la Compañía en el Congo. Esto desconcierta a Marlow, pero no le da mucha importancia. Al día siguiente se embarca en un viaje de un mes a la principal estación de la Compañía. Las costas africanas que observa son todo menos acogedoras. Son oscuras y más bien desoladas, a pesar de la agitada actividad humana que las rodea. Cuando llega, Marlow se entera de que un miembro de la compañía se ha suicidado recientemente. Hay una multitud de pandilleros, que le miran con expresiones vacías. Un chico joven se acerca a Marlow, con un aspecto muy vacío. Marlow no puede hacer otra cosa que ofrecerle unas galletas de barco. Se siente muy aliviado al dejar atrás al chico, ya que se encuentra con un hombre muy bien vestido que es la imagen de la respetabilidad y la elegancia. Se presentan: es el contable jefe de la compañía. Marlow se hace amigo de este hombre y con frecuencia pasa tiempo en su cabaña mientras el contable revisa las cuentas. Después de diez días de observar el mal humor del Contador Jefe, Marlow parte para su viaje de 200 millas hacia el interior del Congo, donde trabajará para una estación dirigida por un hombre llamado Kurtz.
El viaje es arduo. Marlow cruza muchos caminos, ve viviendas desiertas y se encuentra con hombres negros trabajando. Marlow nunca los describe como humanos. A lo largo de la novela, los personajes blancos se refieren a ellos en términos animales. Finalmente, Marlow llega a una estación secundaria, donde se encuentra con el gerente, que por ahora supervisará su trabajo. Es un encuentro extraño. El gerente sonríe de una manera muy incómoda. El barco en el que Marlow debe zarpar está averiado. Mientras esperan la entrega de los remaches necesarios para arreglarlo, Marlow dedica su tiempo a tareas más mundanas. Con frecuencia oye el nombre de «Kurtz» por la estación. Está claro que todo el mundo conoce a su futuro jefe. Se rumorea que está enfermo. Pronto toda la tripulación partirá de viaje a la estación de Kurtz.
El tío del director llega con su propia expedición. Marlow les oye decir que les gustaría ver a Kurtz y a su ayudante ahorcados para que su estación sea eliminada como competencia del marfil. Tras un día de exploración, la expedición ha perdido todos sus animales. Marlow parte hacia la estación de Kurtz con los peregrinos, la tripulación caníbal y el gerente. A unas ocho millas de su destino, se detienen para pasar la noche. Se habla de que se aproxima un ataque. Se rumorea que Kurtz puede haber muerto en uno anterior. Algunos de los peregrinos bajan a tierra para investigar. Se oye el zumbido de las flechas; el ataque está en marcha. Los peregrinos devuelven los disparos desde el barco con rifles. El timonel del barco es asesinado, al igual que un nativo en tierra. Marlow supone que Kurtz ha perecido en el inexplicable ataque. Esto lo perturba enormemente. En el transcurso de sus viajes, ha esperado con ansia conocer a este hombre. Marlow comparte los antecedentes de Kurtz: una educación inglesa, una mujer en casa que le espera. A pesar de la decepción de Marlow, el barco sigue adelante. Un poco más abajo en el río, la tripulación localiza el puesto de Kurtz, que habían supuesto perdido. Se encuentran con un ruso que parece un arlequín. Les dice que Kurtz está vivo pero algo enfermo. Los nativos no quieren que Kurtz se vaya porque ha ampliado sus mentes. Kurtz no quiere irse porque esencialmente se ha convertido en parte de la tribu.
Después de hablar un rato con el ruso, Marlow tiene una imagen muy clara del hombre que se ha convertido en su obsesión. Finalmente, tiene la oportunidad de hablar con Kurtz, que está enfermo y en su lecho de muerte. Los nativos rodean su cabaña hasta que él les dice que se vayan. Mientras vigila, Marlow se queda dormido y se da cuenta de que Kurtz ha desaparecido. Lo persigue y encuentra a Kurtz en el bosque. Éste no quiere abandonar la estación porque sus planes no se han cumplido del todo. Marlow consigue llevarlo a su cama. Kurtz le confía a Marlow todos sus viejos archivos y papeles. Entre ellos hay una fotografía de su novia. El ruso escapa antes de que el director y los demás puedan encarcelarlo. El barco de vapor parte al día siguiente. Kurtz muere a bordo unos días después, Marlow le ha atendido hasta el final.
Marlow regresa a Inglaterra, pero el recuerdo de su amigo le persigue. Consigue encontrar a la mujer del cuadro y le hace una visita. Ella le habla largamente de sus maravillosas cualidades personales y de lo culpable que se siente por no haber estado con él al final. Marlow miente y dice que su nombre fue la última palabra pronunciada por Kurtz; la verdad sería demasiado oscura para decírsela.